В сентябре прибавились работы по подготовке сил и средств к Новороссийской десантной операции. В первый же ее день 43 корабля и плавсредства вернулись со значительными повреждениями, потребовавшими срочных работ мастерской. В последующие дни, до освобождения Новороссийска, большое число кораблей также имело крупные повреждения. Все, что можно было сделать срочно и теми средствами, которыми располагало Техническое отделение Новороссийской базы в Геленджике для ввода кораблей в строй, делалось, и только корабли с весьма крупными повреждениями после восстановления их плавучести отправлялись в южные базы. В дальнейшем личный состав мастерской обеспечивал и другие десантные операции.
Всего мастерские отремонтировали за 1943 г. более чем 3000 единиц, из них повреждения аварийного и аварийно-боевого характера имели 1709 единиц, в основном преобладал аварийный ремонт навигационного характера (59 % всего аварийного ремонта). Мастерские, несмотря на совершенно недостаточное и случайное оборудование, общее количество которого только к концу года достигало 15 единиц, заделывали подводные и надводные пробоины, исправляли повреждения от столкновений и посадок на камни, повреждения рулевых устройств, винтов и валов. В мастерских изготовлялись гребные винты, кронштейны гребных валов, рули, правились валы, ремонтировались автотракторные моторы, оборудовались высадочные и перевозочные средства, вооружались и перевооружались суда.
Для обеспечения ремонтом кораблей и плавсредств на Керченской переправе в 1943–1944 гг. потребовалась организация более крупных ремонтных мощностей. Помимо геленджикской мастерской и судоремонтной роты, ремонтом занимались дорожные артиллерийские мастерские флота, небольшие ремонтные средства Керченской базы, рабочие из состава судоремонтных мастерских Технического отдела флота. Кроме того, привезли несколько станков из Поти и привлекли к ремонту армейские авторемонтные и танковые походные мастерские. В отдельные моменты на судоремонте работало до 220–230 человек при 50–60 единицах оборудования (в том числе до восьми электросварочных и четырех газосварочных аппаратов), а также группы аварийно-спасательного отряда и Инженерного отдела флота.
Ремонт катеров и плавсредств, действовавших на переправе, организовали вблизи от переправы сначала в Тамани, а затем в бухте Сенной, а также непосредственно на переправе в землянках. В Сенной устроили два подъемника для катеров на 60 и 20 т, на косе Чушка — два слипа и один подъемник, кроме того, суда вытаскивались на берег для ремонта тракторами.
Ремонт бронекатеров Азовской флотилии организовали в Ростове и Таганроге на судоремонтных предприятиях НКРФ и НКМФ. Также сформировали собственную небольшую мастерскую флотилии в Ейске. Помимо повреждений боевого характера, катера и суда сильно страдали от штормов, садились на камни, выбрасывались на берег. Так же, как и в Геленджике, загрузка аварийным ремонтом навигационного порядка составляла до 60 %. Половина всех поврежденных катеров нуждалась в подъеме на берег. Основными средствами ремонта на переправе явились армейские походные мастерские, быстро освоившие эти работы под руководством специалистов флота.
В кампании 1944 г. соединения катеров Черноморского флота эксплуатировались весьма напряженно, что потребовало крупного ремонта, который частично организовали в освобожденном Севастополе.
В связи с успешным продвижением наших войск на запад осенью 1943 г. встал вопрос о необходимости подготовиться к восстановлению очищаемых от противника ВМБ в той мере, в какой это оказывалось необходимо для использования их в дальнейших военных действиях. Так как свободные резервы были весьма ограничены, то в основном обеспечение материалами планировалось за счет перебазирования имеющихся средств и запасов из баз, утративших в новой обстановке свое значение. Например, ремонтные средства Новороссийской базы комплектовались за счет ремонтных средств, сосредоточенных в Геленджике, и мастерских соединений катеров в Очамчире; Керченской базы — за счет ремонтных средств, сосредоточенных на Керченской переправе. Значительно труднее оказалось обеспечить бывшую главную базу Севастополь, где требовалось наличие крупных ремонтных средств.
На Черноморском театре все сооружения и объекты флота освобождаемых баз и сооружения торговых портов оказались в столь разрушенном состоянии, что не обеспечивали даже временного базирования на них ограниченных морских сил. В подвалах полуразвалившихся зданий, во временно подкрепленных полуразрушенных корпусах оборудовались небольшие мастерские, организовывались складские хранилища, и предприятия приступали к неотложным работам по судоремонту. Такие мастерские организовали в 1943–1944 гг. в Туапсе, Новороссийске, Керчи, Севастополе, Одессе. Оборудование для них частично доставили из резервов флота, большую часть подобрали и восстановили на месте. Были сделаны временные подъемники и простейшие слипы для подъема катеров.