Бородин-студент почитал Зинина за отца. Будущий «дедушка русской химии» сформировал его научное мировоззрение. Как в свое время Николай Иванович Лобачевский в Казани привил Зинину мысль об универсальности математических методов в естественных науках, так теперь Бородин унаследовал от учителя убежденность в том, что «медицина как наука представляет только приложение естествознания к сохранению и восстановлению здоровья человека; что поэтому естественные науки, при медицинском образовании, должны играть роль первостепенных, основных предметов… что медик должен усвоить себе не столько отрывочные факты прикладного естествознания, сколько общий строй науки, способ мышления, прием и метод исследования натуралиста… что для сознательного понятия о том, как сложилась наука, необходимо — хоть несколько — поработать самому на поприще науки и внести свою, хотя бы и небольшую, лепту в общую сокровищницу знания». Так говорил Бородин на похоронах учителя, чей широкий и вместе с тем системный подход он старался перенять. Да и сама личность профессора наложила глубокий отпечаток на личность студента. Его сердечное отношение к ученикам, постоянное внимание к работам педагогических «детей» и «внуков», даже в ущерб собственным исследованиям, заботливое пестование преемников, радение «родным человечкам» — все это Бородин «дословно» повторил в дальнейшем.
С началом Крымской войны в академии, как не раз бывало в ее истории, не только пятикурсники были выпущены досрочно, но и некоторые студенты третьего и четвертого курсов отправились на фронт. Среди них был Михаил Францевич Ледерле, который уговаривал Сашу ехать с ним лекарем во флот. Авдотья Константиновна произнесла решительное «нет», Саша остался заканчивать академию.
Кажется, будто жизнь Бородина в этот период сосредоточивается на маленьком пятачке на Выборгской стороне. С утра до вечера — лекции и занятия в лабораториях и клиниках, а на пятом курсе — в госпиталях. Стоит перейти через улицу — и Саша дома, в семье «тетушки». Круг друзей — студенты академии, часто заглядывающие в гости. Вольнослушатели в большинстве своем были немецкого происхождения, поэтому неформальное общение с друзьями сперва шло по-немецки, «русский элемент» в окружении Бородина стал преобладать лишь на старших курсах. Из музыки Митя упоминает танцы. Это немного странно. Петербургские немцы имели свои собственные музыкальные кружки и общества, где в сугубо мужских компаниях предавались хоровому и ансамблевому пению. В этой среде вырастали местные немецкие композиторы, о которых в Германии и слыхом не слыхивали. Бородин в молодости сполна вкусил этих развлечений. Осенью 1859 года по дороге в Германию он вместе с ботаником Ильей Григорьевичем Борщовым и двумя попутчиками-немцами девять часов ждал в Тильзите кареты до Кёнигсберга. Коротали время «очень весело: отобедали, прогулялись по городу и в заключение пели квартеты немецкие». Известно также, что студент Бородин в 1854 году «запоем» сочинял фуги для фортепиано, уходя в это занятие с головой. Может быть, к фугам его пристрастили Кнох, Вертер, Цвернер, Ландцерт, Дистфельд или кто-то другой из их студенческой компании?
«Тетушка» страшно боялась, как бы Саша не связался с «дурными женщинами». Для предотвращения этой напасти и в лучших традициях барских домов явилась красивая горничная, которую Бородин звал «маменькой». Так что причин покидать Бочарную улицу не было никаких.
Кроме одной, прозывавшейся Михей Щиглёв. Друзья по-прежнему всерьез увлекались камерной музыкой. Маленький Щиглёв выбрал скрипку, высокий Бородин — виолончель. Учились сначала самостоятельно. «Гораздо позднее я взял не больше десяти уроков на скрипке у скрипача Ершова, а А. П. также немного уроков на виолончели у виолончелиста Шлейко. Не упускали никакого случая поиграть трио или квартет, где бы то ни было и с кем бы то ни было. Ни непогода, ни дождь, ни слякоть — ничто нас не удерживало, и я под мышкой со скрипкой, а А. П. с виолончелью на спине часто делали концы пешком, так как денег у нас не было ни гроша, с Выборгской в Коломну и т. п.», — вспоминал Щиглёв. Вместо виолончели Бородин мог брать в путь старую подругу — флейту.
Неизвестно, что за музыкальный кружок собирался в 1850-е годы в Коломне. Гораздо ближе было идти до дома Лисицына у Преображенского собора. Здесь квартировал чиновник Второго отделения col1_0 канцелярии Иван Иванович Гаврушкевич, виолончелист-любитель и один из свидетелей юности Бородина, который позднее поделился бесценными сведениями. У Гаврушкевича подавались необыкновенные пельмени, запиваемые «епископом», и собирались выдающиеся музыканты. Из профессионалов — артисты оркестра петербургской Итальянской оперы скрипач Николай Яковлевич Афанасьев (автор первого русского струнного квартета и первого русского концерта для виолончели с оркестром), скрипач Иван Христианович Пиккель — выпускник Лейпцигской консерватории, виолончелист Александр Федорович Дробиш. Из любителей — инженер, вице-директор строительного департамента Морского министерства, виолончелист и музыковед Модест Дмитриевич Резвой. Однажды музыкальный вечер затянулся на целые сутки: «тетушка» во все это время, скорее всего, глаз не сомкнула, но поделать ничего не могла, старший сын вырос и заслуживал некоторой свободы. Кажется, вылазки ради музицирования были для него единственным поводом этой свободой пользоваться.