В Одессе к ремонту катеров в 1944–1945 гг. привлекли и предприятия НКМФ, также начавшие работать в некоторых полуразрушенных корпусах. В качестве рабочей силы в этих вновь организованных мелких мастерских использовались матросы судоремонтных частей флота, а также вольнонаемный состав из местного населения.
Тяжелая обстановка, которая создалась в 1944 г. на Черном море с обеспечением ремонта флота, вынудила к перебазированию в конце года в Севастополь судоремонтных мастерских № 1 и № 4, не дожидаясь производства всех восстановительных работ по зданиям, причальным стенкам и заводским территориям. Такое решение вопроса также было вызвано тем, что занимаемые флотом причалы и портовые корпуса в Поти нужно было освободить для Черноморского пароходства, которое получало большие государственные задания по транспортным перевозкам. Мастерские в Севастополе оказались в весьма тяжелом положении как с размещением оборудования, так особенно с размещением рабочих и служащих вследствие почти полного отсутствия жилья.
Таким образом, обстановка потребовала организации судоремонта в освобождаемых базах сразу же после занятия их нашими войсками, до выполнения восстановительных работ. Объем работ был довольно значительным, особенно если учесть обстановку, в которой он проводился. Только на хозрасчетных судоремонтных предприятиях (без мелких мастерских соединений) в освобожденном Севастополе за 1945 г. выполнили работ на 6,0 млн руб. Многие работы по восстановлению самих баз производились судоремонтными предприятиями в ущерб своим прямым задачам.
Большим подспорьем в судоремонте на Черном море с 1944 г. стали ВМБ Румынии и Болгарии. Судоремонтные предприятия в этих базах использовались не только для поддержания материальной части перебазировавшихся в них кораблей ЧФ, но и для ремонта трофейных кораблей и вспомогательных судов, а также для ремонта судов Черноморского пароходства, особенно больших нефтеналивных судов, получивших крупные повреждения от мин и торпед. Уже сразу после занятия Констанцы, Варны, Галаца и Браилова их судоремонтные предприятия, значительные по своей производственной мощности и обладавшие некоторыми судоподъемными средствами, стали загружаться судоремонтом в соответствии с соглашениями о перемирии. Для этого в этих портах организовали штатные группы инженеров из военнослужащих, на которые возложили планирование и оформление заказов на этих предприятиях под общим руководством Морского отдела Союзной Контрольной Комиссии.
Наличие крупного плавучего дока грузоподъемностью 8000 т в порту Констанца позволило организовать там с осени 1944 г. ремонт нефтеналивных судов Совтанкера, так как единственный имевшийся на театре крупный сухой док в Севастополе был разрушен и выведен из строя на длительное время. В порту Варна одновременно с судоремонтом возобновили строительство быстроходных барж, тральщиков и железобетонных танкеров. По мере продвижения наших войск на запад для ремонта кораблей использовались также расположенные в дунайских портах предприятия Венгрии, Чехословакии, Югославии и Австрии. Впоследствии судоремонт на всех этих предприятиях производился по особым решениям Правительства, с оформлением заказов через организации Наркомвнешторга, к которым прикомандировали офицеров флота для наблюдения и контроля за ходом ремонта. Несколько доков отвели из портов Румынии и Болгарии в советские и использовали для судоремонта.
Недостаток квалифицированной рабочей силы и судоремонтных материалов, плохая организация труда на предприятиях Румынии и Болгарии ограничивали использование этих предприятий, но все же в 1944–1945 гг. они выполнили значительный объем работ, особенно по восстановлению поврежденных судов торгового флота, и обеспечивали текущим ремонтом базирующиеся силы. Предприятия в бассейне Дуная использовались в ходе военных действий вместе с собственными передвижными ремонтными средствами Дунайской флотилии для выполнения аварийного и аварийно-боевого ремонта.