Устранение старого Мстиславского по времени совпало с кончиною Никиты Романовича Юрьева (весна 1585 года). На вершинах боярства стояли теперь друг против друга Борис Годунов и князья Шуйские, выступившие на первый план с удалением Мстиславского. Шуйские желали продолжать борьбу с временщиком и повели ее осторожно и столь хитроумно и сложно, что раскрыть их замыслы представляет большую трудность. Зачем-то они вовлекли в свою интригу общественные низы: «Стали измену делать [выражалось о них правительственное сообщение], на всякое лихо умышлять с торговыми мужиками». Слово «торговые» надо в данном случае перевести словом «площадные». Шуйские возбудили против Бориса московскую площадную толпу. В первой половине 1587 года в Москве произошел уличный беспорядок, направленный против господства Годуновых: «В Кремле-городе в осаде сидели и стражу крепкую поставили».
Когда же отсиделись и справились с толпою, то начали «розыск» — следствие, по которому главными виновниками были признаны князья Андрей Иванович и Иван Петрович Шуйские. Их постигла государева опала: они были сосланы, имущество их конфисковано. Молва говорила, что в ссылке пристава Шуйских позаботилась об ускорении их кончины. Приятели Шуйских Колычевы, Татевы и другие были также сосланы. Их «люди» (холопы) и «торговые мужики» подверглись пыткам, а шесть или семь из них были даже казнены, «главы им отсекоша». Московское правосудие за одно и то же дело всегда карало боярина ссылкой, а «мужика- вора» смертною казнью. В чем именно оказались виноваты потерпевшие на пытках и в ссылках, никто из современников прямо не объясняет. Можно только догадываться, что «площадь» пыталась учинить «мирское челобитье» о том, о чем ее научили просить враждебные Борису бояре и о чем рискнул просить царя вместе с боярами и московский митрополит Дионисий. Просили царя не более и не менее как о том, «чтобы ему, государю, вся земля державы царские своея пожаловати: прияти бы ему вторый брак, а царицу первого брака Ирину Федоровну пожаловати отпустити в иноческий чин; и брак учинити ему царского ради чадородия». Дело в том, что у царя не было детей; та мысль, что у царя был брат Дмитрий, видимо, не играла никакой роли; боялись прекращения династии и думали избежать этого бедствия, устранив неплодную царицу. Забота о благополучии династии была, конечно, благовидна и лояльна; но она была внушена Шуйским и их сторонникам не одною любовью к династии и государству, но еще и надеждой, что вместе с удалением царицы падет и ее брат Борис, ненавистный челобитчикам.
Расчет был тонок и хитер, но оказался неосновательным. Челобитчики все-таки ошиблись: если бы Ирина была действительно неплодна, их челобитье имело бы смысл; но царица несколько раз перенесла несчастные роды до тех пор, пока у нее родилась дочь Феодосия (1592 г.). Поэтому речь о разводе была преждевременна и очень бестактна, а вмешательство площадной толпы в такое интимное дело могло представиться дерзким и преступным. Сохраняя порядочность и достоинство власти, Борис мог говорить, что Шуйские «стали перед государем измену делать, неправду, на всякое лихо умышлять с торговыми мужиками… а мужики, надеясь на государскую милость, заворовали было, не в свое дело вступились, к бездельникам пристали». Митрополит Дионисий, поддержавший своим участием «бездельное» челобитье, оказался в ложном наложении и должен был оставить митрополию и удалиться в монастырь, потому что тоже «к бездельникам пристал».
Так столкновения с виднейшими представителями знати окончились для Бориса полным торжеством, причем Борис имел вид человека не нападавшего, а только оборонявшегося. Не он вел интригу, он, по словам летописи, лишь «осиливал» своих врагов, которые на него покушались. Он опекал царя и «поддерживал» под ним власть; они же «ему противляхуся и никакож ему поддавахуся ни в чем». Преследования бояр имели вид наказания за сопротивление законной власти и за покушение на семейную жизнь царя. Преследование не напоминало жестокостей Грозного. Бояр не губили (по крайней мере, явно), людей ссылали и казнили по розыску и суду. На Бориса можно было злобиться и злословить, но его нельзя было сравнить с Грозным и назвать тираном и деспотом. Прием власти стал иным, и недаром правительство указывало, что мужики «заворовали», «надеясь на государеву милость».