Предки Годунова не были ни татарами, ни рабами. Природные костромичи, они издавна служили боярами при московском дворе. Старшая ветвь рода, Сабуровы, процветала до времени Грозного, тогда как младшие ветки, Годуновы и Вельяминовы, захирели и пришли в упадок. Бывшие костромские бояре Годуновы со временем стали вяземскими помещиками. Вытесненные из узкого круга правящего боярства в разряд провинциальных дворян, они перестали получать придворные чины и ответственные воеводские назначения.
Борис Годунов родился незадолго до покорения Казани, в 1552 г. Его отец, Федор Иванович, был помещиком средней руки. Благодаря прозвищу «Кривой» мы знаем о физическом недостатке Федора Годунова. Судить о личных качествах этого человека не представляется возможным. Служебная карьера Федору явно не удалась. Незадолго до появления на свет Бориса московские власти составили списки «тысячи лучших слуг», включавшие весь цвет тогдашнего дворянства. Ни Федор, ни его брат Дмитрий Иванович Годунов не удостоились этого звания.
Дмитрий и Федор сообща владели небольшой вотчиной в Костроме. В жизни Бориса это обстоятельство сыграло особую роль. После смерти отца его взял в свою семью дядя. Не только родственные чувства и ранняя кончина собственных детей побудили Дмитрия Ивановича принять особое участие в судьбе племянника. Важно было не допустить раздела последнего родового имения.
Невысокое служебное положение и худородство, можно сказать, спасли Годуновых в дни, когда разразилась опричная гроза. Государство оказалось поделенным на опричнину и земщину. Царь Иван объявил Вязьму своим опричным владением, его подручные произвели там «перебор людишек». В присутствии особой комиссии каждый вяземский дворянин должен был дать показания о своем происхождении, родстве жены и дружеских связях. Родство с боярами, столь высоко ценившееся прежде, могло теперь погубить карьеру служилого человека. В опричный корпус зачислялись незнатные дворяне, они и получали всевозможные привилегии. Прочих лишали их поместий и высылали из уезда. Судя по вяземским писцовым книгам, Дмитрий Годунов пережил все испытания и попал в опричный корпус в момент его формирования.
Царь стремился вырваться из старого окружения. Ему нужны были новые люди, и он распахнул перед ними двери дворца. Так скромный вяземский помещик стал придворным. Служебные успехи дяди пошли на пользу племяннику и племяннице. Борис, по свидетельству его собственной канцелярии, оказался при дворе подростком, а его сестра Ирина воспитывалась в царских палатах с семи лет. Ирина Годунова была ровесницей царевича Федора, родившегося в 1557 г. Сироты водворились в Кремлевском дворце с момента провозглашения опричнины.
Новую думу царя возглавили боярин Алексей Басманов и руководители главных опричных приказов — оружничий Афанасий Вяземский, постельничий Василий Наумов, ясельничий Петр Зайцев. Творцы опричнины доказывали необходимость сокрушить своевольную аристократию методами неограниченного насилия. Они провели свою программу в жизнь. Множество княжеских семей оказались, в изгнании, на восточной окраине государства, в первые же месяцы опричнины. Антикняжескую направленность опричнина утратила через год. Иван IV вынужден был признать крушение своей политики и распорядился вернуть из ссылки большинство опальной знати.
Дмитрий Годунов не принадлежал к плеяде учредителей опричнины. Свой первый думный чин он получил благодаря случайному обстоятельству — внезапной смерти постельничего Наумова. Годунов занял вакантный пост главы Постельного приказа в то время, когда первые страницы опричной истории были уже заполнены.
Теперь ободренные уступками царя бояре требовали полной отмены опричнины. Верхи феодального сословия выражали недовольство. Трон зашатался. Иван тщетно искал примирения с земщиной. И тут испуганные вожди опричнины впервые прибегли к массовым казням. Волна террора вынесла на поверхность таких авантюристов, как Малюта Скуратов и Василий Грязной. Дела об измене множились изо дня в день. В страхе перед боярской крамолой Иван то помышлял об уходе в монастырь, то готовился бежать вместе с семьей в Англию. Но между тем не забывал и о Пыточном дворе. Вместе со Скуратовым подолгу не покидал его стен. По временам опричная братия искала успокоения в постах и молитвах. Примеряясь к будущей монашеской жизни, Иван исполнял роль игумена опричного братства. Оружничий служил келарем. Постельничему Годунову отводилась более скромная роль, но и он без сомнения надевал черный монашеский куколь (головной убор). Малюта Скуратов занимал одну из низших ступеней в монашеской иерархии: он числился пономарем и лихо звонил в колокол. Но слава о его «подвигах» облетела всю страну.