Наблюдая множившиеся признаки недовольства подданных, царь желал знать их тайные помыслы, власти натравливали холопов и кабальных людей на господ, чтобы проникнуть за прочные стены феодальных усадеб. Иван Грозный кончил тем, что издал особый указ против холопских доносов на господ. Борис стал возводить доносчиков-холопов в дворянское достоинство и жаловал их поместьями. О награждении доносчиков власти объявляли публично на площади перед Челобитным приказом. После смерти Бориса Лжедмитрий издал особый указ о конфискации поместий у новых дворян холопского происхождения, в большом числе появившихся при Годунове. По словам современников, от холопских доносов в царстве началась «великая смута».
Однако главной причиной «смуты» был, конечно, крепостнический курс правящих верхов. Борис вынужден был расплачиваться за свою политику. Он видел кругом смятение умов, измену. Агитация в пользу «доброго» царя распространялась повсюду словно поветрие. Бессилие порождало жестокость.
После расправы с вождем повстанцев Хлопком в 1603 г. пытки и казни превратились в повседневное явление. Восставшие холопы, посадские люди, крестьяне не могли рассчитывать на снисхождение. Крепостническое государство старалось виселицами оградить себя от народного гнева. В наиболее жестоких формах террор применялся в отношении низов, а не дворянства. Власти вполне оценили опасность, когда в лагере самозванца появились комарицкие мужики-повстанцы. В наказание за «воровство» Комарицкая волость была подвергнута неслыханно жестокому погрому. Мужчин вешали за ноги, жгли и расстреливали из луков, женщин и детей топили, оставшихся в живых продавали в холопство.
Тайное сыскное ведомство теперь возглавлял наследовавший Дмитрию Ивановичу Годунову Семен Годунов. Он усовершенствовал систему сыска в стране (иноземцы не слишком преувеличивали, говоря, что к каждому московиту приставлено по нескольку соглядатаев).
Прежде деятельный и энергичный, Борис в конце жизни все чаще устранялся от дел. Он почти не покидал дворец, перестал принимать прошения и жалобы. Круг лиц, всю жизнь поддерживавших его своими советами и помощью, стремительно сужался. Царя все больше одолевала болезнь. Физические и умственные силы его быстро угасали. Будучи подвержен суевериям, правитель давно питал склонность к чернокнижию. Слабость превратилась в страсть, когда счастье окончательно отвернулось от Бориса. Не находя опоры в ближайшем окружении, царь обращался к прорицателям. Он полон чар, писал один из польских дипломатов в Москве, и без чародеек ничего не предпринимает даже в малом, живет их советом и наукой, их слушает. Погруженный в отчаяние из-за постоянных неудач, царь переставал доверять себе и, казалось, терял рассудок. Предчувствуя близкий конец, Борис мучительно размышлял над тем, может ли он рассчитывать на спасение в будущей жизни, и за разрешением своих сомнений обращался то к богословам, то к знаменитой в Москве юродивой-старице Олене. «Ведунья» Дарьица давала официальные показания о ворожбе во дворце у Бориса спустя спустя 40 лет после его смерти.
Обуреваемый страхом перед самозванцем, Годунов не раз засылал в его лагерь тайных убийц. Позже он приказал привезти в Москву мать Дмитрия и выпытывал у нее правду: жив ли царевич или его давно нет на свете.
13 апреля 1605 г. Борис скоропостижно умер в Кремлевском дворце. Передавали, будто он из малодушия принял яд. Но то были пустые слухи. Находившийся при особе царя во дворце Яков Маржарет засвидетельствовал, что причиной смерти его явился апоплексический удар[161].
Незадолго до кончины Годунов решил вверить командование армией любимому воеводе Петру Басманову, отличившемуся в первой кампании против самозванца. Молодому и не слишком знатному воеводе предназначалась роль спасителя династии. Последующие события показали, что Борис допустил роковой просчет.
Сын знаменитого опричного фаворита Грозного Басманов был всецело поглощен собственной карьерой и плохо помнил благодеяния. Будучи принужден считаться с местническими традициями, Борис формально поставил во главе армии боярина князя Михаила Катырева-Ростовского, всецело обязанного своей карьерой новому царю. Петр Басманов числился его помощником. После блистательного взлета в опричнине Басмановы надолго сошли со сцены, и Петру Басманову предстояла жестокая борьба, чтобы возродить былую «честь» фамилии. Явившись в армию уже после смерти Бориса, Басманов заявил резкий протест против назначения в его армию боярина Андрея Телятевского, которое, по его мнению, наносило ущерб его местническому положению.