Политическая ситуация в Москве лишена была стабильности, и в Кремле вновь вспомнили об утвержденной грамоте. После коронации апрельский текст, служивший предвыборным памфлетом, окончательно устарел. Царской канцелярии пришлось немало потрудиться, чтобы составить новый текст, радикально отличавшийся от старого. Борис приказал переписать грамоту о своем избрании в двух парадных экземплярах. Первый был запечатан золотыми и серебряными печатями и сдан на хранение в казну, второй попал в патриаршую ризницу в Успенском соборе. Из усердия Иов велел вскрыть гроб чудотворца Петра в Успенском соборе и вложил в него свой экземпляр.
В самом конце 1598 г. — начале 1599 г. власти созвали в Москве Земский собор и представили ему на рассмотрение новую утвержденную грамоту. Законность нового собора не вызывала ни малейшего сомнения. В полном соответствии с соборной практикой XVI в. его члены были назначены самим правительством. На соборе присутствовали как сторонники, так и бывшие противники Годунова. Таким образом, новый собор обладал достаточной представительностью.
Перемены в составе собора сводились к следующему. Функционировавший до коронации вселенский собор был теперь распущен и уступил место священному собору в его традиционном составе. Несоборные иерархи не попали в перечни утвержденной грамоты, и лишь некоторым из них в виде исключения разрешили подписать документ. В первых избирательных соборах участвовали немногие бояре, преимущественно родственники правителя. На соборе 1599 г. Боярская дума была представлена почти в полном составе. В перечне утвержденной грамоты 1599 г, отсутствовали влиятельные бояре Голицыны, Куракины, Иван Шуйский, Шестунов, Сицкий. За исключением двух последних лиц, все они со временем скрепили документ своими подписями. Очевидно, церемония подписания избирательной грамоты боярами растянулась на длительный срок.
Помимо членов думы, правительство привлекло для участия в новом соборе значительную часть столичного дворянства, высшие дворцовые чины, стольников, стряпчих, жильцов, приказную бюрократию, стрелецких голов. Цвет столичной знати и служилые верхи были представлены на соборе с исключительной полнотой. Они решительно преобладали в составе служилых курий собора. Что касается провинциального дворянства, то его представлял на соборе «выбор из городов». На собор попали, однако, не все находившиеся в Москве «выборные» дворяне, а лишь половина из них. Грамоту подписали также несколько нечиновных детей боярских из Новгорода Великого, Ржевы и Белой. По своему положению эти люди стояли столь невысоко, что их подписи затерялись среди подписей купцов и посадских старост. Участие новгородцев в соборе не планировалось заранее: их имена не значатся и соборных списках. Но, в отличие от прочих дворян, провинциальные дети боярские расписались не только за себя, но за все уезды, которые они представляли. Подписи двух новгородских помещиков удостоверили участие в царском избрании служилого Новгорода.
После коронации власти не искали поддержки у «всенародного множества». Тем не менее они пригласили на Земский собор многих богатых купцов и посадскую администрацию столицы. В списках собора значились 22 гостя и 2 гостиных старосты, а также 14 соцких, возглавлявших тяглые «черные» сотни Москвы. Купцы скрепили грамоту своими руками, за некоторых соцких расписались горожане. Присутствие «черных» тяглых людей придавало собору подлинно земский характер.
Члены последнего Земского собора подписали утвержденную грамоту уже после того, как Борис прочно сел на царство. Следовательно, они не обсуждали вопрос, кого избрать на трон. У них попросту не оставалось выбора. По-видимому, все функции собора свелись к тому, что его участники выслушали текст утвержденной грамоты и поставили подпись на документе, заведомо ложно излагавшем историю воцарения Годунова. Подписание грамоты заняло продолжительное время, но властям так и не удалось добиться соответствия между перечнями и подписями членов собора. В конце концов невозможно решить, кто из них присутствовал на соборе в самом деле, а кто расписался на соборном приговоре задним числом. Утвержденная грамота 1599 г. имела значение своего рода поручной записи. Ее списки четко очертили тот круг лиц, от которых Борис требовал особых доказательств лояльности. К нему принадлежали бояре, столичные чины и вся столичная знать, высшие церковные иерархи и верхушка посада.