Горожане составляли небольшую часть населения страны, не более 2 %. Прочий народ обитал в крохотных деревнях, разбросанных на обширном пространстве Восточно-Европейской равнины. Политика Годунова в отношении крестьянства носила отчетливо крепостнический характер. Отмена Юрьева дня и проведение в жизнь указа о сыске беглых крестьян безмерно расширили власть феодальных землевладельцев над сельским населением. Дворяне все чаще вводили в своих поместьях барщину, повышали оброки. Крестьяне с трудом приспосабливались к новому порядку вещей. Они мирились с временной отменой Юрьева дня, пока им сулили близкие «государевы выходные лета». Но шли годы, и население все больше убеждалось в том, что его жестоко обманули. Крестьяне протестовали против усиления крепостного гнета как могли. Чаще всего бежали от своих землевладельцев. Появились и более грозные симптомы. Молва об участившихся убийствах помещиков будоражила страну. Власти волей-неволей должны были подумать о средствах к успокоению деревни.
При вступлении на трон Борис обещал благоденствие как дворянам, так и крестьянам. Новый царь, утверждали руководители Посольского приказа, дал «всероссийской земле облехченье» и «всю Русскую землю в покое, и в тишине, и в благоденственном житии устроил». Официальные разъяснения произвели глубокое впечатление на иностранцев. Один из них, австрийский гонец Михаил Шиль, будучи в Москве, писал, что русские крестьяне находятся в полном рабстве у дворян, но Борис намерен строго определить объем повинностей и платежей, шедших с каждого крестьянского двора. Такая мера могла бы задержать повышение оброков и расширение повинностей. Но о практическом ее осуществлении ничего не известно.
В связи с коронацией Бориса власти объявили о налоговых послаблениях. Служивый иноземец Конрад Буссов писал, будто царь освободил от податей всю свою землю сроком на год. Однако Буссов писал с чужих слов — его рассказу едва ли можно доверять. В действительности правительство проводило дифференцированную политику в отношении различных групп податного населения. Многочисленное деревенское население смогло воспользоваться податными льготами в значительно меньшей степени, чем немногочисленное городское. Преимущество получили местности, остро нуждавшиеся в них. Так, разоренный дотла Корельский уезд, незадолго до того возвращенный Швецией России, был освобожден от налогов на 10 лет. В ответ на многолетние просьбы сибирских вогулов Борис велел сложить с них ясак на год, а в будущем уравнять обложение, «как кому можно впредь платить без нужи, чтоб впредь состоятельно и прочно и без нужды было». Среди сибирских татар и остяков облегчение получили только старые и «худые» ясачные люди.
Льготы, предоставленные отдельным местностям, быстро исчерпали себя. Крестьяне стонали под тяжестью государевых податей. Налоговый гнет разорял деревню.
В начале XVII в. сельское хозяйство пришло в упадок под влиянием стихийных бедствий. В аграрной России сельскохозяйственное производство отличалось крайней неустойчивостью и в огромной мере зависело от погодных условий. Изучение климатических изменений привело ученых к выводу, что на протяжении последнего тысячелетия самое крупное похолодание произошло во второй половине XVI — начале XVII в. В различных уголках Европы, от Франции до России, земледельцы сталкивались с одними и теми же явлениями: сокращением продолжительности теплых летних сезонов, необычайными морозами и обильными снегопадами. Климатические перемены не были столь значительными, чтобы вызвать общее снижение сельскохозяйственного производства. Но некоторые области Европы на рубеже веков пережили аграрную катастрофу.
Ухудшение климатических условий совпало в ряде стран с нарушением погодных циклов. На каждое десятилетие приходились обычно один-два плохих и один крайне неблагоприятный в климатическом отношении год. Как правило, плохие годы чередовались с хорошими, и крестьяне компенсировали потери из следующего урожая. Но когда бедствия губили урожай на протяжении двух лет подряд, мелкое крестьянское производство терпело крушение.