Во всех военно-морских базах, а также в Ак-Мечети, Ялте и Феодосии создали лоцманские станции. С 10 июля штаб флота ввел в действие лоцию военного времени. Проводка судов лоцманами стала обязательной. В указанных пунктах и в Балаклаве создали ОХР[22]. В середине июля начальник штаба флота утвердил наставление по боевой деятельности и инструкцию дежурному по охране рейдов в Ялте, Феодосии, Ак-Мечети и Балаклаве. Для пеленгования мест падения неконтактных мин, сбрасываемых самолетами противника, командиры военно-морских баз и начальники ОХР по приказанию командующего флотом развернули береговые и плавучие (на шлюпках и катерах) посты противоминного наблюдения. Особое внимание обращалось на организацию постов в Керченском проливе, Очаковском укрепленном секторе и Цемесской бухте — ну и, естественно, в Главной базе.
В интересах защиты своих морских коммуникаций командование флота в начале июля провело передислокацию корабельных сил. На Севастополь продолжали базироваться: линейный корабль, три крейсера, семь эсминцев и 1-я бригада подводных лодок (16 подлодок и плавбаза «Волга»). Кроме того, в подчинении командира ОВР Главной базы находились два эсминца, семь тральщиков, 22 катера МО, минный заградитель, одиннадцать призванных тральщиков, шесть вспомогательных судов и 1-я бригада торпедных катеров. На Балаклаву базировался 7-й дивизион 2-й бригады подводных лодок (восемь лодок типа М). На Феодосию — семь подлодок типа Щ 1-й бригады и плавбазы «Нева». На Новороссийск — два крейсера, три эсминца, два тральщика, десять катеров МО, семь подводных лодок Отдельного учебного дивизиона, шесть торпедных катеров и призванные корабли (два минных заградителя, семь тральщиков, четыре сторожевых корабля, 10 вспомогательных судов, плавбаза «Очаков» и плавбаза катеров «Украина»). На Одессу — учебный крейсер «Коминтерн», четыре канонерские лодки, эсминец, два тральщика, 21 катер МО и 2-я бригада торпедных катеров.
По мнению командования флота, новая дислокация усиливала кораблями ВМБ (особенно Новороссийскую) и значительно расширяла возможности командиров баз по организации обеспечения перехода морем. В этой ситуации главное ударное объединение Черноморского флота — эскадру — буквально растащили по отдельным базам. Однако к тому времени Военный совет ЧФ уже отказался от активных действий надводными кораблями и даже торпедными катерами в районе дельты Дуная.
Кроме непосредственного охранения транспортных судов, прикрытие морских сообщений осуществлялось общей системой повседневной боевой деятельности флота и включало несение дозорной службы, ведение разведки, а также соответствующее развертывание кораблей и авиации, находившихся в базах и на аэродромах в определенной степени боевой готовности.
Как отмечалось, до 23 июля, то есть на протяжении месяца войны, противник не проявлял активности на наших морских сообщениях, если не считать минных постановок с воздуха в районе Севастополя и на выходе из Днепро-Бугского лимана, а также трех атак авиационных ударов по конвоям на пути из Одессы в Жебрияны. Следовательно, реальная эффективность организованных мероприятий по защите своих сообщений оставалась невыявленной.
В дальнейшем, когда значительно возросли перевозки в северо-западном районе Черного моря и вместе с тем резко повысилась активность вражеской авиации, в организации обеспечения морских сообщений и судоходства на Черном море вскрылся ряд существенных недостатков. В частности, выявилось, что штаб флота, где сосредоточилось управление движением транспортов и откуда исходили руководящие указания по их обеспечению, оказался недостаточно подготовленным к решению этих задач в условиях активных действий противника. В штабе не существовало специального органа для обеспечения организации управления движением транспортов. Отдел военных сообщений в оперативном отношении оказался неспособным возглавить эту работу, а оперативный отдел штаба флота не мог объять все специальные вопросы, связанные с организацией и обеспечением морских перевозок. Отсутствие организационной четкости в этом деле привело к потерям судов на своих минах, простоям транспортов в портах, выходам судов в море без разрешения командиров баз, подхода к пунктам назначения без соответствующего предупреждения и т. д.