Вместе с тем события Соляного бунта оставили неизгладимый отпечаток в памяти молодого царя и повлекли за собой серьезные изменения в его политике и в его отношении к народу. Городские восстания, вызванные ростом косвенных налогов, в 1648–1650 годах прокатились по всей стране, затронув и Сибирь. Правительство вынуждено было пойти на уступки, взимание недоимок было прекращено. «Московские события заставили Алексея Михайловича задуматься о своей роли и месте в управлении государством, — пишет современный историк. — Отныне не одно чистосердечное покаяние, но и благочестивые монаршие дела, которые никому нельзя передоверять, станут всё более занимать Тишайшего. Оказалось, что для того, чтобы повзрослеть, чтобы начать править, а не царствовать, нужны не женитьба и не рождение сына-наследника, а сильное потрясение, способное разрушить непоколебимое благодушие. Это было первое, самое явное следствие московских событий для Алексея Михайловича»[84]. Как сообщал шведский агент Поммеренинг своему правительству, теперь царь стал посвящать один час перед обедом для разбора челобитных своих подданных. Что ж, нашелся, наконец, свой час и делу…
По приговору царя с Боярской думой в июле 1648 года особой комиссии из пяти лиц во главе с князем Никитой Ивановичем Одоевским было поручено составить проект нового Уложения. 1 сентября 1648 года в Москве собрался Земский собор из «выборных людей разных чинов государства», который в 1649 году принял знаменитое Соборное уложение.
Соборное уложение 1649 года представляло собой новый для России уровень законодательной практики. Оно включало специальные статьи, регулировавшие правовое положение отдельных социальных групп населения. Был увеличен поместный оклад служилых людей, введены дополнительные наделы оскудевшим помещикам. Крепостное состояние крестьян, по Уложению, утверждалось наследственным. Если раньше помещику было предоставлено лишь 10 лет на розыск беглых крестьян, так что те из них, кому удавалось укрыться в течение этого срока от жестокого и несправедливого господина, могли спокойно доживать свой век у другого помещика, то теперь сыск беглых крестьян объявлялся бессрочным. Таким образом, был завершен процесс законодательного оформления крепостного права. Для укрепления власти и авторитета самодержца в Уложение были введены статьи, по которым даже «умысел» на здоровье, жизнь и честь государя был возведен в ранг тягчайшего государственного преступления. В дальнейшем Соборное уложение пополнялось «новоуказными статьями» — «о татебных, разбойных и убийственных делах», «о вотчинах и поместьях», о смертной казни за самовольный выход тяглых людей из посада и др.
В главе «О богохульниках и о церковных мятежах» Уложение ужесточило кары против еретиков — вплоть до сожжения. Хотя сожжение богохульников и еретиков на деле уже употреблялось ранее и в Новгороде, и в Москве, в государственные законы оно до Уложения не вносилось, то есть было все-таки мерой экстраординарной. Вместе с тем Уложение поставило духовенство под юрисдикцию светского суда по гражданским делам. Тем самым ограничивалась компетенция церковного суда. Судебные дела духовных лиц (исключая собственно церковные дела) были переданы светским судебным учреждениям и созданному в 1650 году Монастырскому приказу, который занимался также определенными административными вопросами жизни Церкви. Статьи Уложения 1649 года не распространялись лишь на патриарха и находящихся в его вотчинах людей, которых судил сам патриарх.
В целом в царствование Алексея Михайловича продолжалось дальнейшее укрепление самодержавной, ничем не ограниченной власти царя. После 1653 года земские соборы уже не созывались, зато достигла расцвета приказная система управления, интенсивно шел процесс бюрократизации государства. Особую роль играл учрежденный в 1654 году Тайный приказ, подчиненный непосредственно Алексею Михайловичу и позволявший ему руководить другими центральными и местными учреждениями. Во главе этого приказа становится некий дьяк Дементий Башмаков, посвященный в самые сокровенные царские тайны. Иностранцы называли его «вице-канцлером», а протопоп Аввакум назовет его впоследствии «от тайных дел шишом антихриста».