В начале лета состояние больного не улучшилось. Он узнал, что во Франции произошло столкновение католиков и протестантов, явно не без помощи Екатерины Медичи и с молчаливого согласия короля. Протестантов обвиняли в том, что они хотели захватить власть в связи с браком Генриха Наваррского и Маргариты. Этой жестокой резни в праздник Святого Варфоломея 24 августа 1572 года можно было бы избежать, если бы Франциск смог женить короля Себастьяна — воспитанника иезуитов — на французской принцессе. Но хитрости земной политики теперь уже не волновали больного…
Он сознавал, что скоро умрет, и думал только о вступлении в загробную жизнь. На носилках его отнесли в Лорето, к дому Девы, которую, согласно поверьям, туда перенесли ангелы. Затем он возвратился в Рим, где на трон Святого Петра взошел новый папа — Григорий XIII. Умирающего поместили в монашеском доме. Ему оставалось жить еще два дня. Он угас 30 сентября 1572 года в полночь, утешенный своими соратниками и братом Фомой, будущим архиепископом Сарагосским. Его смирение и уничижение дали ему такую власть над людьми, какой не было ни у одного из его предков Борджиа и которая обеспечила ему превосходство над величайшими земными владыками. Он умирал, но Вечность уже приняла его как духовного повелителя.
Это было только начало жизни будущего святого. Его хоронили 1 октября, и весь Рим пришел в монашеский дом — кардиналы, прелаты, сановники, люди из народа. В 1617 году его тело перенесли в церковь Иисуса, но долго оно там не оставалось. По настоянию кардинала-герцога Лермы, первого министра короля Филиппа III Испанского и внука отца Франциска, и по просьбе кардинала Гаспара Борджиа, посла Испании, его прах, за исключением одной руки, оставшейся в церкви Иисуса, был перевезен в Мадрид.
Причисленный к лику блаженных Урбаном VIII 21 ноября 1624 года, новый блаженный был выставлен в великолепной мадридской церкви, построенной его внуком, кардиналом-герцогом. В течение недели его останки, сопровождаемые ликующими процессиями, переносили из одной мадридской церкви в другую. Драгоценную раку с его телом несли четырнадцать испанских грандов, среди них были герцоги Осуны, Сессы, Пенаранды, Вилла-Эрмозы, Лермы и Гихара, князь Сквиллаче и маркиз Кастель Родриго. Другие аристократы поддерживали золотой балдахин, третьи — ленты раки. Все они были его потомками. Всего насчитали восемьдесят шесть дворян, из самой родовитой испанской знати — он был их дедом, прадедом, прапрадедом. Рыцари ордена Сантьяго, Совет тринадцати командоров, все королевские советники, члены магистратуры и народ шли за кортежем. Это был настоящий триумф на небесах, но еще и торжество целой расы, в которой воплотилась очень гордая, очень подозрительная и очень католическая Испания.
Но пока Франциск еще не достиг вершин небесных почестей. Через сорок семь лет, получив огромное количество свидетельств о чудесных деяниях блаженного, правивший в то время понтифик Климент X канонизировал его 11 апреля 1671 года. В соответствии с Римским мартирологом его праздник установлен 3 октября: «Святой Франциск Борджиа, генерал Общества Иисуса, прославился строгостью своей жизни, даром проповедника, отрекся от светских титулов и отказался от званий, даваемых ему церковью».
Вся жизнь нового святого была полной противоположностью жизни его деда Александра VI. Но и лицевая и изнаночная стороны гобелена судьбы одинаково блестящи. Они сотканы из одних и тех же клубков. В них переплелись разноцветные нити одинаковых страстей. Действовать в настоящем, давать волю своим страстям и своим желаниям, переступить через все ради идеала — все Борджиа вели себя именно так. Менялась только их цель: Бог или Человек, но всегда властный и деспотичный внутренний голос побуждал их выйти за рамки посредственности. Все они с одинаковым упрямством шли своим путем, раздирая плоть об иглы удовольствий или умерщвляя ее. Они были исследователями неизвестности — для Франциска это была вселенная милосердия, а для Чезаре — итальянское королевство…
Ставшие образцом для подражания или непризнанные современниками, они имели привилегию показать им, каким путем следует идти, а каких камней преткновения следует избегать. Они были квинтэссенцией общества, его элементом, в котором воплотилось главное. В них отразились все пороки и добродетели времени, в их чертах проявилось то, что в других оказалось лицемерно скрыто из-за стыда перед людьми. Они проявили себя как представители освобожденного человечества.