Осенние штормовые погоды в мелководном районе сильно затрудняли плавание под водой. При движении к берегу лодки часто касались грунта или выбрасывались волной на поверхность. Все это изнуряюще действовало на личный состав, тем более что все понимали бесполезность своих действий. Мотивация посылки подводных лодок для разведки в Азовское море до сих пор неясна; в любом случае эту задачу могли решить другие силы. Правда, задним числом пытались все объяснить желанием дать практику экипажам в ведении разведки в условиях мелководья и штормовых погод.
В первой половине 1942 г. подводные лодки, базирующиеся на Севастополь, использовались для разведки Крымского побережья. Лодки, действовавшие с января по май в Каламитском заливе, вели наблюдение за портом Евпатория с целью установить там наличие плавсредств, боновых заграждений, береговых укреплений и расквартирование войск. Затем район наблюдения расширили по всему побережью до мыса Лукулл. За все пять месяцев встреч с кораблями противника не было; правда, удалось выявить систему оборонительных сооружений, движение по прибрежным дорогам и интенсивность эксплуатации аэродромов.
Наблюдение велось в светлое время суток из-под воды, стоя на якоре и на ходу. Сведения, полученные днем, после всплытия немедленно передавались командованию Севастопольского оборонительного района. Где и когда использовалась информация, полученная столь экстравагантным способом, неизвестно. Был случай, когда командир М-113 капитан-лейтенант И.В. Станкевич днем 28 февраля 1942 г. обнаружил скопление самолетов на аэродроме в Ново-Федоровке. С наступлением сумерек М-113 всплыла в крейсерское положение, командир донес результаты разведки командованию и получил разрешение на артобстрел аэродрома. Подойдя в точку стрельбы, находившуюся в 25 кб от берега, Станкевич открыл беглый огонь из 45-мм орудия осколочно-трассирующими снарядами по площади аэродрома. Всего было выпущено 40 снарядов, о результатах можно легко догадаться…
В феврале — марте 1942 г. подводные лодки с целью разведки направлялись из Севастополя в район Ялты. При обнаружении плавсредств командирам разрешалось применять оружие. Выходившие сюда лодки вскрыли наличие в районе Ялты, мыса Ай-Тодор и мыса Кикинейз артиллерийских батарей малого калибра, движение по прибрежным дорогам автомобильного и гужевого транспорта от Ялты до Байдарских Ворот. В ялтинском порту обнаружили баржу, а на рейде — шхуны. 26 февраля со стороны М-118 имела место попытка уничтожить артиллерией шхуну, стоявшую на якоре; шхуна не пострадала. В начале марта в районе Ялты находилась М-36. Командование разрешило утопить торпедой обнаруженную в порту баржу. 8 марта, подойдя на 4,5 кб к порту, командир произвел выстрел по барже одной торпедой, но в цель не попал. Одновременно он не обнаружил целый ряд существующих и строящихся укреплений и береговых батарей.
Наиболее продолжительное время, с 20 ноября 1941 г. по 14 июня 1942 г., разведка проводилась в Феодосийском заливе. Первоначально лодки действовали в интересах готовившейся десантной операции: устанавливали наличие противодесантной обороны, артиллерийских и пулеметных дотов и дзотов, систему полевых укреплений, расположение войск и движение по шоссейным и железной дорогам. Кроме того, они вскрыли режим плавания в районе Феодосии и использование противником порта.
С началом Керченско-Феодосийской десантной операции разведка в районе Феодосийского залива прекратилась и возобновилась лишь в феврале 1942 г. Командующий флотом обращал особое внимание командиров подлодок на своевременное обнаружение отхода войск противника и немедленное донесение об этом командованию Севастопольского оборонительного района и начальнику штаба флота. Подлодки неоднократно всплывали в дневное время в надводное положение и передавали сведения, по оценке командиров не терпящие отлагательства — главным образом, о передвижении войск, о полетах самолетов и о железнодорожных сообщениях. По данным подводных лодок, авиация нанесла несколько ударов по аэродромам, скоплениям эшелонов с техникой и живой силой на станции Сарыголь.
После вторичного оставления нашими войсками Керченского полуострова, в июне 1942 г., в Феодосийский залив с целью разведки вышла Щ-203. Она должна была установить характер использования феодосийского порта, передвижение войск и возможную подготовку противника к десантной операции на Кавказе. Находясь в районе семь дней, командир новых данных не получил, признаков подготовки десантной операции не обнаружил.
Всего за первый период войны подлодки совершили 40 выходов на разведку, затратив на эти цели 317 суток. С мая 1942 г. подлодки вынужденно привлекли к снабжению Севастополя, то есть опять к решению несвойственных им задач.