В начале войны на Черном и Азовском морях перевозками грузов занималось 119 транспортных судов. В то же время для охранения их на переходе морем флот располагал 60 сторожевыми катерами, 12 тральщиками и 16 эсминцами. Но поскольку значительная часть этих сил все время отвлекалась для решения других задач, а примерно четверть постоянно находилась в ремонте, то для охранения транспортных судов можно было выделить лишь 20 катеров МО, два-три тральщика и один-два эсминца. Учитывая это обстоятельство и руководствуясь указанием продолжать усиленные перевозки морем, командование флота дало указание командирам ВМБ осуществлять охранение транспортов только с ценными грузами, а остальные «должны следовать под берегом без конвоя день и ночь».
Здесь надо сразу отметить, что эскортные корабли — это те силы, которых много или даже достаточно просто не бывает. Так же традиционно всегда и у всех не хватало истребительной авиации для надежного прикрытия всех конвоев на переходе морем. Для компенсации последнего повсеместно прибегали к вооружению артиллерией судов.
По приказу наркомов ВМФ и Морского флота от 3 июля организациям, владевшим судами, с помощью Черноморского флота надлежало в кратчайший срок на 59 транспортных судах смонтировать 149 орудий калибром 45 мм и два орудия 76 мм. Для установки артиллерии суда распределялись по пунктам вооружения (Одесса, Туапсе, Новороссийск, Керчь, Мариуполь, Поти). Командование флота обязали выдать организациям, владевшим судами, артиллерийское вооружение и боезапас из расчета 100 выстрелов на орудие, обеспечить соответствующей консультацией установку орудий на судах, и выделить временно для обучения команд на каждое вооруженное судно по одному комендору.
К решению задачи вооружения судов приступили сразу же после получения приказа. Однако из-за недостаточного внимания к этому делу работа продвигалась медленно. Да и действительно — кто ту авиацию противника видел? В течение первого месяца войны германские самолеты в основном решали задачи разведки и минирования. Все это привело к тому, что, когда началась оборона Одессы и авиация действительно стала бомбить наши суда, артиллерию к тому времени установили немногим более чем на половине намеченных к вооружению судов.
Еще одна причина такой медлительности заключалась в том, что командование флота нацеливало оборону сообщений не столько против главного и, по сути дела, единственного противника — авиации, сколько против подводных лодок, которые реально отсутствовали. Именно поэтому в охранение транспортов повсеместно назначали сторожевые и даже торпедные катера, которые с точки зрения объектовой ПВО абсолютно бесполезны. Правда, и в отношении борьбы с подводными лодками они также никакой ценности не представляли, так как не имели радиотехнических средств обнаружения целей в подводной среде. Но тогда это считалось нормой, и противолодочная ценность катеров определялась наличием глубинных бомб. Только действительно очень цепные конвои охранялись эсминцами или тральщиками, которые уже могли представлять для авиации некоторую угрозу при их попытках атаковать транспорта.
Как уже отмечалось, вся ответственность за безопасность морских сообщений и организацию движения транспортов в пределах границ своих баз возложили на командиров ВМБ. Обеспечение морских сообщений от устья Дуная до Ак-Мечети возлагалось на командира Одесской ВМБ, от Ак-Мечети до Феодосии — на командира ОВР Главной базы, от Феодосии до Новороссийска — на командира Новороссийской и от Сочи до Батуми — на командира Батумской ВМБ.
С 26 июня на театре ввели систему конвоев, состоявших из одного-двух транспортных судов, нескольких боевых кораблей и самолетов МБР-2. Охранение одного транспорта осуществлялось одним, а при наличии ценных грузов — двумя-тремя сторожевыми катерами; двух транспортов — двумя тральщиками или эсминцами, двумя-тремя сторожевыми катерами и в районе базы — двумя-тремя самолетами МБР-2. В редких случаях конвои состояли из трех транспортов, идущих в охранении эсминца, двух тральщиков, трех-пяти сторожевых катеров и трех-четырех гидросамолетов. Многие суда следовали без охранения. Так, в течение июля месяца на коммуникации Одесса — Севастополь из 263 судов 131, то есть половина, прошли без охранения. На трассе Кавказ — Крым — Кавказ за это же время прошло 241 судно, из которых только 77, то есть примерно одна треть, имели охранение. На кавказской трассе из 142 прошедших судов — 58, или 41 %, с охранением. Таким образом, в сумме за июль около 60 % транспортов совершили переходы без охранения. Поэтому в основу организации движения судов на театре положили метод перетекания.