Но в этот ключевой момент Чезаре лишается своей основной поддержки. Здоровье Пия III быстро ухудшается после неудачного хирургического вмешательства 27 сентября: хирург Людовико де Сан-Минато сделал два весьма болезненных разреза на левой ноге понтифика, не распознав истинной причины болезни — язвы большой берцовой кости. Оказалось невозможным предотвратить горячку, вызванную заражением. После соборования в ночь на 17 октября на следующий день старик угас, его понтификат продлился 27 дней.
Сразу же после смерти папы торг возобновляется. На этот раз Джулиано делла Ровере решительно настроен добиться своего. В течение некоторого времени Чезаре кажется, что он может ему помешать. 26 октября он принимает в замке Сант-Анджело Макиавелли, посланного Флоренцией следить за обстановкой в Риме во время проведения нового конклава. Чезаре заявляет ему, что, располагая голосами испанцев, он попытается организовать избрание Жоржа д’Амбуаза. Но это всего лишь бахвальство. Кардинал д’Амбуаз сам прекрасно понимает, что его кандидатура встретит сильное сопротивление итальянцев и испанцев. Он решает отдать свой голос за Джулиано делла Ровере — к нему французы могут отнестись благосклонно, учитывая его долгое пребывание во Франции во времена его изгнания при Александре VI. 29 октября Джулиано подписывает договор с Чезаре и испанскими кардиналами. В случае своего избрания он обещает утвердить Чезаре в его должности знаменосца Церкви и главного капитана, оказывать ему поддержку и подтвердить его право на владение провинциями, а Чезаре при этом обязуется поступить к нему в полное распоряжение. Макиавелли потрясен, что де Валентинуа обеспечил Джулиано голоса кардиналов своей партии, получив взамен лишь простые обещания. С этого момента избрание кардинала делла Ровере считается делом решенным.
Конклав открывается 31 октября. В случае избрания каждый из 38 кардиналов обязуется соблюдать положения «капитуляции», по которой все акты будущего понтифика должны получить одобрение членов Священной коллегии. Джулиано делла Ровере говорит послу Венеции, что он лично думает об этом навязанном обязательстве: «Вы видите, в каком жалком состоянии мы находимся по милости Александра VI — он оставил после себя слишком много кардиналов. Необходимость вынуждает людей делать то, что они ненавидят, когда зависят от других. Но, получив свободу, они сразу же начинают действовать иначе!» Самое главное теперь — победить, поэтому кардинал церкви Святого Петра-в-Оковах не жалеет ни клятв, ни обещаний должностей и бенефиций — точно так же поступал когда-то его предшественник.
В первом часу ночи большинство кардиналов направляются в покои кардинала делла Ровере, чтобы поздравить его как будущего папу. Только теперь выясняется, насколько церемониймейстер Буркард связан с Джулиано делла Ровере: он оказывает почести тому, чьи интересам он всегда тайно служил в ущерб Борджиа. В качестве награды ему обещано епископство Орты, а к нему будут прилагаться подарки — мул в полной упряжи, мантия и стихарь с узкими рукавами, чтобы он достойно мог исполнять свою должность епископа! 1 ноября тайное голосование оказывается всего лишь пустой формальностью. Уже в первом туре избран кардинал церкви Святого Петра-в-Оковах. Он берет имя Юлия II — более в связи с Юлием Цезарем, чем в память о безвестном понтифике Юлии I. Многие признаки указывают на то, что он давно готовил свой понтификат. Едва взойдя на престол, он приказывает принести папское кольцо Апостола, на котором уже выгравировано его имя. На следующее утро его нарисованные гербы развешены по всему городу. Он раздает обещанные награды, назначает четырех новых преданных ему кардиналов и осыпает милостями Буркарда: кроме епископства Орты он передает ему епископскую должность Чивита-Кастелланы, при этом, разумеется, сохранив его должность и значительные бенефиции!