Наибольшим преследованиям подверглась семья бояр Романовых. Их дело началось совершенно так же, как и дело Ивана Шуйского. Дворянин Второй Бартенев, служивший в казначеях у Александра Романова, подал царю извет на своего боярина. Он сообщил, будто Романов хранит у себя в казне волшебные коренья и хочет «испортить» царскую семью. Подлинные документы о ссылке Романовых подтверждают, что они стали жертвами «колдовского» процесса. В них процитирована такая речь пристава, обращенная к закованному в железа Романову: «Вы, злодеи-изменники, хотели царство достать ведовством и кореньем». Телохранитель Бориса Конрад Буссов также отметил, что опальных Романовых обвинили в намерении извести царскую семью.
Русские источники дают лишь приблизительные сведения о времени падения Романовых. Заполнить этот пробел помогает вновь найденный источник – дневник польского посольства в Москве.
Полный текст дневника, по-видимому, утерян, однако в Рукописном отделе Публичной библиотеки имени М. Е. Салтыкова-Щедрина в Ленинграде хранится фрагмент его немецкой копии. Наибольший интерес представляет дневниковая запись, датированная 2G октября {2 ноября) 1600 года.
«Этой ночью,- записал один из членов посольства,- его сиятельство канцлер сам слышал, а мы из нашего двора видели, как несколько сот стрельцов вышли ночью из замка (Кремля.- Р. С.) с горящими факелами, и слышали, как они открыли пальбу, что нас испугало». Польские послы наблюдали за нападением правительственных войск на подворье Романовых. «Дом, в котором жили Романовы,- продолжал автор дневника,- был подожжен; некоторых (опальных.- Р. С.) он (Бо- Р. С) убил, некоторых арестовал и забрал с собой…»
Польские послы получили не вполне точную информацию относительно судьбы Александра Романова, будто бы казненного десять дней спустя. В действительности этот боярин стал главным обвиняемым в затеянном властями «колдовском» процессе.
По царскому приказу особая боярская комиссия во главе с Михаилом Салтыковым произвела обыск на захваченном подворье и обнаружила в казне Александра волшебные корешки. Найденные улики были доставлены на патриарший двор, где собрались Боярская дума и высшее духовенство. В присутствии их царь велел Салтыкову раскрыть принесенные мешки и -жарение из мешков выкласти на стол».
В Боярской думе у Романовых нашлось много противников. Окольничий Салтыков непосредственно участвовал в следствии об их измене. Боярин князь Петр Буйносов-Ростовский распоряжался на опальном дворе Федора Романова после его ареста. Во время разбора дела в думе бояре, по словам близких к Романовым людей, «аки зверие пыхаху и кричаху». Будучи в ссылке, Федор Романов с горечью говорил: «Бояре-де мне великие недруги, искали-де голов наших, а ныне-де научили на нас говорит людей наших, а я-де сам видел то не одиножды». Романовы имели все основания жаловаться на знать, заседавшую в Боярской думе. Княжеская аристократия давно выражала недовольство чрезмерным возвышением Романовых и теперь помогла Борису избавиться от них.
Братьев Романовых обвинили в тягчайшем государственном преступлении – покушении на жизнь царя. Наказанием за такое преступление могла быть только смертная казнь. Борис долго колебался, не зная, как ему поступить с Никитичами. Опальные оставались в столице в течение нескольких месяцев. Наконец их судьба решилась. Федора Романова постригли в монахи и заточили в отдаленный северный монастырь. Его младших братьев отправили в ссылку.
Александр, Михаил, Василии Романовы умерли в изгнании. Их смерть поспешили приписать тайному указу царя. На самом деле удивительна была не погибель ссыльных, а то, что некоторые из них уцелели. Осужденных кормили скудной пищей и везли за тысячи верст в Сибирь либо на берег Студеного моря при совершенном бездорожье, в тяжких цепях, нередко в лютые морозы.
Судьба Федора Романова служит веским доводом против предположения, будто Борис намеренно использовал ссылку, чтобы без шума уничтожить своих противников. Старший из Никитичей был главным претендентом на трон, но его Годунов отправил не в ссылку, а в монастырь. Вышло так, что монашеский куколь спас жизнь Федору Никитичу, но отнял у него шансы на обладание троном. Надеть на себя корону расстрига не мог. Борису этого было достаточно.
Царь подверг подлинному разгрому романовскую партию в Боярской думе. Первым пострадал боярин князь Федор Шесту нов, чей слуга донес властям на его злоумышления. Царь щедро наградил доносчика, но не стал наказывать престарелого боярина. Шестунов умер под домашним арестом своею смертью до опалы Романовых. Если бы он кончил жизнь в тюрьме или изгнании, Борису непременно приписали бы еще одно убийство.
Зять Федора Никитича, боярин князь Борис Черкасский, попал в тюрьму на Белоозеро. Он давно болел и умер в тюрьме довольно скоро. Другой зять Романовых, князь Иван Сицкий, угодил в монастырь. Опале подверглись князь Александр Репнин и дворяне Карповы.
После воцарения Романовых летописцы не пожалели красок, чтобы расписать злодейства Годунова и представить членов опальной семьи в ореоле мученичества. Из летописей драматические эпизоды перекочевали и на страницы исторических и литературных произведений. Один из героев трагедии А. С. Пушкина «Борис Годунов» осудил весь режим и образ правления Годунова словами:
…Он прашгг илми,
Как царь Иван (не к ночи будь помянут).
Что пользы в том, что явных казней нет…
Уверены ль мы в бедной жизни нашей?
Нас каждый день опали ожидает,
Тюрьма, Сибирь, клобук иль кандалы,