Король Владислав Венгерский наметил возобновление кампании на осень. Немецкие солдаты под командованием Ульрика де Силли присоединились к его армии в Белграде, но вспыхнула драка между немцами Силли и венграми Владислава Корвина, сына Яноша Хуньяди. Король Владислав отомстил за смерть Силли, обезглавив Владислава Корвина. Начавшиеся кризис и беспорядки положили конец крестовому походу. Кардинал Карвахаль отправил крестоносцев по домам.
Участие немцев в святом начинании всегда порождало проблемы. Размер контрибуций, потребованных у населения, вызвал глубокое раздражение, которое повлекло за собой созыв собрания выборных в Нюрнберге и Франкфурте-на-Майне: невзирая на папские просьбы немцы потребовали восстановления свобод, обещанных в Констанце и Базеле. Результаты выборов церковных сановников не должны были больше отменяться римским двором. Без особого результата кардинал Пикколомини боролся, защищая позиции папства, против Мартина Майра, канцлера князя-архиепископа Майнцкого.
К счастью, пока дело крестового похода принимало плохой оборот в Германии, христианский мир добился значительных преимуществ на других полях сражений. Национальный герой Албании Георг Кастриоти, или Скандербег, прозванный Каликстом III «Атлет Христа», разбил в Тармонице в июле 1457 года армию турецкого военачальника Исы-бея. Через месяц папский флот под командованием Скарампо разгромил турецкий флот в Метелине и взял в плен двадцать пять кораблей. В Венгрии спор между императором Фридрихом и молодым королем Владиславом из-за наследства Силли закончился соглашением в ноябре 1457 года, но Владислав умер 23 числа того же месяца. И тогда на трон Венгрии взошел ребенок, Матьяш Хуньяди Корвин. Богемский трон после смерти короля Владислава тоже пустовал. 2 марта 1458 года королем Богемским был выбран Георгий Подибрад. Это был еретик из секты утраквистов, или чашников, проповедовавших причастие под обоими видами, что противоречило католической практике. Кардиналу Карвахалю удалось добиться отречения выбранного короля: 6 мая 1458 года Подибрад поклялся в верности и послушании католической церкви и папе Каликсту III. Он пообещал вернуть своих подданных на путь истинной веры и присоединиться к кампании против турок, как только в его королевстве будет наведен порядок.
Со своим бывшим покровителем Каликсту не везло. После случая с буллой in Coena Domini их отношения постоянно ухудшаются. Летом 1457 года конфликт снова вспыхивает из-за епископских назначений. Папа угрожает королю отлучением от церкви и низложением. Но без мощного неаполитанского государства нельзя вести крестовый поход. Тогда папа пытается договориться. Когда в октябре 1457 года красавица Лукреция д’Аланьо приезжает в Рим, папа, возможно, под влиянием кардинала Родриго, который пытается сблизить оба двора, оказывает почетный прием прекрасной даме. Но король отказывается от всяческого примирения. Утомившись, Каликст его публично позорит: «С того дня, когда Альфонс стал властителем Неаполя, Церковь не знает покоя. Он постоянно терзал моих предшественников, Мартина, Евгения, да и меня самого. Но я полон решимости, если случится ему умереть, избавить моих наследников от этого рабства. Я сделаю все возможное, чтобы помешать его незаконнорожденному сыну Ферранте унаследовать его корону».
В начале лета следующего года, как предсказывал папа, Альфонс тяжело заболел. Он умирает 27 июня. Едва узнав о его кончине, Каликст немедленно начал улаживать оставшиеся нерешенными проблемы между Римом и Неаполем. Будучи папой, он сохранил епископство Валенсийское, доходы от которого измерялись в 18 000 дукатов. Он возвел его в ранг архиепископства и поручил управлять своему племяннику, кардиналу Родриго. Он доверяет епископство Геройское своему датарию Козимо де Монсеррато. Другие арагонские бенефиции распределены между кардиналом Луисом Хуаном и членами семьи Борджиа. Папа заявляет, что королевство Неаполитанское подчиняется Церкви. Незаконнорожденный сын Альфонса Ферранте не может никоим образом надеть корону. Если удастся доказать, что королевство на законных основаниях принадлежит Рене Анжуйскому, папа ему его отдаст, если же нет, то он сделает его вотчиной того, кто покажется ему способным им править. Проходит слух, что он хочет доверить корону Неаполитанскую своему племяннику, капитану Церкви дону Педро, перед тем как его провозгласить, по выражению дипломатов, императором Востока или, по крайней мере, царем Кипра!