«Ильинским» Митя поименовал прозектора кафедры нормальной анатомии и одновременно письмоводителя Конференции (Совета профессоров академии) Тимофея Степановича Иллинского. Горбатый, очень болезненный, тот всегда много и упорно работал; в 1853–1858 годах был профессором Харьковского университета, затем вернулся в академию. Умер он в 1867 году в Париже. Знакомым Иллинского-Ильинского был Федоров, но и отдать Сашу в университет, скорее всего, советовал либо Щиглёв-старший, либо все тот же Федор Алексеевич. Выпускников гимназий в академию часто принимали и без вступительных испытаний, однако Саша лишь сдал экзамены на аттестат зрелости. К тому же на медицинский факультет брали тех, кому уже исполнилось 17 лет, а он родился в октябре. Так что испытать его знания обязательно требовалось.
«Проэкзаменовал на французском и немецком» — не ошибка Мити. Хотя официально лекции в академии читались на русском и на латыни, без знания немецкого учиться было затруднительно (часть профессоров не говорила по-русски). Луизхен могла гордиться своим воспитанником! А «тетушка» позаботилась представить свидетельства о крещении, происхождении, поведении и внести плату за посещение лекций.
От Глазовской улицы до академии по современным меркам недалеко, но тогда расстояния оценивали иначе, а переправа через Неву по наплавному мосту всякий раз прерывалась при ледоставах, ледоходах и наводнениях. Поэтому на пять лет Сашиной учебы семья перебралась на квартиру в доме хирурга Чарного, по Бочарной улице (ныне улица Комсомола) — как раз напротив академии. При серьезной учебной нагрузке это было очень кстати. Дом «тетушка» временно оставила на попечение экономки Катерины Егоровны Бельцман и ее брата Александра Егоровича Тимофеева (крестного отца Мити). Как выяснилось позднее, делать этого не следовало.
Переезд на Выборгскую сторону сопровождался происшествием, колоритно описанным в воспоминаниях Мити: «Мать… распорядилась перевезти прежде всего образ Спасителя на новую квартиру. Эту комиссию она поручила тому самому Федорову, который посоветовал отдать брата в академию. Тот, в свою очередь, сильно любя выпить, пригласил с собой за компанию Ропера (учителя английского языка). Оба они — Федоров и Ропер — сели на извозчика, взяли образ и графин водки, которою мать намеревалась угостить ломовых извозчиков на новой квартире. Дорогой Федоров и Ропер выпили эту водку, заезжали еще в погребки и порядочно нагрузились. По приезде на новую квартиру Ропер, поднимая рюмку, провозгласил тост за «великобританский народ». Федорова это возмутило, и с возгласом: «И мы не посрамим земли русской!» — он ударил англичанина кулаком по носу и разбил в кровь». Сын Еня унаследовал от отца широкую, горячую натуру…
Бородин впервые в жизни надел форму и был приведен к присяге. Форма старшего брата произвела на Митю сильное впечатление. Сперва вольнослушателям полагались «семинарская серо-синего сукна шинель, черные брюки, сюртучок и фуражка с черными кантами и тремя маленькими буквами: М. X А.». Затем стало еще прекраснее: «Эта форма была заменена вскоре другой, общей для всех студентов академии: однобортным мундиром со стоячим воротником, обшитым серебряными петлицами и красными кантами и имевшим фасон фрака. Его дополняли черные брюки с красными кантами, треуголка и шпага без темляка. Поверх надевалась офицерская шинель».
Академия находилась на подъеме. Президентом ее с незапамятных времен был Иван Богданович Шлегель, немец и русский патриот, неукоснительно преданный делу. Академия, подчинявшаяся Военному министерству, пользовалась некоторой автономией, имела собственную цензуру, беспошлинно выписывала из-за границы книги и учебные пособия. Конференция профессоров имела право разрешать множество вопросов, за исключением тяжб о недвижимом имуществе. Корпус зданий активно расширялся, были присоединены Второй военно-сухопутный и Морской госпитали, имелись ботанический сад и различные клиники, в 1846 году Николай Иванович Пирогов основал Анатомический институт. Увы, со смертью в 1851 году Шлегеля началось пятилетнее президентство Венцеслава Венцеславовича Пеликана, запомнившееся проверками, в форменных ли сюртуках сегодня профессора и чисто ли они выбриты, и резким ухудшением питания казеннокоштных воспитанников.