Старшина продержался, но добудиться командира в 21 час не смог, также не смог он привести в чувство командира БЧ-5, которого на руках перенес в центральный пост. Тогда Пустовойтенко решил перенести в центральный пост командира лодки, самому продуть балласт и, когда лодка всплывет, вынести командира наверх, надеясь, что на свежем воздухе он быстро очнется. Старшина продул среднюю цистерну, и лодка всплыла под рубку. Затем он открыл люк, но от свежего воздуха тоже стал терять сознание. Чувствуя это, он успел задраить люк и упал вниз. В таком состоянии лодка оставалась на протяжении двух часов. Через отдраенный механиком люк в кормовой отсек стала поступать вода, заполнившая трюм отсека и залившая главный электромотор. Течением воды лодку отнесло на каменистый берег к Херсонесскому маяку. Когда Пустовойтенко пришел в себя, он открыл рубочный люк и вытащил наверх командира лодки. Н.Л. Колтыпин очнулся, но управлять лодкой еще долго не мог. Старшина за это время пустил судовую вентиляцию, задраил люк в кормовом отсеке и откачал воду из трюма, продул главный балласт. Затем вынес наверх электрика Кижаева, привел его в чувство, отнес обратно и поставил на вахту к электростанции.
После того как командир стал способен управлять кораблем, он попытался снять стоящую носом к берегу лодку с мели. Для этого он скомандовал «задний ход», но электрик Кижаев, не придя еще в полное сознание, вместо «назад» дал ход «вперед». Командир спустился вниз и попытался выяснить, почему электрик не выполнил команду, на что тот ответил: «Наша лодка должна идти только вперед, назад нельзя: там фашисты». Пришлось командиру около электрика поставить Пустовойтенко, чтобы тот «обеспечил правильное исполнение команд». Больше проблем с моторами не возникало.
От ударов о камни М-32 сломала вертикальный руль, и он мог перекладываться только влево. Батарея разрядилась. Короче говоря, сняться с камней не могли. Командир, не до конца еще придя в себя, не находил правильного решения. В этот тяжелый для лодки момент к нему подошел матрос Гузий и предложил запустить дизель. Пустовойтенко и моторист Щелкунов приготовили мотор и дали сразу 600 оборотов. Лодка пошла по камням и вышла на чистую воду, а затем, обогнув Херсонесский маяк, прошла по фарватеру за минное поле и взяла курс на Новороссийск.
За сутки до этого, 22 июня, другая «малютка», М-60, под командованием Б.В. Кудрявцева в Новороссийске приняла на борт мины, противотанковые патроны и мясные консервы общим весом 7 т, а в 4-ю цистерну — бензин. Когда прием топлива почти завершили, во всех отсеках произошел взрыв паров. Из рубочного люка вырвался большой столб пламени с густым черным дымом. Из центрального поста выскочили наверх сильно обгоревшие люди и по приказу командира бросились в воду. Командир отделения А.А. Власенко, весь в огне (горела одежда и волосы), перед прыжком в воду крикнул командиру: «Закройте судовую вентиляцию, внизу горят мины». Командир БЧ-5 старший техник-лейтенант А.П. Кокин, находившийся на верхней палубе, услышав это, бросился во второй отсек и вместе со старшиной группы электриков Глебовым вынес наверх два ящика с горящими минами. Обследовав весь отсек и убедившись, что горящих мин больше нет, они вышли наверх. Естественно, лодка уже никуда не пошла.
А вот М-33 успела выйти в море, имея на борту 7 т боезапаса в отсеках и 6 т бензина в 4-й балластной цистерне. Учитывая все произошедшее с М-32 и М-60, ее возвращают в Новороссийск и приказывают откачать топливо. Не успев как следует очистить лодку от растекшегося по всем трюмам бензина и провентилировать отсеки, вышли на дифферентовку, в ходе которой произошел взрыв паров бензина. Пламя вспыхнуло в центральном посту и распространилось по всем отсекам, кроме концевых. Люди, находившиеся внизу, особенно в центральном посту, получили сильные ожоги. Но, несмотря на это, они продолжали выполнять свои обязанности, и лодка ни на минуту не теряла управление. Люди выскочили наверх с горящей на них одеждой, обгоревшими лицами и не только, так как многие работали раздетыми до пояса. Командир приказал морякам прыгать в воду, а своему помощнику лейтенанту Рузову спуститься вниз и осмотреть, задраены ли переборки. Внизу стоял черный дым и невыносимая жара. Дышать было нечем. Командир отделения мотористов Бувалко спустился во второй и четвертый отсеки для проверки состояния загруженных минометных мин. Командир БЧ-5 инженер-лейтенант Сапегин, сильно обгоревший в момент взрыва, без какого-либо приказания командира обошел все отсеки, и только после полного осмотра лодки поднялся наверх, доложил командиру, что очагов пожара в отсеках нет, и тут же потерял сознание.