По приказу бывшего герцога эта огромная армия распространилась по всей земле. Цель их борьбы — повсеместное торжество римской католической веры. Иезуиты брались за все: они всегда были готовы оказать духовную поддержку, даже если это выходило за рамки обычных обязанностей приходских священников. В Риме они были папскими исповедниками, и в их обязанности входило выслушивать исповеди на любых языках в соборе Святого Петра. Они ухаживали за больными и умирающими, давая им последнее причастие. В качестве капелланов они сопровождали солдат, как миссионеры вместе с путешественниками участвовали в экспедициях: с 1566 по 1572 годы из Испании во Флориду отправились три экспедиции с целью евангелизации, но иезуиты, участвовавшие в них, были истреблены индейцами. Более удачными оказались три другие экспедиции в Перу — с 1560 по 1572 годы — и первая миссия иезуитов в Новую Испанию, прибывшая в Мехико накануне смерти Франциска Борджиа.
Отец генерал радовался, что для христианской веры открываются далекие земли. Но страдания и смерть шли по пятам за воинами Господа; случалось, что все их усилия оказывались напрасными из-за мелочной вражды между религиозными орденами.
Даже при поддержке Пия V иезуиты со всех сторон подвергались нападкам. На территории Империи, в Мюнхене, пытаясь уничтожить репутацию святости, основанную на целомудрии преподавателей и студентов иезуитских коллегий, в 1565 году лютеране распустили слух, что юных школяров подвергали кастрации. Обвинение было выдвинуто в тот момент, когда провинциал иезуитов (духовное лицо, возглавляющее монастыри ордена в округе) Пьер Канизиус был папским легатом в империи. Герцог Баварский приказал устроить публичное следствие. Обвинителем выступил Жан Кессель — четырнадцатилетний ученик, высланный из учебного заведения за дурное поведение. Он предстал обнаженным перед врачами и хирургами. В своем протоколе они констатировали, что действительно учащийся не имел тестикул, но при этом не было обнаружено ни шрамов, ни следов насильного калечения. Объяснение оказалось простым — его дал хирург герцога. Тестикулы оказались зажатыми в животе ребенка, и после нескольких вдохов и нажатий на область брюшной полости они вышли наружу! Разумеется, обвинение отпало само по себе, но слухи распространялись с умыслом, и реформисты были готовы ими снова воспользоваться в случае необходимости.
Казиниус боролся с отступничеством ректора Иезуитской коллегии в Праге, с враждебными памфлетами, опубликованными в Магдебурге и направленными против Святого престола, с Centuries (Центуриями), написанными под руководством Матиаса Флаха Франковича, или Иллирикуса. Ко всему прочему, прошел слух, что сам Казиниус стал лютеранином. Единственным достойным ответом было создание коллегий — в Галле, Тироле с помощью дочерей императора Фердинанда, в Польше, в Трансильвании, и публикация истории Церкви с описанием великих деяний — знаменитые Annales ecclesiastici (Церковные Анналы).
Наступил момент, когда пришлось вступить в открытую борьбу с внешней опасностью, угрожавшей всему христианскому миру. Новый султан Селим в 1570 году решил уничтожить христиан, выставив против них огромную армию. Папа Пий V был настроен так же решительно, как и его предшественники в прошлом веке. Под знаменем Церкви он решил собрать всех монархов католического мира. Легатами a latere из окружения, были назначены: кардинал Коммендоне (ему помогал иезуит Франсиско Толет) и кардинал Александрийский (его племянник) в Германии и Польше; Микеле Бонелли в Испании, в Португалии и Франции. Кардинал Александрийский попросил своего дядю, чтобы Франциск Борджиа тоже участвовал в его посольстве. Отец-генерал был очень занят делами ордена и болен. Он знал, что уехать — значило для него подписать себе смертный приговор. Но он поклялся безоговорочно повиноваться Святому отцу. 30 июня 1571 года вместе с блестящей свитой кардинала Александрийского он отправился в путь.