Первые же дни мобилизации выявили ряд недостатков мобплана 1941 г. В частности, в плане не предусмотрели формирование зенитных подразделений для обороны отдельных аэродромов, установку зенитных орудий и пулеметов на призываемые и находящиеся в составе флота вспомогательные суда и плавучие средства. Пришлось это оружие срочно изыскивать и устанавливать по сверхнормативным нарядам на работы. Сверх плана в Николаеве начали оборудование и вооружение под вспомогательный крейсер ледокола «Микоян», который предполагалось использовать для действий на коммуникациях и обороны побережья от морских десантов противника. Дополнительно сформировали зенитные артиллерийские дивизионы в Сарабузе, Ейске, Новороссийске и Керчи. Для противовоздушной обороны главной базы с морского направления начали оборудование плавучей зенитной батареи. Минная опасность вызвала необходимость срочного создания военно-лоцманской службы.
Плохое техническое состояние большинства призываемых транспортных средств и неподготовленность гражданских организаций к передаче судов флоту резко снизили темпы их отмобилизования и оборудования. Так, например, транспорты «Москва» и «Апшерон» по плану поступали на второй день мобилизации, в действительности же «Апшерон» прибыл на 17-й, а «Москва» на 19-й день, причем «Апшерон» требовал капитального ремонта, спецоборудование, запасные части и механизмы отсутствовали.
Если учесть, что Черноморский флот не располагал достаточным количеством малых кораблей, надобность в которых в связи с воздушной, минной и, как полагало командование флота, подводной угрозой была велика, то станет ясно, что отмобилизование 59 судов и оборудование их под тральщики, сторожевые корабли и катера имело большое значение. Достаточно сказать, что охрана водного района Одесской и охраны рейдов Новороссийской и Батумской ВМБ почти целиком формировались из мобилизованных судов.
Составленные накануне войны графики и инструкции мобилизационной работы ряда флотских отделов и учреждений с расчетом на то, что флот совместно с войсками Красной Армии в первые же дни войны будет вести наступательные боевые действия, оказались не соответствовавшими реальности. Поэтому, например, работу по снабжению кораблей, частей и военно-морских баз пришлось строить не в соответствии с намеченными планами и графиками, а в распорядительном порядке.
Все же за 26 дней (с 23 июня по 18 июля) корабли и части флота отмобилизовали и укомплектовали личным составом. В итоге отмобилизования из гражданских организаций в состав флота вошло 84 судна и катера, большая часть которых переоборудовали под тральщики, сторожевые корабли и сторожевые катера.
В течение первого месяца войны закончили ремонт лидера, минного заградителя, двух эскадренных миноносцев, трех тральщиков, восьми подводных лодок, торпедного катера, двух морских буксиров и гидрографического судна. Кроме того, оборудовали плавучую зенитную батарею, четыре сетевых заградителя, выполнили работы по установке на кораблях размагничивающих устройств. Высокий процент обеспеченности флота средствами радиосвязи позволил снабдить радиосредствами все вновь формируемые части и мобилизованные корабли.
К концу мобилизационного периода из запаса на флот поступило 4611 старшин и сержантов, 16 902 рядовых, что на 1390 человек превышало штатные потребности флота. За 26 дней мобилизации из запаса прибыл 1561 офицер.
Однако основная часть поступившего из запаса личного состава имели недостаточную военную и специальную подготовку. Поэтому сразу же по прибытии в военно-морские базы организовывалась боевая подготовка формируемых и развертываемых частей. Исключение составляли ВВС, где ко времени объявления мобилизации младший и рядовой состав запаса на 60 % находился в частях, куда его вызвали для переподготовки. Общая численность личного состава Черноморского флота на 15 августа 1941 г. составляла 101 337 человек, в том числе корабельного состава 42 808 человек, береговой обороны — 36 101 человек, ВВС флота — 16 690 человек (на 1 августа), сухопутных частей — 5738 человек.
Из прибывшего из запаса личного состава комплектовались не только те части, формирование которых предусматривалось планом развертывания, но и не учтенные этим планом (зенитные части, дивизионы катерных тральщиков, лоцманские пункты и др.). К 10 июля на флоте сформировали и укомплектовали личным составом шесть новых зенитных дивизионов, роту ВНОС, десять береговых батарей, пулеметную роту, минометный дивизион и ряд других подразделений. По указанию наркома ВМФ с 5 июля начались подготовительные работы по формированию Азовской военной флотилии.