Теперь с новой силой, как в шестидесятые годы, имя Боткина произносилось как имя человека, стоящего в одних рядах с теми, кто боролся за будущее, кто пробивал дорогу к социальному переустройству России.
В эти годы Боткин начал издание «Еженедельной клинической газеты» — журнала, выпускавшегося с 1881 до 1889 года. Продолжал выходить и «Архив клиники внутренних болезней». Эти журналы сыграли большую роль в развитии отечественной клинической медицины.
Боткин коренным образом перестроил и аптечное дело. По его инициативе были проверены в аптеках цены на лекарства. Доклад по этому поводу сделал ученик Боткина А. Г. Полотебнов на заседании Общества русских врачей. В протоколе общества сохранилось сформулированное Боткиным решение: «Общество русских врачей в Петербурге, несмотря на отсутствие в своем уставе прямого указания, не может себя считать некомпетентным в возбуждении и разработке вопросов, касающихся судьбы больных вообще и особенно неимущего класса. Последний в силу своих экономических условий обречен на непосильную борьбу с болезнями, которая делается еще более тяжкой ввиду невообразимой дороговизны аптечных изделий. Общество считает, что можно это изменить только путем правительственных мероприятий».
Под нажимом общественности и авторитета С. П. Боткина ряд мероприятий был проведен. Цены на лекарства были снижены настолько, что стоимость их стала ниже, чем в странах Западной Европы.
В 1832 году в городе вспыхнула эпидемия дифтерита и скарлатины. При первых случаях этих эпидемических заболеваний Боткин взял на себя обязанность председателя субсидийной комиссии по школьно-санитарному надзору. Конечно, прежде всего заболевание распространялось по кварталам бедноты. Сергей Петрович выработал план оказания помощи самым широким слоям населения. Для этого он организовал временно действующие специальные амбулатории по районам города. В этих амбулаториях дежурные врачи бесплатно оказывали помощь заболевшим. Амбулатории служили и пунктами вызова врача на дом.
Организуя эти мероприятия, С. П. Боткин прежде всего думал о мало обеспеченных и неимущих и потому потребовал, чтобы врачи согласились за визит получать 30 копеек в дневное время, а в ночное — 50. Этим он установил повизитную таксу. Такса была утверждена городским управлением, хотя вызвала протест со стороны ряда практикующих врачей. «Размер такой малой повизитной платы противоречит корпоративному духу и традициям врачей-практиков», — говорили недоброжелатели Боткина и обвиняли его в том, что он лишает врачей средств к существованию. Но большинство врачей откликнулось на призыв Боткина.
С эпидемией справились благодаря расстановке врачебных сил И средств, которые Боткин сумел получить от городских властей. Борьба с дифтеритом и скарлатиной, по признанию Лихачева, потребовала со стороны города небольших денежных затрат. Эпидемия окончилась, но с ней не окончилось посещение врачами больных на дому. Продолжала действовать и повизитная плата-такса. Думские же врачи, или, как их тогда называли, «боткинские», лечили на дому бесплатно. Эти посещения больных на дому положили начало квартирной помощи населению Петербурга.
По окончании эпидемии пять женщин-врачей остались работать, осуществляя постоянный санитарный надзор над городскими училищами. История привлечения женщин-врачей к этой деятельности такова.
Отпускаемые городской думой средства были ничтожны. На медикаменты для каждой городской школы приходилось всего несколько рублей, на жалованье врачу ассигновалось сто рублей в год. В самый разгар эпидемии члены школьно-санитарного комитета отказались вести надзор в этих условиях. Врачи-практики, привыкшие выписывать лекарства для одного больного на несколько рублей, только горько улыбались, обсуждая каталог медикаментов для школ. Сергей Петрович в качестве председателя комиссии рассмотрел каталог медикаментов, выбрал самые необходимые и потребовал обеспечить ими школы. Для надзора за школьниками и лечения их он привлек женщин-врачей, которые согласились работать в школах за низкую плату. В трудных случаях они обращались за помощью к Сергею Петровичу. Он охотно отзывался на их просьбы и часто посещал школы.
«Во все время своего почти 9-летнего пребывания в составе городского общественного управления Боткин не переставал принимать самое горячее участие во всех вопросах, касающихся оздоровления столицы путем санитарных мероприятий и улучшения больничного дела, вникал в подробности вырабатывавшихся проектов новых больниц, следил за более целесообразным распределением больных, в особенности хроников, по лечебным заведениям», — писал в своем докладе о деятельности Боткина городской голова Лихачев.
Из письма С. П. Боткина Лихачеву видна его заинтересованность санитарно-гигиеническим состоянием города: «…не могу передать вам, с каким чувством искренней радости прочел я ваше заявление относительно… канализации Петербурга. Если удастся вам провести это великое дело для города, то не будет границ благодарности не только от ваших современников, и от многих грядущих поколений». Далее в письме Боткин высказывает заботу о бедном населении, для которого канализация — «самая вопиющая гигиеническая потребность», И добавляет, что канализация, кроме основных ее благ, в это тяжелое время «даст работу бедному люду».
Когда знакомишься с работами гласного петербургской городской думы С. П. Боткина, невольно приходит сравнение с деятельностью члена берлинского муниципалитета Рудольфа Вирхова. Он добивался проведения ряда санитарно-гигиенических мероприятий: водоснабжения, канализации, улучшения жилищных условий. В многочисленных статьях его подчеркивается значение медицины как социальной науки и роль мероприятий в области здравоохранения для подъема общего благосостояния населения. Несомненно, что в своей общественной деятельности Боткин следовал примеру Вирхова.
Боткин возглавил комиссию, разрабатывавшую вопрос об улучшении санитарных условий и уменьшении смертности в России. Собранные комиссией данные были ошеломляющими. По смертности Россия оказалась на первом месте в Европе. Ежегодно из тысячи человек умирало 35 — на 10 больше, чем в Германии, па 15 больше, чем во Франции, на 16 — чем в Англии и на 20 больше, чем в Норвегии.
Боткин сделал все, чтобы эти цифры дошли до широких общественных кругов. Он обратился к правительству, указывая на то, что смертность в России «есть насильственная, а не естественная и что борьба с ней составляет нашу первую государственную потребность для поднятия благосостояния населения». Но правительственные органы отмолчались. «Надо было знать, — вспоминает Белоголовый, — как горячо взялся Боткин за предложенную задачу, чтобы понять его горечь и разочарование при неудаче».
В 1882 году были закрыты Высшие женские врачебные курсы. Снова женщины лишились возможности получать медицинское образование. А между тем уже состоялось несколько выпусков курсов. Боткин уже открыл, как давно мечтал, двери своей терапевтической клиники женщинам-врачам. Сергей Петрович очень тяжело переживал закрытие курсов, что видно из его переписки.
27 апреля 1882 года в зале городской думы отмечалось 25-летие врачебной деятельности Сергея Петровича Боткина. Чествование подготавливалось задолго до этой даты. Сергей Петрович просил не устраивать юбилея. Он писал, что предъявляет себе тяжелое обвинение в том, что перед его глазами было уничтожено и разрушено то учебное заведение, которому он отдал силы. «Я видел, как погибало это заведение, и не сумел спасти его» (Это касалось закрытия высших женских курсов).