В апреле попытались организовать совместные действия подлодок и авиации. Для этого выделили 12 самолетов 63-й авиационной бригады ВВС ЧФ, а подлодки Щ-209, С-33, М-35 и М-112 развернули на вероятных путях движения конвоев на позициях ожидания между Тарханкутом и Севастополем. По данным самолетов-разведчиков, подводные лодки самостоятельно выходили на курс движения конвоев, при этом им разрешалось входить в районы других подводных лодок. В результате большой работы, проведенной штабами бригады подводных лодок и ВВС ЧФ в период подготовки, в ходе этих действий удалось достичь некоторых успехов. Подводная лодка С-33 под командованием капитана 3-го ранга Б.А. Алексеева в ночь на 20 апреля потопила транспорт «Suceava» (6876 брт). Также выходила на конвой противника, по данным воздушной разведки, подводная лодка Щ-209, но смогла с ним сблизиться только на визуальную видимость. Малый радиус действия самолетов, базировавшихся на кавказские аэродромы, не позволял разведчикам долго держаться над конвоем, уточнять его движение и наводить подводные лодки. В то же время отсутствие на подводных лодках антенны для приема радиодонесений с перископной глубины резко офаничивало возможность связи лодок с самолетами.
ВВС Черноморского флота на коммуникациях противника, 1942 и 1943 гг
В период обороны Кавказа основные усилия авиации флота направлялись на содействие сухопутным войскам на Дону, Кубани, под Новороссийском и Туапсе, на горных перевалах, а также на удары по портам, железнодорожным станциям, аэродромам в Крыму и на побережье Азовского моря. Боевые действия ВВС флота на морских коммуникациях противника развернулись только после директивы наркома ВМФ от 26 сентября 1942 г.
Рост удельного веса боевых действий ВВС ЧФ на морских сообщениях можно проследить по следующим данным: с 22 августа по 22 сентября для действий на сообщениях противника авиация флота сделала 249 самолето-вылетов, что составило 2,1 % от всех вылетов, произведенных за это время; с 22 сентября по 22 октября — 138 самолето-вылетов, но это уже составило 9 % от всех вылетов за это время; с 22 октября по 22 ноября — 183 самолето-вылета, что составило 13,5 % от вылетов, произведенных за это время.
ВВС флота в основном действовали на ближних участках морских сообщений противника — от Севастополя до Анапы. Дальние участки, проходившие у побережья Болгарии и Румынии к Одессе, Николаеву и Херсону, воздействию авиации флота во втором полугодии 1942 г. почти не подвергались из-за недостаточного радиуса действия наших бомбардировщиков и торпедоносцев с кавказских аэродромов. Западнее меридиана мыса Херсонес действовала только разведывательная авиация и несколько торпедоносцев методом «свободная охота». Однако отсутствие на самолетах радиолокации, недостаток в подготовленных к ночным полетам экипажах делали ее малоэффективной. Фактически морские сообщения в западной части театра разведывались от случая к случаю, что отрицательно сказывалось на действиях подлодок и надводных кораблей флота.
По состоянию на 22 июля 1942 г. в ВВС Черноморского флота числилось исправными (неисправными) 230 (112) машин, в том числе: ударных Ил-4 — 11(1), разведывательных Ил-4 — 2 (1), СБ — 7 (2), ударных Пе-2 — 6 (3), разведывательных Пе-2 — 1 (2), Ил-2 — 20 (11), Як-1 — 16 (4), Миг-3 — 4 (7), ЛаГГ-3 — 27 (16), И-16 и И-15 — 35 (9), МБР-2 — 36(9).
Для действий по портам Севастополь, Балаклава, Ялта и Феодосия чаще всего использовались самолеты 5-го гвардейского и 36-го минно-торпедного авиационных полков, вооруженных самолетами Ил-4. На 30 октября 5-й авиаполк, базировавшийся на Гудауты, имел в своем составе семь неисправных самолетов Ил-4. 36-й авиаполк входил в состав Отдельной морской авиационной группы и базировался па аэродромы Бабушеры, Алахадзе и Адлер, в его составе на 30 октября имелось одиннадцать Ил-4. На 30 сентября 1942 г. 18-й штурмовой авиаполк, базировавшийся на Лазаревскую и Рухи, состоял из восьми самолетов Ил-2; 47-й штурмовой авиаполк, базировавшийся на Алахадзе, Нестеровская и Миха-Цхакая, имел 16 самолетов Ил-2; 40-й бомбардировочный авиаполк, базировавшийся на Алахадзе, состоял из восьми самолетов Пе-2 и пяти самолетов СБ; 119-й разведывательный авиаполк, базировавшийся на Геленджик и Поти, имел 28 самолетов МБР-2.