Водворившись в Кремле, Богдан Бельский пытался править именем Дмитрия. Но самозванцу он казался слишком опасной фигурой. Свергнутая царица была сестрой Бельского, и Отрепьев не мог поручить ему казнь борисовой семьи. Бельский вынужден был уступить место боярину Василию Голицыну, присланному в Москву самозванцем.
Лжедмитрий медлил и откладывал въезд в Москву до той поры, пока не убрал все препятствия со своего пути. Его посланцы арестовали патриарха Иова и с позором сослали его в монастырь. Московское восстание показало воочию ничтожество ставленника Бориса и лишило его всякого авторитета. Иова устранили не только за преданность Годуновым. Отрепьева страшило другое. В бытность дьяконом самозванец служил патриарху и был хорошо ему известен. После низложения Иова князь Василий Голицын со стрельцами явился на подворье к Годуновым и велел задушить царевича Федора Борисовича и его мать. Бояре не оставили в покое прах Бориса. Они извлекли его труп из Архангельского собора и закопали вместе с останками жены и сына на заброшенном кладбище за городом.
В правление Бориса Годунова в судьбах России произошел крутой перелом. Фактический преемник Грозного Годунов расширил и упрочил дворянские привилегии. В стране утвердилось крепостное право. Законы против Юрьева дня доставили Борису поддержку феодальных землевладельцев. Но против него восстали социальные низы. Падение династии Годуновых послужило прологом к грандиозной крестьянской войне, потрясшей феодальное государство до основания.
