Начавшиеся реформы коснулись и высшей школы.
В 1857 году президентом Медико-хирургической академии стал П. А. Дубовицкий, человек передовых взглядов, неподкупный, честный, энергичный.
Впоследствии С. П. Боткин писал о нем: «Дубовицкий — человек с громадным желанием принести пользу: он много способствовал тому, что новые, свежие силы не пропали бесследно я принесли свою посильную пользу русскому обществу».
Президентскую деятельность Дубовицкий начал строительством новых и перестройкой старых зданий академии, улучшением внутреннего оборудования лабораторий, клиник, кафедр и обновлением преподавательского штата.
На Выборгской стороне — на территории, отведенной под Медико-хирургическую академию, — с весны началась работа.
Ломались ветхие деревянные здания, а на их месте воздвигались каменные корпуса.
Не менее энергична была деятельность нового президента но обновлению профессорского персонала. Из Казани в качестве ученого секретаря был приглашен известный всей России химик Николай Николаевич Зинин. Он со своей стороны посоветовал Дубовицкому пригласить в качестве вице-президента, на которого возлагалось заведование педагогической частью, Ивана Тимофеевича Глебова. Эти два профессора вместе с Дубовицким составили «триумвират», который занялся подбором на кафедры молодых профессоров. Привлекали научную молодежь, зарекомендовавшую себя работами в области медицины. Намечены были кандидатуры Сеченова, Боткина, Юнге, Беккерса.
В 1859 году всем кандидатам послали предложения заканчивать свои учебные и научные занятия за границей и готовиться к работе в академии.
Сергей Петрович Боткин был приглашен адъюнктом на кафедру терапии. Между стариком Шипулинским. руководителем кафедры, в свое время крупным терапевтом, и «триумвиратом» было условлено, что после его отставки, а это должно было произойти через год-два, его должность займет Боткин.
Еще находясь за границей. Сергей Петрович продумал, с чего начнет свою деятельность в академии. Прежде всего должна быть создана лаборатория, ни один диагноз не будет ставиться без подкрепления всесторонними анализами. Введет он также и специальные научные исследования. С организации лаборатории и начал молодой адъюнкт. Это сразу насторожило весь синклит старых профессоров. В академии в тот период большинство составляла группа профессоров, которую называли «немецкой партией», хотя в нее входили не только иностранцы, но и русские профессора. Именно эта группа отрицательно отнеслась к введению новых методов, привезенных Боткиным из Германии.
— Все это модничание ни к чему, оно только отвлекает слушателей от освоения основных курсов.
— Стремление все проверять анализами от врачебного бессилия, от неумения самостоятельно поставить диагноз.
— Этот безвестный московский купчик, который еще и к больному-то не знает, как подойти, хочет учить нас!
Такие или примерно такие разговоры шли в кулуарах академии. Они, конечно, доходили до Боткина, но мало его трогали.
Беспокоило другое. Где найти оборудование, реактивы, сотрудников? Микроскоп у Боткина был свой — он приобрел его еще в Германии. Зинин поделился кое-чем из запасов химической лаборатории. Хуже с людьми — подготовленных лаборантов не было, приходилось все делать самому.
Все же лаборатория скоро начала работу. Были налажены микроскопические и физико-химические исследования, анализы мочи, крови и другие. Сразу же Боткин начал н исследовательскую работу. Через семь месяцев Сергей Петрович писал брату Михаилу: «Под моим руководством много и очень охотно работают, так что теперь публикуется 5 работ самостоятельных, сделанных студентами… Это меня ужасно утешает, и я внутренно горжусь таким блестящим началом, в России такого рода работы новая новинка…» В письме через месяц он пишет о том же: «12 работ выйдут напечатанными за нынешний год… каждая работа может занять достойное место в любом журнале». Белоголовому он пишет: «Теперь в ходу мои научные работы в лаборатории, которую я сам создал и которой любуюсь, как собственным ребенком; под моим руководством делаются работы, которые я задал, и некоторые дают отличные результаты».
Под руководством Боткина в основном исследовалось действие лекарственных веществ. Сергей Петрович очень интересовался народными средствами, изучал лекарственные свойства различных растений. Многие из изученных в лаборатории веществ вошли в практику медицины и применяются до сих пор. Таковы, например, препараты горицвета, ландыша, наперстянки.
Исследование лекарственных препаратов Сергей Петрович производил на животных. Эти опыты интересовали его даже больше, чем клинические анализы. Только эксперименты над животными, как понимал Боткин, могли существенно продвинуть вперед научную медицину. В то же время он постоянно помнил, что переносить закономерности, установленные на животных, в клинику можно лишь с большой осторожностью:
«Вы должны искать… специфические средства и имеете право идти также путем и теоретических соображений, но только для применения последних должна быть лаборатория, а не клиника. Нельзя себе позволять экспериментировать без громадной осторожности на живом человеке; вы должны помнить, что медицина наша далеко еще не стоит на почве точной науки, и всегда иметь в виду тот спасительный страх, чтоб не повредить больному, не ухудшить чем-либо его состояние».
В этих высказываниях Боткина мы видим мысли его учителя Рудольфа Вирхова, который называл проведение опытов над человеком «преступлением против логики и морали» и горячо восставал против царившего в то время «безудержного, спекулятивного терапевтического эмпиризма». Но одновременно во взглядах Боткина на эксперимент уже видно и полное принятие мыслей Клода Бернара: «Клиника ставит… вопросы… — писал К. Бернар, — экспериментальная медицина не должна отрываться от клинического наблюдения». Боткин утверждал: «Клинический эксперимент руководствуется идеей, выработанной путем клинических наблюдений».
Заменяя профессора Шипулинского в терапевтической клинике четвертого курса, Сергей Петрович старался перестроить принятые там старые методы работы.
«Наблюдения врача в клинике должны быть научно обоснованы и подтверждены экспериментом, данные патологии должны быть увязаны с данными физиологии»… «…Приемы, употребляемые в практике для исследования, наблюдения и лечения больного, должны быть приемами естествоиспытателя, основывающего свое заключение на возможно большем количестве строго и научно наблюдаемых фактов».
«Успех и прочное развитие практической медицины будут обусловливаться уменьшением значения в ней инстинкта и большего подчинения науке».
Если мы припомним, что в то время преподавание клинической медицины в основном базировалось на описании болезней, без проникновения в их сущность, будет ясно, что подход Боткина был принципиально новым. Он писал: «Представляющийся больной есть предмет вашего научного исследования, обогащенного всеми современными методами: собравши сумму анатомических, физиологических и патологических фактов данного субъекта, группируя эти факты, на основании ваших теоретических знаний, вы делаете заключение, представляющее уже не диагностику болезни, а диагностику больного, ибо, собирая факты, представляющиеся в исследуемом субъекте, путем естествоиспытателя, вы получите не только патологические явления того или другого органа, на основании которых дадите название болезни, но вместе с этим вы увидите состояние всех остальных органов, находящихся в большей или меньшей связи с заболеванием и видоизменяющихся у каждого субъекта. Вот эта-то индивидуализация каждого случая, основанная на осязательных научных данных, и составляет задачу клинической медицины и вместе с тем самое твердое основание лечения, направленного не против болезни. а против страдания больного».