Уничтожение царского завещания, по тогдашним меркам, было делом неслыханным. Если это сделал Борис, то что толкнуло его на такой шаг? Может быть, опасность для него таили в себе те распоряжения Грозного, которые касались полномочий регентов и определяли права Дмитрия, младшего брата Федора?
В случае смерти бездетного Федора царевич Дмитрий оставался единственным членом царствующего дома. Нагие понимали, что малолетний царевич может сесть на царство в любой момент, и по-своему готовились к этому, старательно поддерживая в нем неприязнь к советникам царя Федора. В характере Дмитрия, страдавшего эпилепсией, рано проявилась унаследованная от отца жестокость. Зимой мальчик лепил снежные фигуры и называл их именами ближних бояр. Окончив работу, он принимался лихо рубить им головы, приговаривая: «Это Мстиславский, это Годунов». В Москве детские «глумления» царевича вызывали неудовольствие и страх. Взаимные подозрения достигли предела. Угличский двор распространял повсюду слухи, будто родственники Федора, рассчитывавшие заполучить трон в случае его бездетной смерти, пытались «окормить» Дмитрия зельем. Слухи эти записал в 1588–1589 гг. английский посол Флетчер. Они оказались столь живучи, что попали на страницы поздних русских летописей XVII в.
Московский двор не остался в долгу. Ранее 1589 г. власти разослали но всем церквам приказ, воспрещавший упоминать на богослужениях имя Дмитрия па том основании, что он зачат в шестом браке, а следовательно является незаконнорожденным. Такой приказ, утверждал английский посол, отдал священникам сам царь вследствие происков Бориса Годунова. Церковные правила строго воспрещали православным вступать в брак более трех раз. При жизни Грозного никто не смел усомниться в законности его последнего брака. После его кончины все изменилось. Родне Дмитрия оставалось надеяться на царское завещание. Отцовское благословение само по себе утверждало взгляд на царевича как на законного наследника престола. Уничтожение завещания лишило претензии угличского князя юридической базы.
Неизвестно, в самом ли деле Нагие устраивали заговоры с Шуйскими, как то утверждал Годунов. Во всяком случае и те и другие подверглись преследованиям почти одновременно. Не позднее 1588 г. власти арестовали и заточили в монастырь Петра Нагого, сына любимца Грозного Афанасия Нагого. Считалось, что самого Афанасия Нагого убили сразу после смерти Ивана IV. На самом деле в «дворовом» списке царя Федора можно обнаружить сведения о том, что в 1588 г. его держали под арестом в Ярославле. Приставом у него был дворянин Жеребцов, доверенное лицо Бориса.
Политика Годунова не пользовалась достаточной популярностью. Она постоянно наталкивалась на глухое сопротивление в среде удельной и боярской знати. Неудивительно, что власти добивались ослабления политического могущества аристократии. В конце 80-х годов казна конфисковала удельные владения ливонской королевны Марии Старицкой, троюродной сестры царицы Марии Нагой. Королевну вынудили принять пострижение и удалиться с малолетней дочерью в монастырь. Царицу Марию Нагую ограничили в правах, а находившееся в ее владении Угличское удельное княжество подчинили контролю московской приказной администрации, направив туда дьяка Михаила Битяговского. У царя Симеона Бекбулатовича отняли титул великого князя Тверского и отобрали тверской удел. Князья Воротынские сохранили свои владения, но им не разрешено было жить в Москве. Помимо удельной знати, гонениям подверглись князья Голицыны и Куракины, нетитулованная старомосковская знать Шереметевы и Бутурлины. «Великих» Морозовых, Яковлевых, Колычевых правитель многие годы не допускал в Боярскую думу.
Раздор Бориса с боярами, недовольство «скудеющих» дворян и городские восстания вызвали к жизни политику, некоторыми чертами напоминавшую опричнину. Современники живо почувствовали опасность. Один из них подробно описал опричные меры Ивана IV против знати и тут же отметил, что подобные средства употребляют ныне Годуновы ради того, чтобы истребить и унизить знатнейшее дворянство. Деятельность Бориса в самом деле приобрела отчетливый антибоярский характер. Но столкновение со знатью все же не привело к повторению опричнины. Воспитанник Грозного смог одолеть бояр без новой опричнины, потому что имел возможность воспользоваться ее плодами. Еще больше он обязан был своим торжеством успехам политической централизации, достигнутой к концу XVI столетия. Без поддержки окрепшего приказного аппарата управления Годунову едва ли удалось бы справиться с всплеском аристократической реакции.