Покинутый большей частью наемников, Отрепьев спешно формировал армию из непрерывно стекавшихся к нему казаков, стрельцов и посадских людей. По словам очевидца, Якова Маржарета, самозванец стал вооружать крестьян и включил их в свое войско. Войско Лжедмитрия было тем не менее наголову разбито царскими воеводами в битве под Добрыничами 21 января 1605 года. При энергичном преследовании воеводы могли бы захватить самозванца или изгнать его из пределов страны, но они медлили и топтались на месте. Бояре не предали Бориса, но им пришлось действовать среди враждебного населения, восставшего против крепостнического государства. Несмотря на поражение Лжедмитрия, его власть вскоре признали многие южные крепости. Казачьи отряды грозили коммуникациям царской армии. Полки были утомлены длительной кампанией, и дворяне самовольно разъезжались по домам. В течение почти полугода воеводы не сумели взять Кромы, в которых засел атаман Корела с донцами. Под обгорелыми стенами этой крепости, по образному выражению С. Ф. Платонова, решилась судьба династии.
Наблюдая множившиеся признаки недовольства подданных, царь желал знать их тайные помыслы, власти натравливали холопов и кабальных людей на господ, чтобы проникнуть за прочные стены феодальных усадеб. Иван Грозный кончил тем, что издал особый указ против холопских доносов на господ. Борис стал возводить доносчиков-холопов в дворянское достоинство и жаловал их поместьями. О награждении доносчиков власти объявляли публично на площади перед Челобитным приказом. После смерти Бориса Лжедмитрий издал особый указ о конфискации поместий у новых дворян холопского происхождения, в большом числе появившихся при Годунове. По словам современников, от холопских доносов в царстве началась «великая смута». Однако главной причиной «смуты.» был, конечно, крепостнический курс правящих верхов. Борис вынужден был расплачиваться за свою политику. Он видел крутом смятение умов, измену. Агитация в пользу «доброго» царя распространялась повсюду словно поветрие. Бессилие порождало жестокость.
После расправы с вождем повстанцев Хлопком в 1603 грду^цытки и казни превратились в повседневное явление. Восставшие холопы, посадские люди, крестьяне не могли рассчитывать на снисхождение. Крепостническое государство старалось виселицами оградить себя от народного гнева. В наиболее жестоких формах террор применялся в отношении низов, а не дворянства. Власти вполне оценили опасность, когда в лагере самозванца появились комарицкие мужики-повстанцы. В наказание за «воровство» Комарицкая волость была подвергнута неслыханно жестокому погрому. Мужчин вешали за ноги, жгли и расстреливали из луков, женщин и детей топили, оставшихся в живых продавали в холопство.
Тайное сыскное ведомство теперь возглавлял наследовавший Дмитрию Ивановичу Годунову Семен Годунов. Он усовершенствовал систему сыска в стране (иноземцы не слишком преувеличивали, говоря, что к каждому московиту приставлено по нескольку соглядатаев).
Прежде деятельный и энергичный, Борис в конце жизни все чаще устранялся от дел. Он почти не покидал дворец, перестал принимать прошения и жалобы. Круг лиц, всю жизнь поддерживавших его своими советами и помощью, стремительно сужался. Царя все больше одолевала болезнь. Физические и умственные силы его быстро угасали. Будучи подвержен суевериям, правитель давно питал склонность к чернокнижию. Слабость превратилась в страсть, когда счастье окончательно отвернулось от Бориса. Не находя опоры в ближайшем окружении, царь обращался к прорицателям. Он полон чар, писал один из польских дипломатов в Москве, и без чародеек ничего не предпринимает даже в малом, живет их советом и наукой, их слушает. Погруженный в отчаяние из-за постоянных неудач, царь переставал доверять себе и, казалось, терял рассудок. Предчувствуя близкий конец, Борис мучительно размышлял над тем, может ли он рассчитывать на спасение в будущей жизни, и за разрешением своих сомнений обращался то к богословам, то к знаменитой в Москве юродивой – старице Олене. «Ведунья» Дарыща давала официальные показания о ворожбе во дворце у Бориса спустя 40 лет после его смерти.
Обуреваемый страхом перед самозванцем, Годунов не раз засылал в его лагерь тайных убийц. Позже он приказал привезти в Москву мать Дмитрия и выпытывал у нее правду: жив ли царевич или его давно нет на свете?
13 апреля 1605 года Борис скоропостижно умер в Кремлевском дворце. Передавали, будто он из малодушия принял яд. Но то были пустые слухи. Находившийся при особе царя во дворце Яков Маржарет засвидетельствовал, что причиной смерти его явился апоплексический удар.
Незадолго до кончины Годунов решил вверить командование армией любимому воеводе Петру Басманову, отличившемуся в первой кампании против самозванца. Молодому и не слишком знатному воеводе предназначалась роль спасителя династии. Последующие события показали, что Борис допустил роковой просчет.
Сын знаменитого опричного фаворита Грозного Басманов был всецело поглощен собственной карьерой и плохо помнил благодеяния. Будучи принужден считаться с местническими традициями, Борис формально поставил во главе армии боярина князя Михаила Катырева-Ро-стовского, всецело обязанного своей карьерой новому царю. Петр Басманов числился его помощником. После блистательного взлета в опричнине Басмановы надолго сошли со сцены, и Петру Басманову предстояла жестокая борьба, чтобы возродить былую «честь» фамилии.
Явившись в армию уже после смерти Бориса, Басманов заявил резкий протест против назначении в его армию боярина Андрея Телятевского, которое, по его мнению, наносило ущерб его местническому положению.