24 августа 1799 года Бонапарт на фрегате «Мюирон» покинул Египет и, проскочив через все английские заслоны, высадился в Тулоне. Встреченный как спаситель нации, генерал спешил в Париж, к славе и власти.
Мальта Нельсон9 ноября 1799 года во Франции произошел государственный переворот, установивший военную диктатуру Бонапарта. Будущий император Наполеон рассматривал войска, оставшиеся на Мальте и в Египте, как обузу, которая пожирала и без того скудные ресурсы. Он сразу же отписал письмо Вобуа, что если его положение будет критическим, то он будет не против, если Ла-Валетта согласится на капитуляцию, однако, поскольку все возможности обороны еще не были исчерпаны, Вобуа решил продолжить сопротивление.
В конце ноября к Мальте подошли новые подкрепления англичан — транспорт «Нью-Провиденс» подвез порох и провизию, а также несколько полевых орудий. 10 декабря под Ла-Валетту наконец-таки были переброшены 30-й и 86-й полки, обещанные еще в апреле. Вместе с ними к острову подошли 74-пушечные «Каллоден» и «Фудруаян». 27 декабря — линейные корабли «Бульдог», «Персеус» (не путать с бомбардирским судном!) и «Нортумберленд», загруженные 13 батареями тяжелой артиллерии и 10 батальонами морской пехоты. Английские войска заняли ключевые позиции перед городом. Французы, заметившие перегруппировку войск, внезапно атаковали батарею Самра, нанесли двум батальонам королевской морской пехоты существенные потери, заклепали 8 орудий и отошли в крепость.
Британцы построили перед стенами Ла-Валетты целую сеть батарей — Сан-Рок, Бори, Коррадино, вооруженных двумя 13-дюймовыми мортирами, двумя 10-дюймовыми мортирами, одной 68-фунтовой тяжелой пушкой, восьмью 32-фунтовыми орудиями, двадцатью 18-фунтовыми, девятью 12-дюймовыми, и тридцатью полевыми пушками. В качестве советников на этих батарея присутствовали 2 английских офицера и 27 канониров, что, конечно же, было очень мало. До конца года генерал Фокс отправил на Мальту два плавучих госпиталя и полк королевских саперов.
В феврале 1800 года французы решили отправить на Мальту подкрепления. К Ла-Валетте были отправлены линейный корабль «Женерье» (наш старый знакомец по Абукиру и Корфу), транспорт «Марсель», фрегаты «Бадин» и «Фовет», а также корвет «Санс-Парейль». Экспедиция была плохо подготовлена, и о ней стало известно англичанам. 18 февраля 1800 года около Мальты караван попал в засаду, «Женерье» был атакован с двух бортов и взят на абордаж.
Тем временем Вобуа решил спасти единственный оставшийся на Мальте линейный корабль «Гилльом Телль», который ночью с 29 на 30 марта вышел из Гранд Харбор и устремился к берегам Франции. В погоню за ним пустились английские 74-пушечники «Пенелоуп», «Винсенс», «Лайон» и «Фудруаян», которые после долгой гонки поймали беглеца. После жаркого 9-часового боя у «Гилльома Телля» были сбиты все мачты, он спустил флаг и сдался.
На Мальту продолжали прибывать английские войска — 5 апреля из Гибралтара подошли еще 20 батальонов морской пехоты и 12 батарей средней и полевой артиллерии. Положение французов становилось все отчаяннее, гарнизон уже голодал. Ситуацию немного поправил французский бриг «Маргарит», в мае прорвавшийся к Ла-Валетте из Марселя. Он подвез большое количество продовольствия, что отсрочило падение Мальты еще на три месяца. Дабы уменьшить количество едоков, французы выгнали из крепости всех жителей, однако английский генерал Грэм отказался принять беженцев. Вобуа заявил, что привяжет их к пушкам и оставит без еды, на что Грэм ответил, что француз может поступать «с этими ублюдками, как ему заблагорассудится»[89].