Ради поощрения торговли с Западом Борис осыпал щедрыми милостями немецких купцов, некогда переселенных на Русь из завоеванных ливонских городов. Они получили от казны большие ссуды и разрешение свободно передвигаться как внутри страны, так и за ее пределами. Ливонцы должны были принести присягу на верность царю, и в дальнейшем их использовали не только в торговых, но и в политических целях. Для жителей Немецкой слободы снова открылась кирха в Кукуе.
Борис проявлял живой интерес к просвещению и культуре, к успехам западной цивилизации. При нем иноземцев в Москве было больше, чем когда-нибудь прежде. Борис любил общество иноземных медиков, обосновавшихся при дворе, и подолгу расспрашивал их о европейских порядках и обычаях. Новый царь зашел столь далеко в нарушении традиций, что сформировал из наемников-немцев отряд телохранителей.
Годунов первым из русских правителей отважился послать нескольких дворянских «робят» за границу «для науки разных языков и [обучения] грамоте». При нем власти проявляли заботу о распространении книгопечатания, вследствие чего во многих городах были открыты типографии. Борис вынашивал планы учреждения в России школ и даже университета по европейским образцам.
Годунов проявлял исключительную заботу о благоустройстве столицы, строительстве и укреплении пограничных городов. При нем в жизнь Москвы вошли неслыханные ранее технические новшества. Русские мастера соорудили в Кремле водопровод с мощным насосом, благодаря которому вода из Москвы-реки поднималась «великой мудростью» по подземелью на Конюшенный двор. Заимствовав псковский опыт, Борис устроил первые в столице богадельни. В Кремле, подле Архангельского собора, он приказал выстроить обширные палаты для военных приказных ведомств, в Китай-городе, на месте сгоревших торговых рядов, — каменные лавки. Мастера заменили старый, обветшавший мост через Неглинную новым, широким, по краям которого располагались торговые помещения. На Красной площади выросло каменное Лобное место с резными украшениями и решетчатой дверью.
Строительство превратилось в подлинную страсть Годунова. По его приказу мастера надстроили столп колокольни Ивана Великого и приступили к возведению грандиозного собора «Святая святых», призванного украсить центральную площадь Кремля. Модель собора была готова, и строительные материалы свезены на площадь. Смерть Бориса, однако, помешала осуществлению его замысла.
Благодаря покровительству Годунова развернулся талант замечательного русского архитектора Федора Коня. Под руководством Коня русские строители опоясали Китай-город мощными укреплениями. На Красной площади, подле старой кремлевской стены, вдоль рва, поднялась вторая, зубчатая, стена. Федор Конь руководил возведением каменного града в Астрахани и грандиозных крепостных сооружений в Смоленске. Борис сам заложил смоленскую крепость, в сооружении которой участвовали «все города Московского государства», Крепость, снабженная 38 башнями, стала самым мощным оборонительным форпостом на западных рубежах страны.
Как истинный сын своего времени Годунов сочетал интерес к просвещению с верой в чудеса. Впрочем, в те времена этому была подвержена не только Россия, но и Западная Европа. Усомнившись в искусстве врачей, Борис искал помощи у колдунов и знахарей. Еще чаще он прибегал к средству, на которое всегда уповали благочестивые люди Древней Руси: усердно молился и ездил на богомолье в святые места. Благочестие сослужило правителю плохую службу. Однажды, отчаявшись, он велел напоить больного сына «святой» водой и в сильную стужу отнес его в храм Василия Блаженного. Так умер первенец Бориса, который со временем мог наследовать трон.
Несколько любопытных штрихов к биографии Годунова прибавляет история с женихом царевны Ксении герцогом Гансом Датским. Призванный в Москву в 1602 г. герцог опасно занемог. Обеспокоенный Борис прислал к датчанину всех своих докторов, но четыре дня спустя неожиданно запретил им посещать больного и отменил все назначенные ими процедуры.
На основании этого эпизода летописцы возложили на Бориса ответственность за смерть герцога. Но их версия страдает многими несообразностями. Борис будто бы замыслил злое, узнав, что московские люди «всею землею зело» полюбили Ганса. На самом деле молодой лютеранин, всего месяц пробывший в Москве, не знавший языка и не общавшийся с населением, не пользовался среди москвичей и тенью популярности. Более того, дружбой с иноверцем царь немало повредил своей репутации. Распоряжения Годунова насчет лечения Ганса объяснялись достаточно просто. Видя бессилие медиков, столкнувшихся с неизвестной им желудочной инфекцией, царь положился на православного бога и велел раздать пищим богатую милостыню. Вслед за тем Борис лично посетил нареченного зятя и у его постели промолвил: «Да, немного понимают мои доктора в этой болезни». Тут же он пригрозил докторам, что им будет плохо, а толмач угодит на кол, если герцог умрет. Каждый раз при царском посещении у постели больного разыгрывалась одна и та же сцена. Борис рыдал, вместе с ним выли и кричали все бояре. В комнате стоял невообразимый шум. Один из членов датской свиты услышал и записал в дневник причитания царя. «Не заплакала бы и трещина в камне, что умирает такой человек, от которого я ожидал себе величайшего утешения, — восклицал Борис. — В груди моей от скорби разрывается сердце».