Джулия Фарнезе родилась в 1475 году в Риме в семье Пьера Луиджи Фарнезе и Джованеллы Каэтани. У нее было 2 брата: Анжело и Алессандро, который впоследствии станет римским папой под именем Павла III. Еще у нее была младшая сестра Джиролама. Ее отец умер, когда Джулии было всего 9 лет. Она была еще совсем девочкой, когда ее выдали замуж за Орсино Орсини по договору, заключенному между ее отцом Пьером Луиджи и кардиналом Борджиа. Джулии тогда было 14 лет, а Орсино 16.
Брачный контракт был заключен в мае 1489 года во дворце Родриго. Возможно, тогда он и увидел Джулию впервые. Отец жениха умер в том же 1489 году, и ее свекровь Адриана де Мила овдовела. Тогда она нашла поддержку и покровительство в лице своего кузена Родриго Борджиа, который вскоре доверил ей воспитание своей дочери Лукреции, а потом и младшего сына Жофре. Старшие сыновья тоже одно время жили с ними, но потом они разъехались – Чезаре на учебу, а Хуан в свое герцогство Гандия. В один из визитов в дом Адрианы кардинал Борджиа познакомился с Джулией Фарнезе поближе, и она сразу пленила его своей красотой. Это было примерно за год или два до его избрания на престол Святого Петра.
Когда Родриго заявил кузине, что он хочет сделать ее невестку своей любовницей, Адриана с готовностью согласилась. Мужу Джулии в качестве компенсации пожаловали должность мэра городка Карбоньяно, и в основном он жил в своей крепости Бассанелло. Так у Родриго Борджиа появилась новая постоянная возлюбленная, которая была на 44 года его младше. Ее брат Алессандро сразу же получил от Родриго кардинальскую шапку, за это его прозвали «кардинал-юбочник», так как он получил этот сан благодаря своей распутной сестре. А Джулия Фарнезе кроме прозвища «Ла Белла» получила еще одно: – «Христова невеста».
Родриго приходил к кузине под предлогом навестить Лукрецию, которая переселилась в дом Адрианы, и все интимные встречи Александра VI и Джулии Фарнезе происходили на глазах его дочери-подростка. В ноябре 1492 года Джулия родила дочь Лауру, которую записали как законнорожденного ребенка Орсино Орсини. Но злые языки утверждали, что Лаура, несомненно, является внебрачной дочерью Папы Александра VI, так как она родилась как раз в период расцвета их бурного романа. В отцовство Орсино поверить трудно: кроме того, что молодой человек был одноглазым, он был еще и неуклюжий и малопривлекательный. Точно отцовство Лауры до сих пор не установлено.
Да похоже, что и сама Джулия всегда сомневалась, кто же является настоящим отцом ее дочери. Также странным был тот факт, что Родриго Борджиа не проявлял особого интереса к Лауре по сравнению с остальными своими детьми, о которых он очень заботился. Возможно, понтифик решил возложить всю заботу о Лауре на семью Орсини и молчать, чтобы не спровоцировать скандал. Одно дело – дети от любовниц, которых он сам пристраивал замуж, и совсем другое – от замужней женщины, к тому же намного его младше.
Сама Джулия Фарнезе с 1493 года, когда укрепились ее отношения с папой Александром VI, поселилась со свекровью Адрианой де Мила и с дочерью понтифика Лукрецией во дворце кардинала Джован Баттиста Дзено недалеко от Ватикана. Кроме Лауры за время их связи в 1498 году родился загадочный ребенок Джованни, которого Папа Александр VI сначала узаконил как сына Чезаре Борджиа от неизвестной матери, а потом как своего собственного сына. Сплетни пошли самые разные: одни его называли сыном Джулии Фарнезе и Родриго Борджиа, другие – сыном Чезаре Борджиа и неизвестной благородной дамы. Третьи – сыном 18-летней Лукреции Борджиа и пажа Папы Пьетро Кальдероне, который, по слухам, был в то время ее любовником. А Родриго якобы объявил его своим сыном, чтобы прикрыть грех дочери и оставить ребенка в семье.
И даже поговаривали, что этот мальчик – результат инцеста между папой Александром VI и его собственной дочерью Лукрецией, или сын Чезаре и Лукреции, брата и сестры. Как бы там ни было, тайна происхождения Джованни до сих пор не раскрыта. Наиболее вероятна версия, что он был сыном Лукреции, которая жила в монастыре во время процесса аннулирования ее брака с первым мужем, и пажа, который поплатился за это своей жизнью. Но об этом позже.
Был еще один загадочный ребенок по имени Родриго Борджиа, который родился в 1503 году, как раз перед смертью Александра VI, или сразу после нее. Папа Лев X признал его как сына Папы Борджиа и неизвестной женщины. Но есть подозрение, что это сын Франциско Борджиа, кардинала города Козенца в Калабрии. По официальным документам, Франциск Борджиа приходился родным младшим братом самому Родриго, но полагают, что это его двоюродный брат, незаконнорожденный сын Папы Каликста III Борджиа. Этот мальчик – Родриго Борджиа – прожил 24 года и умер в 1527 году. Точных сведений о его жизни нет, и о его ранней смерти тоже.