Атмосфера интриг в академии угнетала Сергея Петровича. Он пытался отстраниться от той недостойной борьбы за мелкие личные интересы, которая занимала многих членов конференции. Ссылаясь на болезнь, Сергей Петрович перестал бывать на заседаниях конференции. Действительно, приступы печени участились.
В осенне-зимний семестр, как ни было плохо, приходилось терпеть, бодриться, стараться не обращать внимания на приступы желчных колик. Заняться собственным лечением в это время значило «сбавить ход локомотиву», как шутя говорил Сергей Петрович. Он как врач понимал, что следует подлечиться, но откладывал.
Летом Сергей Петрович поехал в Карлсбад лечить свою печень. Под впечатлением начала франко-прусской войны он писал Белоголовому: «Как объявлена эта глупая бессмысленная война, бросил заниматься, читаю газеты, беседую с умными людьми».
Следующее письмо было из Эмса, где отдыхала Анастасия Александровна. «Здесь я уже около недели, проехал из Австрии совершенно свободно, семью застал в наилучшем порядке, а Эмс совершенно пустым, но с музыкой и рулеткой. Чего я не наслышался здесь в эту неделю, немцы теперь… растут не по дням, а по часам. До сих пор они и не призадумываются над одиннадцатью тысячами убитых, которыми приобретается эта победа. Администрация в этом отношении поступает чрезвычайно тонко, редко где в депеше упоминают цифры потерн, обозначая ее только фразой: потери громадны; до сих пор большая часть несчастных семейств еще не извещены об участи их детей, имена убитых не объявляются, но очевидно их громаднейшая масса. Пруссаки запаслись большим превосходством численности своего войска, жертвуя людьми, не задумываясь, войска немецкие идут, как саранча, первых уложили — идут следующие и т. д.
Прежние скромные пассаунцы неузнаваемы, у доктора Фоглера сделался такой бас, что его хоть бы в соборные протодьяконы; наш бывший детский учитель Куцый, общипанный, тупой, полурыжий, бесцветный немец колотит себя в грудь, утверждая необходимость Эльзаса немцам для всеобщего благополучия. Все это видеть, по правде сказать, противно, зная, что в это время льется кровь из-за чужих интересов, гибнут целые семьи, гниют неубранные целые массы человеческих трупов, подготовляя угощение после войны в виде различного рода эпидемий».
Вскоре после этого письма Сергей Петрович выехал в Берлин, где встретился с Белоголовым. О пребывании их в Берлине сохранились интересные воспоминания Белоголового: «В первых числах сентября (1870 года) я подал в Берлин и, как вполне понятно, нашел эту, тогда еще королевскую, столицу в состоянии полного угара от блестящих и быстрых успехов германских войск.
Мы съехались здесь по обыкновению с профессором С. П. Боткиным и согласились сократить по возможности срок нашего обычного берлинского пребывания перед выездом в Россию, до того нам было жутко, как-то не по себе при этом взрыве энтузиазма от кровопролитных побед на этом национальном торжестве, вызванном страшными погромами столь симпатичной нашему сердцу Франции. Но, узнав, что профессор Вирхов находится в Берлине, мы не хотели уехать, не сделав ему визита…»
Белоголовый рассказывает дальше о посещении им и Боткиным Вирхова и о том, как Боткин был поражен агрессивным его настроением: «Ну, — сказал он, выйдя на воздух, — уж если Вирхов до того ошалел от побед, что потерял самообладание… и требует дальнейшего пролития крови, значит о других немцах н говорить нечего. Дело дрянь…»
По возвращении в Петербург Боткин получил звание академика Медико-хирургической академии и назначение лейб-медиком царской семьи. До сих пор этой чести удостаивались только иностранцы, Боткин стал первым русским придворным врачом. Реакционная печать, нападавшая ранее на Боткина, стала расхваливать на своих страницах нового академика, помещать его портреты, рекламировать боткинский порошок, боткинские капли и даже боткинский квас. Боткин не любил ни своего придворного звания, ни своих обязанностей в царском дворце. В одном из писем он писал: «…лишиться самостоятельности, свободы действий, отчасти свободы мнений, слушать все, видеть все н молчать — все это не только бесполезно, но и вредно не для меня одного, но и в отношении моего медицинского дела».
В дневнике он записал во время поездки с двором императрицы в Сорренто, Рим, Альбано, Эмс: «Все рассуждают с точки зрения себялюбия, самолюбия, зависти… невежества… нет, общество невозможное, скорее вон от него…»
Две зимы подряд Сергею Петровичу пришлось провести с императрицей на побережье Средиземного моря, в Сан-Ремо. Больше всего угнетало Сергея Петровича то, что отъезд зимой лишал его возможности читать курс в академии.
Летом пришлось сопровождать императрицу в Крым.
Из крымского императорского имения Ливадии Боткин писал Белоголовому: «Живописность Крыма, прелестный его климат стоят в неимоверном контрасте с отсутствием всего похожего на комфорт для злополучного путешественника… Как больничная станция он, по-моему имеет большую будущность, лишь бы появились те необходимые удобства, без которых невозможно еще посылать больных с кошельком среднего размера… но со временем он займет место значительно выше Монтре…»
В ноябре 1870 года при деятельном участии Боткина была открыта Община сестер милосердия святого Георгия. По его рекомендации общину возглавила Карцева, бывшая сестра Крестовоздвиженской общины, ученица Пирогова. Сергей Петрович разработал программу занятий. Сестер милосердия обучали анатомии, физиологии, гигиене, им читали специальные курсы внутренних болезней, хирургии, обучали уходу за больными.
При общине были открыты больница и амбулатория. В ней преподавали друзья и ученики Боткина: Н. А. Белоголовый, Бородулин, Быстров, Манассеин; сам Сергей Петрович в сложных случаях консультировал больных.
Но всего этого Боткин считал недостаточным. Женщины, по его мнению, могут быть не только сестрами милосердия, но и врачами.
В 1872 году Сергей Петрович заложил еще один камень будущего здания отечественной медицины — он занялся вплотную начатой им ранее организацией женских высших врачебных курсов.
Должность лейб-медика и связанные с ней поездки и дежурства во дворце, женские курсы, Георгиевская община, лекции, клиника, клиническая амбулатория, научная работа, редакторская работа и огромная частная практика поглощали все время Боткина. Особенно деятельность придворного врача отрывала его от дома. А между тем семья нуждалась в его присутствии и заботе. Анастасия Александровна болела. Она скрывала свои недуги, бодрилась в присутствии мужа. Редкие часы отдыха в кругу домашних были такой радостью для Сергея Петровича и так были необходимы для него, что Анастасия Александровна не хотела отравлять их своими жалобами. В свободные вечера в маленькой гостиной они занимались музыкой. Анастасия Александровна садилась за рояль, Сергей Петрович брал виолончель. Иногда в 12 часов раздавался звонок. Прямо из консерватории приезжал профессор Зейфферт. Музицировали часов до трех ночи, а в десять часов утра Боткин начинал свой рабочий день.
Музыку Сергей Петрович называл своей освежающей ванной. Он не расставался с виолончелью и во время поездок за границу. Раз это привело даже к забавному недоразумению. Во Франценсбаде, небольшом немецком городке, где хорошо знали и почитали знаменитого русского диагноста, решили устроить ему на вокзале торжественную встречу. Пришли мэр города, доктора, аптекарь. Все ждали появления знаменитого врача. Дверь вагона открылась. Вышел плотный мужчина, носильщик нес за ним небольшой чемодан, а сам приезжий бережно держал два футляра с виолончелями. Мэр тут же дал знак музыкантам прервать начатый было встречный марш. В план городских мероприятий вовсе не входило чествование какого-то музыканта.