Климент VIII не прячется. Очень достойно он организует церемонию, которая состоялась 26 июля 1429 года. Сидя на своем троне, одетый в папские облачения, антипапа торжественно отменяет вынесенное им самим и его предшественником решение об отлучении от церкви папы римского. Затем по его приказанию читают папскую грамоту Incomrpehensibilia Dei judicia, «суждения господни непостижимы», — в которой он провозглашает, что добровольно слагает с себя папское звание. Он сбрасывает папские одежды и облачается в одеяния ученого-мирянина. По его приглашению последние верные сторонники собираются на конклав и избирают кардинала Отто Колонну — то есть римского папу Мартина V, — папу уже в течение двенадцати лет. Через две недели антипапа, ставший простым частным лицом, отправляется в Сан-Матео во дворец великого магистра ордена Монтесы, где клянется повиноваться легату Пьеру де Фуа. Примирившись с Церковью, в качестве награды он получает епископат Майорки. Великий посредник, благодаря которому покончено с расколом, Алонсо де Борха сам получает 20 августа 1429 года роскошную награду: папа Мартин V, с согласия короля Альфонса V, назначает его главой богатого епископата Валенсийского; эта должность оставалась незанятой уже два года.
Пятидесятилетний Алонсо с удовлетворением возвращается в роли пастыря в епархию, где он родился. Новый сан не отдаляет его от короля: кроме обязанностей личного секретаря, Альфонс V доверяет ему обязанности наставника его незаконнорожденного сына Ферранте. Он постоянно обращается к нему за советом при решении споров, раздирающих Арагонское и Кастильское королевства. В промежутках между его пребываниями при дворе Алонсо направляется в Хативу, где узнает об увеличении числа его родственников. 1 января 1432 года в доме на калье де Вентрес появляется на свет племянник Родриго, сын его сестры Изабеллы и Хофре де Борха-и-Омс. Епископ Валенсийский очень привязан к этой маленькой семье, из которой по крайней мере пятеро детей заставят мир говорить о себе. Кроме Родриго — будущего папы Александра VI, — Педро Луис; старший станет герцогом Сполето и префектом Рима, а его дети породнятся с благородными семействами: Хуана выйдет замуж за Педро Гвиллена Лансоль де Романи, Текла — за одного из Видаль де Виланова, а Беатриса — за Химена Перес де Аренас. Другой ребенок, Франсиско де Борха, родившийся через десять лет после Родриго, воспитывается в окрестностях Валенсии. Его называют «бастард Борха». Оставаясь некоторое время в стороне, он достигнет почестей очень поздно: епископ в 1495 году, он будет назначен кардиналом в 1500 году. Историк Алонсо Шакон (или Чаконниус) называет его незаконнорожденным ребенком епископа Валенсийского, но этот факт остается недоказанным, хотя в нем нет ничего необычного, если учитывать нравы той эпохи.
Алонсо не замыкается на внутренних делах Испании. Его повелитель поверяет ему свои неаполитанские замыслы. Когда в ноябре 1434 года умирает король Людовик III Анжуйский, королева Жанна II едва успевает, до своей смерти 2 февраля 1435 года, назначить наследником Рене, брата анжуйского претендента. Так как Рене является пленником герцога Бургундского, его жене Изабелле Лотарингской, старшей дочери герцога Миланского Филиппо Марио Висконти, приходится храбро выступить против Альфонса V. И она одерживает победу. В Понца 5 августа 1435 года Альфонс V терпит сокрушительное поражение в морской битве. Он взят в плен, и его удерживают в Милане. Правда, в тюрьме ему удается обольстить своего надзирателя, и тот становится его другом. Так королю удается освободиться, и он снова начинает свое наступление на королевство Неаполитанское.
Епископ Валенсийский не щадит себя и помогает своему королю на поле битвы. Великое арагонское начинание против Неаполя становится колониальной экспедицией, в которой участвует весь народ. В последующих кампаниях участвуют дворяне Альфонса, которым обещаны богатые владения, но он опирается еще и на местных крупных вельмож, врагов анжуйского претендента — таких, как принц де Таренте, Джованни Антонио дель Бальцо Орсини, а также на потомков каталонских семей, поселившихся в Неаполе в прошлом веке — на старшую ветвь Борха. Он сталкивается с Джакомо Вителески, прелатом-кондотьером, которого папа Евгений IV направил для помощи Изабелле, жене Рене Анжуйского, а также с собственным кондотьером анжуйского принца Джакомо Кальдора. Немилость первого, смерть второго в 1439 году навсегда похоронили анжуйские претензии. Наконец 12 июня 1442 года Альфонс захватывает столицу. В следующем году он торжественно въезжает в нее на золоченой колеснице, запряженной четырьмя белыми скакунами. Он проезжает по улицам, усыпанным цветами, аллегорические сцены представляют Фортуну, Добродетели и Цезаря, попирающего картину мира.