Фердинанд и Каролина вместе с Нельсоном и четой Гамильтонов выпекали смертные приговоры, как пирожки, — за письма против монархии была обезглавлена поэтесса и депутат Элеонора де Фонсека; Доменико Чирилло, знаменитый врач, член Законодательного собрания Неаполя, был брошен в трюм линейного корабля «Сан-Себастьян», ему предложили жизнь, если тот «будет просить о милости у леди Гамильтон и адмирала Нельсона». Доменико отказался и был повешен на Рыночной площади 18 октября 1799 года. С ним же повешены и известные адвокаты Марио Пагано и Джиорджио Пильячели. Капитан милиции Неаполя Дженарио Сьерро ди Кассано, сдавшийся войскам роялистов под честное слово кардинала Руффо, уже на следующий день в нарушение всех подписанных договоренностей был обезглавлен около здания Ратуши.
Многие «новорожденные» историки обвиняют и русские войска в репрессиях против неаполитанцев. Это не так. Вот слова посла Мишеру, приближенного короля Фердинанда: «Конечно, не было другого примера подобного события: одни лишь русские войска могли совершить такое чудо. Какая храбрость! Какая дисциплина! Какие кроткие, любезные нравы! Здесь боготворят их, и память о русских останется в нашем отечестве на вечные времена». В письме от 24 июня Мишеру в письме Уитворту продолжает: «Не было ни одного солдата, а тем более ни одного офицера, который оказался бы виновным в малейшем насилии или инсубординации или грабеже. Вы могли бы их видеть осыпаемыми ласками и благословениями посреди тысяч жителей, которые называли их своими благодетелями и братьями. До сих пор они показали себя самыми дисциплинированными солдатами, а в Портичи они обнаружили всю свою доблесть». Ему вторит капитан Неаполитанской гвардии Риккарди: «Согласно подписанным пунктам капитуляции русские выпустили со всеми военными почестями всех людей гарнизона со стороны морского арсенала, где этот гарнизон сложил оружие и был посажен на суда, чтобы быть отвезенным в Тулон». Эти свидетельства убедительно доказывают, что попытки «новоисториков» обвинить русские войска в неаполитанской резне не имеют под собой никаких оснований.
В конце августа на турецких кораблях, стоявших вместе с русскими на рейде Палермо, возникли волнения среди матросов, требовавших возвращения на родину. В результате 1 сентября 1799 года соединение Кадыр-бея самовольно ушло в Дарданеллы. Русские остались одни.
4 сентября Ушаков со своей эскадрой вошел на рейд Неаполя и своими глазами увидел, что озверевшие роялисты буквально залили город кровью своих жертв. Федор Федорович сразу же пишет письмо королю Фердинанду с просьбой прекратить казни: «Казнь виновных сначала народу весьма желательна, но беспрерывное продолжение оной начало приводить многих в содрогательство и в сожаление, которое час от часу умножается. Более, по всей видимости, худых последствий теперь ожидать ни от кого нельзя, кроме разве от родственников тех, которые содержатся в тюрьмах и ожидают таковой же злощастной участи, и, конечно, ежели бы не прилежное смотрение караулами, могло бы от отважных людей случиться что-либо для освобождения родственников своих и приятелей…. Но, ваше высокопревосходительство, почитаю к отвращению таковых могущих быть дерзких замыслов должно взять надежнейшие меры и самые лучшие могли бы быть высочайшим милосердием его королевского величества и общим прощением впадших в погрешности (кроме только самоважнейших преступников, о которых должно сделать рассмотрение). Не благоугодно ли будет употребить об оном ходатайство ваше его величеству, яко любящему отцу свое отечество и своих подданных, таковое благодеяние восстановит усердие, ревность и повиновение законам и наилучшему исполнению повелениев…» Русские матросы буквально вытащили из петли композитора Чимарозо, написавшего гимн для республиканцев, связав английских часовых около тюрьмы. Нельсон был вне себя от бешенства, но ему пришлось проглотить эту пилюлю, ссориться с Ушаковым было неразумно.
Неаполитанский король и Нельсон решили развить наступление и захватить Рим, зная, что туда уже подходят войска австрийцев под командованием генерала Фрерлиха, однако энергичный командующий французским гарнизоном Гарнье 12 сентября разбил австрияков на подступах к Вечному городу. Ушаков высадил отряд в 1020 человек под командованием полковника Скрипора (командовал солдатами) и лейтенанта Балабина (командовал матросами).