8 июля в связи с известным нам опасением высадки морского десанта позиции № 6 и 7 восточнее острова Змеиный заняли подводные лодки М-33 и М-34. Они должны были прикрывать подходы к Одесскому заливу и Крыму, имея задачу уничтожать транспорты с десантом. Несмотря на то что никаких транспортов обнаружено не было, подводные лодки несли дозорную службу на этих позициях еще полтора месяца.
Находясь в дозоре, наши лодки не имели ни одной встречи с противником, так как командование румынского флота не ставило своим надводным кораблям активных задач. Однако имелась еще и румынская подлодка «Delfinul». Во время сентябрьского похода 1941 г. она дважды обнаруживалась нашими подводными лодками, находившимися в дозоре у Новороссийска. 13 сентября Щ-202 всплыла в 18:35 в крейсерское положение и в расстоянии 30 кб обнаружила подлодку противника. Командир сразу же начал маневрирование для выхода в торпедную атаку. Через 10 минут лодка противника погрузилась. Опасаясь быть атакованным, командир Щ-202 капитан-лейтенант В.Х. Козюберда также погрузился и оставался под водой около часа. Не обнаружив противника, подлодка всплыла в надводное положение и направилась в базу. По данным командира «Delfinul», 13 сентября он маневрировал на вероятных курсах движения советских транспортов в районе м. Идокопас — м. Утриш. С наступлением сумерек он всплыл, но, обнаружив советский катер, вновь погрузился. По-видимому, это и была Щ-202.
15 сентября в этом районе находилась Щ-201. Ее командир капитан-лейтенант А.И. Стрижак донес командиру Новороссийской ВМБ о том, что его атаковала торпедами подводная лодка противника. Судя по документам, «Delfinul» 15 сентября неоднократно обнаруживала конвои и отдельно идущие суда и корабли, но по разным причинам в атаку не выходила и торпед не выпускала. Можно предполагать, что Стрижак ошибочно принял шумы винтов подводной лодки за шумы винтов торпеды.
В первый месяц войны в дальний дозор выделялись подводные лодки с наиболее подготовленными экипажами, а затем, когда командирам бригад стало очевидно, что противник не имеет необходимых средств для действий против нашего побережья, в дозор стали посылать лодки с более низким уровнем подготовки. Находясь в дозоре, они наряду с решением поставленной задачи отрабатывали курс боевой подготовки. На эти позиции посылали также подлодки, закончившие ремонт или вновь построенные. Здесь они проходили заключительный этап боевой подготовки.
Дозорную службу в районе Главной базы и у Новороссийска прекратили в октябре. Исключение составила Л-6, которая возвратилась из дозора (с позиции № 2) 3 ноября. В декабре сняли также дозор в районе Потийской ВМБ.
Организация дозорной службы силами подводных лодок себя не оправдала. Морского противника на театре не было. Всего для несения дозора у военно-морских баз подводные лодки сделали 84 выхода, затратив 733 дня. В среднем продолжительность каждого похода составляла 8,7 суток. Как видно, затраты материальных ресурсов оказались значительными, но в военном отношении бесполезными.
В первый период войны наряду с дозорной службой подводные лодки много времени затратили на разведку побережья Крыма после его оккупации. Специальных же выходов для наблюдения за коммуникациями противника сделали всего два. С 28 июня по 7 июля 1941 г. в районе Синоп — Самсун находилась Щ-204 (позиция без номера). Второй раз в этот же район с 25 мая по 13 июня 1942 г. выходила Щ-209. В обоих походах неприятельских кораблей и транспортов они не наблюдали. Турецкие суда совершали переходы в своих территориальных водах.
В конце октября из Новороссийска в Керчь послали две подводные лодки Отдельного учебного дивизиона — М-54 и М-51. С 28 октября по 10 ноября 1941 г, они находились в оперативном подчинении командира Керченской ВМБ и предназначались для разведки в северо-западной части Азовского моря. Командиры перед выходом в море получали приказание вести наблюдение за берегом, а при обнаружении плавсредств в море — уничтожать их, используя имевшееся на лодках оружие, вплоть до торпед. Каждая лодка сделала по одному походу, но с противником встреч, естественно, не имели.