Суть опричнины состояла в том, что царь решил применить к областям, в которых находились вотчины служилых княжат-бояр, так называемый вывод, обычно применяемый Москвой в завоеванных ею землях. Великие князья московские, покоряя какую-нибудь область, выводили оттуда наиболее видных и для них опасных людей во внутренние московские области, а в завоеванный край вселяли жителей из коренных московских мест. Это был испытанный прием государственной ассимиляции, в корень истреблявший местный сепаратизм. Это-то решительное средство, направляемое обыкновенно на внешних врагов, Грозный направил на внутреннюю «измену»: он решил вывести княжат из их удельных гнезд на новые места. Флетчер передает дело так, что царь, учредив опричнину, захватил себе вотчины князей, за исключением весьма незначительной доли, и дал княжатам другие земли в виде «поместий» (служебного казенного надела), которыми они владеют, пока угодно царю, в областях столь отдаленных, что там они не имеют ни любви народной, ни влияния, ибо они не там родились и не были там известны. По мнению Флетчера, эта мера достигла своей цели:
«Высшая знать, называемая удельными князьями, сравнена с остальными; только в сознании и в чувстве народном сохраняет она некоторое значение и продолжает пользоваться внешним почетом в торжественных собраниях».
Вывод княжат и конфискацию их вотчин Грозный произвел не прямо и не просто, а обставил дело такими действиями и начал его таким подходом, что возбудил, по-видимому, общее недоумение своих подданных.
Начал он с того, что покинул вовсе Москву и государство и согласился вернуться, по просьбе москвичей, лишь при условии, что ему никто не будет перечить в его борьбе с изменою:
«Опала своя класти, а иных казнити, и животы их и статки [имущество, достатки] имати, а учинити ему на своем государстве себе опришнину: двор ему себе и на весь свой обиход учинити особной». Особной двор и был составлен из бояр и дворян («тысячи голов» — опричников), придворной служни, московских улиц и слобод, приписанных к опричнине, и различных городов и волостей, которые государь «поймал в опричнину».
Устроившись в новом дворе, Грозный начал последовательно забирать в опричнину все большее количество земель, именно тех, которые составляли старую удельную Русь и в которых сосредоточивались вотчины княжат. На землях, взятых в опричнину, царь «перебирал людишек», то есть землевладельцев: иных «принимал» к себе в новую службу, а других «отсылал», иначе говоря, выгонял прочь из их владений, давая им новые земли (и притом вместо вотчин поместья) на окраинах государства. Род за родом, семья за семьей, княжата подпадали под своеобразный пересмотр и в громадном большинстве случаев теряли старую оседлость и выбрасывались вон с наследственных гнезд. В течение двадцати последних лет царствования Грозного опричнина охватила полгосударства и разорила все удельные гнезда, сокрушив княжеское землевладение и разорвав пугавшую Грозного связь удельных «владык» с их удельными территориями. Цель Грозного была достигнута; но ее достижение сопровождалось такими последствиями, которые вряд ли были необходимы и полезны. Взамен уничтожаемых «княженецких вотчин», представлявших собою крупные земельные хозяйства, вырастали мелкие поместные участки; при их образовании разрушалась сложная хозяйственная культура, созданная многими поколениями хозяев-княжат; гибло крестьянское самоуправление, жившее в крупных вотчинах; отпускались на волю боярские холопы, менявшие сытую жизнь боярского двора на голодную бесприютность. Самый характер производимой Грозным реформы — превращения крупной и льготной формы землевладения в форму мелкопоместную и обусловленную службою и повинностями — должен был вызывать недовольство населения. А способы проведения реформы вызывали его еще более. Реформа сопровождалась террором.