— 31-я 152-мм четырехорудийная батарея (м. Мысхако);
— 714-я 130-мм трехорудийная батарея (Геленджик, м. Тонкий)
— охрана рейдов (два катера);
— отдельная железнодорожная рота;
— стрелковый взвод;
— минная партия.
Кроме этого в ВМБ входил Керченский сектор береговой обороны:
— 29-я отдельная 180-мм четырехорудийная батарея (м. Тобочик);
— 33-я отдельная 203-мм трехорудийная батарея (м. Панагия);
— 48-я отдельная 152-мм четырехорудийная батарея (Керчь, Крепость);
— 54-й отдельный зенитный артиллерийский дивизион (12 76-мм орудий);
— пулеметная рота;
— прожекторная рота;
— отдельная местная стрелковая рота;
— минная партия.
Военно-морская база Батуми включала:
— отдельный дивизион торпедных катеров (в Поти, 12 ед.);
— охрана рейдов;
— 431-я 180-мм четырехорудийная батарея;
— 52-я 203-мм четырехорудийная батарея;
— 51-я 152-мм четырехорудийная батарея;
— 716-я 130-мм трехорудийная батарея (Поти);
— 57-й отдельный зенитный артиллерийский дивизион (16 76-мм орудий);
— пулеметная рота;
— прожекторная рота;
— отдельная местная стрелковая рота;
— минная партия.
Кроме этого ВМБ были приданы эскадренные миноносцы «Фрунзе» и «Дзержинский», подводная лодка А-4.
Николаевская военно-морская база включала:
— дивизион вновь строящихся и капитально ремонтирующихся подводных лодок в составе С-35 (на стапеле), Щ-216 (на ходовых испытаниях в районе Главной базы), М-111 (на заводских испытаниях), М-112 (на заводских испытаниях), М-113 (на заводских испытаниях), М-117 (на достройке), М-118 (на достройке), М-120 (на достройке), Л-23 (на заводских испытаниях), Л-24 (на достройке), Л-25 (на достройке);
— эскадренный миноносец «Свободный» (на достройке);
— 122-й зенитный артиллерийский полк (36 76-мм орудий);
— пулеметный батальон;
— прожекторный батальон;
— рота ВНОС;
— отдельная местная стрелковая рота;
— минная партия.
Береговая оборона Главной базы включала:
— 1-й отдельный артиллерийский дивизион в составе 30-й 305-мм четырехорудийной батареи (Северная сторона, р. Бельбек), 35-й 305-мм четырехорудийной батареи (Казачья бухта), 20-й 203-мм четырехорудийной батареи (Северная сторона, р. Кача);
— 2-й отдельный артиллерийский дивизион в составе 12-й 152-мм четырехорудийной батареи (к северу от Константиновского равелина), 13-й 120-мм четырехорудийной батареи (к югу от Константиновского равелина), 2-й 100-мм четырехорудийной батареи (к северу от Константиновского равелина), 8-й 45-мм четырехорудийной батареи (к югу от 13-й батареи);
— 3-й отдельный артиллерийский дивизион в составе 18-й 152-мм четырехорудийной батареи (мыс Фиолент), 19-я 152-мм четырехорудийной батарея (при входе в Балаклавскую бухту);
— 116-й отдельный артиллерийский дивизион в составе 26-й 130-мм трехорудийной батареи (м. Чауда), 32-й 130-мм трехорудийной батареи (м. Киик-Атлама);
— 28-я отдельная 152-мм трехорудийная батарея (Ак-Мечетъ);
— местный стрелковый полк;
— саперная рота;
— химическая рота;
— рота местной ПВО.
Военно-воздушные силы флота:
— 63-я авиационная бомбардировочная бригада в составе 40-го авиационного полка (Сарабуз, пять эскадрилий — 58 машин СБ), 2-го авиационного полка (Сарабуз и Карагоз, пять эскадрилий — 70 машин ДБ-3);
— 62-я истребительная авиационная бригада в составе 32-го истребительного авиационного полка (Евпатория и Бельбек, пять эскадрилий, МиГ-3 —12, И-16 — 50, И-153 — 31, И-15 бис — 3), 8-го истребительного авиационного полка (Евпатория, пять эскадрилий, МиГ-1 — 3, И-16 — 41, И-153 — 22, И-15бис—19), 9-го истребительного авиационного полка (Очаков, пять эскадрилий, И-16 — 40, И-153 — 16, И-15бис — 17);
— 119-й авиационный полк (Каборга, три эскадрильи — 30 МБР-2);
— авиационная группа (Севастополь, 60-я, 80-я эскадрильи и отряд корабельной авиации, ГСТ — И, МБР-2 — 26, КОР-1 — 5, КР-1 — 2);
— 16-я эскадрилья (Поти, МБР-2 — 19);
— 45-я эскадрилья (Керчь, МБР-2 — 17);
— 70-я эскадрилья (Одесса, учебная, СБ — 6);
— 78-я эскадрилья (Кульбакино, СБ — 10);
— 82-я эскадрилья (Гаджибеевский лиман, МБР-2 — 10);
— 83-я эскадрилья (Геленджик, МБР-2 — 9);
— 87-я эскадрилья (Водопой под Николаевым, И-153, И-16)
— 93-я эскадрилья (Керчь, И-15 — 15, И-16 — 1);
— 96-я эскадрилья (Измаил, И-153 — 3, И-15 — 13);
— 98-й отдельный отряд (Очаков, МБР-2 — 4).
Всего с учетом учебных и резервных подразделений на 1 июня 1941 г. в составе ВВС флота числилось:
— бомбардировщиков 143 (СБ — 70 и ДБ-3 — 37);
— торпедоносцев 36 (ДБ-Зф);