В спокойной обстановке этого дворца, подобно гандийскому украшенному разноцветной росписью, — мавританское наследство — только журчание фонтанов в цветущих патио умиротворяюще действовало на безумную королеву и ее беззаботную дочь. За два года, проведенных там, Франциск забыл о семейных несчастьях. Его чрезмерная набожность уменьшилась благодаря общению с принцессой. Но в 1525 году Екатерине пришлось покинуть королевство, чтобы вступить в брак с королем Жуаном III Португальским. Ее пятнадцатилетний паж хотел было последовать за своей повелительницей, но герцог, его отец, не разрешил ему уехать. Он не хотел, чтобы его наследник покидал землю Испании. Начиная с 1520 года герцог Гандийский по приказанию Карла V был внесен в список двадцати грандов первого класса. Эта честь давала особую привилегию не обнажать голову в присутствии короля и право беседовать с ним как с близким родственником. Герцог хотел, чтобы после каникул в Тордесильяс его старший сын возобновил учебу, чтобы впоследствии он смог занимать высшую должность в государстве. Поэтому он заставил его вернуться в Сарагосу под опеку архиепископа. Там Франциск прожил до семнадцати лет, изучая риторику и философию.
Юный Франциск превратился в совершенного придворного — великолепного наездника, ловкого охотника, победителя в турнирах, лучше всех сражавшегося с быками на арене. От других молодых людей его отличала только его необычайная скромность, сдержанность в обращении с женщинами и ужас по отношению к низкопробным удовольствиям и азартным играм.
Такое странное поведение представителя семьи Борджиа скорее всего объясняется той набожностью, которой было проникнуто его детство, но еще и тем, что молодой человек стыдился любого намека на пороки римского двора. Его повелитель Карл V воевал тогда с Климентом VII, и считалось хорошим тоном осуждать римские излишества, вспоминая времена Александра VI. Франциск Гандийский с ужасом узнал, что месть господня покарала Вечный город рукой его короля. В 1527 году солдаты Карла V взяли Рим штурмом. Многие из них, бывшие приверженцами недавно появившегося учения Лютера, хотели наказать папу, которого они считали Антихристом. Церкви были разграблены, священники убиты, монахини изнасилованы, а понтифик спасся только благодаря быстрому отступлению за крепкие стены замка Сант-Анджело. Это исключительное по своей жестокости преступление привело в ужас не только его жертвы, но и того, кто его совершил — императора Карла V, — ведь для него естественно было защищать христианство. Все это потрясло юного Франциска Гандийского. В глубине души он пришел к убеждению, что причиной этого были мировой грех и последствия грехов его семьи. Одна неожиданная встреча дала ему возможность увидеть лицо того, кто поможет ему примириться с Небом.
Франциск проезжал верхом по Алькала-де-Энарес в компании с молодыми дворянами, когда вдруг увидел человека, которого люди Инквизиции тащили в тюрьму. Он остановился, чтобы получше рассмотреть его, казалось, что лицо пленника озарял какой-то внутренний свет. Он попросил рассказать ему его историю.
Игнатий Лойола, баскский дворянин, в 1521 году был ранен французами при осаде Памплоны. После болезненной операции на ноге стал калекой. Не имея возможности служить своему королю, он решил служить Богу. Во время долгого уединения в Манреса, Каталония, он составил сборник духовных упражнений, дававших человеку через самонаблюдение и анализ возможность познать свои ошибки, укреплявших его волю, чтобы не совершать их снова, и желание стремиться к божественной любви. За этот сборник и благочестивые поступки, к которым он приобщил юных студентов Алькалы — в частности, почитание Девы Марии в субботу, которое досадным образом напоминало шабаш евреев, Инквизиция его арестовала. Лойола вызывал подозрения, потому что Лютер и его последователи в самой Испании оправдывали их бунт против католической Церкви необходимостью установления прямого диалога между человеком и его Создателем.
Возможно, молодой Франциск Гандийский узнал о причине ареста, и это его взволновало. После скандального разграбления Вечного города он стал особенно восприимчив к тому, что так или иначе относилось к реформатору Церкви из Германии, приверженцы которого слишком хорошо послужили в Риме делу императора, мстя папе.
В круговороте придворной жизни юный Франциск быстро забыл о своих тревогах. Он потерял из виду странного отшельника. В Саламанке Инквизиция отпустила Игнатия Лойолу, и через некоторое время он был вынужден вернуться во Францию и основал там религиозную секту, ставшую зародышем могущественного монашеского ордена Иезуитов.