Большую работу в период мобилизации и развертывания флота выполнили органы тыла. В частности организовали укрытие в подземные хранилища 1300 вагонов боезапаса, находившегося на незащищенных складах и под открытым небом в Сухарной балке и бухте Голландия, изыскали недостающее вооружение и снаряжение для вновь формируемых частей; обеспечили ремонт материальной части соединений, ведущих боевые действия. Однако работы по рассредоточению боезапаса и топлива шли медленно из-за отсутствия погрузочно-разгрузочных средств и недостатка в транспорте и рабочей силе. Военно-морские базы не имели своих мастерских для ремонта оружия и боевой техники.
По мобилизации Черноморский флот за первый месяц войны получил 84 судна и катера от гражданских наркоматов, а также 105 пограничных катеров (из них 46 типа МО) и две эскадрильи НКВД (6-я бомбардировочная и 7-я разведывательная).
За счет отмобилизованных судов прежде всего резко увеличили состав тральных сил. Так, по состоянию на 1 августа тральные силы флота выглядели следующим образом:
— 1-й дивизион тральщиков ОВР Главной базы в составе (бортовые номера) Т-401 (11), Т-402 (12), Т-403 (13), Т-404 (14), Т-405 (15) и Т-412 (16);
— 2-й дивизион тральщиков ОВР Главной базы в составе Т-406 (21), Т-407 (22), Т-408 (23), Т-409 (24), Т-410 (25), Т-411 (26) и Т-413 (27);
— 3-й дивизион тральщиков ОВР Главной базы в составе Т-481 «Пионер» (31), Т-482 «Земляк» (32), Т-483 «Тракторист» (33), Т-504 «Работник» (34), Т-505 «Судком» (35), Т-506 «Местком» (36), Т-507 «Делегат» (37), Т-517 «Райкомвод» (38), «Доротея» (39);
— 4-й дивизион тральщиков Одесской ВМБ в составе Т-484 «Хенкин» (41), Т-485 «Каховка» (42), Т-486 «Советская Россия» (43), Т-487 «Очаковский канал» (44), Т-501 «Сиваш» (45), Т-502 «Маныч» (46);
— 5-й дивизион тральщиков Одесской ВМБ в составе Т-491 «Кизилташ» (51), Т-492 «Белобережье» (52), Т-493 «Хаджибей» (53), Т-494 «Сары-Камыш» (54), Т-495 «Конка» (55), Т-497 «Егурча» (56), Т-503 «Байкал» (57);
— 6-й дивизион тральщиков Новороссийской ВМБ в составе «Зоря» (61), Т-489 «Хоста» (62), Т-511 «Червонный казак» (63), Т-512 «Валерий Чкалов» (64), Т-513 «Норд» (65), Т-514 «Ост» (66), Т-515 «Геленджик» (67), Т-516 «Майкоп» (68);
— 7-й, 8-й и 9-й дивизионы катерных тральщиков.
Также увеличилось количество сторожевых кораблей. В частности, из мобилизованных шаланд сформировали 10-й дивизион сторожевых кораблей Одесской ВМБ в составе «Кубань» (101), «Петраш» (102) и 11-й дивизион Новороссийской ВМБ в составе «Рион» (111), «Дон» (112), «Буг» (113), «Днестр» (114). За счет пограничников флот пополнился морскими охотниками типа МО — их стало 70 единиц.
В ходе военных действий изменялась структура Черноморского флота и количественный состав его соединений и частей. Так, на 3 июля 1942 г., то есть фактически с падением Севастополя, в составе флота имелись:
Эскадра кораблей с базированием на Поти:
— линейный корабль «Парижская коммуна» (с 31.05.43 г. «Севастополь»), крейсера «Красный Кавказ» (ремонт) и «Красный Крым» (в Батуми, нуждается в ремонте);
— 1-й дивизион эсминцев в составе «Железняков» (ремонт), «Незаможник», «Шквал», «Шторм» (в Батуми);
— 2-й дивизион эсминцев в составе «Бодрый», «Бойкий», «Беспощадный» (все в ремонте);
— Отряд легких сил в составе крейсеров «Молотов» и «Ворошилов» (в Батуми), 3-го дивизиона эсминцев: «Харьков» (ремонт), «Сообразительный», «Способный» (ремонт).
Первая бригада подводных лодок (базировалась на Поти):
— 1-й дивизион в составе Л-4, Л-5 (ремонт), Л-6 (ремонт), Л-23, Л-24;
— 2-й дивизион в составе Д-4 (в Туапсе), Д-5, С-31 (ремонт), С-33 (ремонт);
— 3-й дивизион в составе Щ-205, Щ-207 (ремонт), Щ-208, Щ-209 (все в Батуми);
— 4-й дивизион в составе Щ-213, Щ-214, Щ-215, Щ-216 (все в Батуми).
Вторая бригада подводных лодок имела в своем составе:
— 6-й дивизион в составе А-2 (в Туапсе), А-3 (в Поти), А-4 (в Очемчири), А-5 (в Поти);
— 7-й дивизион в составе М-31 (в Туапсе) и ремонтирующихся М-32, М-33, М-60, М-62;
— 8-й дивизион в составе М-111, М-112, М-113, М-117, М-118, М-120 и ремонтирующихся М-35, М-36.
Первая бригада торпедных катеров в составе 38 единиц, из которых 11 находились в ремонте.
Вторая бригада торпедных катеров в составе 17 единиц, из которых 5 находились в ремонте.
Отряд заградителей в составе минных заградителей «Коминтерн» и «Сызрань» (ремонт).