В плодах боярышника встречаются также косточки, содержащие семена с недоразвитым зародышем или вовсе без зародыша. Число таких косточек у некоторых видов достигает 30 %, а в годы с дождливым, холодным летом — 40—60 %. Часто косточки боярышников поражаются личинками энтомовредителей, которые уничтожают зародыш, остатки запасной ткани, оставляя лишь семенную оболочку. В Ботаническом саду МГУ у боярышников даурского, однопестичного и кроваво-красного наблюдалось ежегодное поражение косточек личинками (до 70—80 %).
У боярышников Арнольда, мягковатого, туркестанского с личинками встречались лишь единичные косточки. Количество их зависит от толщины перикарпия. Сильнее поражаются косточки тех видов, которые имеют толщину перикарпия 0,25—0,4 мм, а у видов с большей толщиной перикарпия (0,5—1 мм) косточки поражаются редко. Для отдельных видов боярышника характерно незначительное количество косточек с нормальными семенами. В Ботаническом саду МГУ доля доброкачественных косточек у боярышника алмаатинского составляла 0—7 %, у боярышника даурского — 4—17, у боярышника кроваво-красного — 3,5—12,5, у остальных видов — менее 50 %. Наибольшее содержание семян отмечено у боярышника перистонадрезанного — 56,5—91 %.
Учитывая эти данные, необходимо брать для посева косточки крупных плодов. Перед посевом содержание семян в косточках проверяют (особенно после дождливого и холодного лета и в первую очередь у тех видов боярышника, косточки которых имеют тонкий перикарпий). Норма высева косточек на 1 пог. м от 5—6 до 20—30 г (в зависимости от размера косточек данного вида), но при низком содержании семян в косточках норма высева повышается. Семена боярышников при комнатной температуре сохраняют всхожесть 1—2 года. При хранении косточек при температуре +5 °C жизнеспособность семян сохраняется дольше.
Боярышники могут размножаться и вегетативным путем. Пни срубленных деревьев обладают способностью давать поросль от спящих почек и восстанавливать дерево. Наибольшее количество поросли образуется от пней в возрасте от 60 до 80—90 лет. Побегообразовательная способность сохраняется у них до 150 лет. Некоторые виды боярышника (перистонадрезанный, Максимовича, черный и др.) дают корневую поросль и поэтому их можно размножать корневыми отпрысками и корневыми черенками. Пересадка корневых отпрысков не всегда бывает удачной, поскольку они не образуют собственной корневой системы. Для образования корней у отпрыска его отрезают от материнского корня и дают укорениться на месте. Для черенков осенью или ранней весной берут корни диаметром 0,5—1,5 см. Заготовленные осенью корни сохраняют прикопанными. Укоренять черенки можно на грядке или лучше в парнике в легкой песчаной почве. При черенковании в парнике корни режут на куски длиной 4—10 см и сажают наклонно тонким концом в землю, при этом верхний конец черенка выводят наружу на 1—2 см. При черенковании на грядке почву мульчируют перегноем и держат влажной. К концу июня корневые черенки дают побеги.
Боярышники можно размножать и летними стеблевыми черенками. В конце июня — начале июля отбирают на черенки хорошо развитые побеги текущего года, начинающие одревесневать, но еще с зеленой корой. Их срезают с молодых растений (у взрослых растений лучше порослевые побеги) и сразу же черенкуют. Черенки берут из верхних и средних частей побега. Длина черенков должна быть равной длине одного междоузлия. Оба среза, верхний и нижний, должны проходить около листовых узлов. Нижний срез черенка делают наискось остро наточенным ножом под листовым узлом. Листовые пластинки укорачивают наполовину. Отрезанные черенки до посадки кладут в воду.
В парник на дерновую землю насыпают слой (4—5 см) крупнозернистого промытого песка или перлита. Черенки высаживают на расстоянии 5—7 см друг от друга и заглубляют на 5 мм так, чтобы лист на нижнем черенке не был засыпан. Для укоренения черенков нужен насыщенный влагой воздух, поэтому парник плотно закрывают рамой. Первое время полив проводят 3 раза в сутки лейкой с мелкими отверстиями сетки или пульверизатором. При ярком солнце рамы парника необходимо затенять. Укоренение черенков боярышника в зависимости от вида длится 1—2 месяца. Укореняемость черенков боярышников даурского, однопестичного, перистонадрезанного, сливолистного составляет 40—70 %, мягковатого — 20 %. Черенки дают слабую мочковатую корневую систему.