Папский престол обвинял Фридриха, стремившегося включить в состав своей империи не только христианские, но и мусульманские народы, во враждебности Христианству, колдовстве и чернокнижии. В действительности же этот государь, покровитель искусств и наук, стремился к восстановлению изначального канонического устроения христианской церкви, возвращению ее к выборности епископов и соборному устройству и, хотя продолжал исповедовать римско-католическую догматику (в частности, введенное папами римскими на латинском Западе, под давлением Карла Великого, лжеученние об исхождении Святого Духа не только от Бога-Отца, но и от Бога-Сына — пресловутое «филиокве»), все активнее стремился к диалогу с Восточной (греко-православной) Церковью. В пику папе и поддерживаемому папой «латинскому» императору Константинополя, Фридрих II Гогенштауфен поддерживал дружеские и даже союзнические отношения с греческой Никейской империей, активно и успешно боровшейся с «латинянами» и претендовавшей на византийское наследство (что, впрочем, не помешало Фридриху объявить себя, на православно-греческий манер, «василевсом ромеев»). Папа отлучил Фридриха (а заодно и греческого императора Никеи) от Церкви еще и за этот враждебный Латинской империи «франков» военно-политический союз. Между прочим, факт отлучения папой римским от Церкви (спрашивается: какой?) греческого императора Никеи говорит о том, что в XIII веке, несмотря на захват «франками» Константинополя, в умах как восточных, так западных христиан (вплоть до самого римского понтифика!) продолжало превалировать представление о том, что продолжает существовать единая Вселенская (Кафолическая) Церковь…
Как и у других императоров из дома Гогенштауфенов, вся жизнь Фридриха II была омрачена конфликтами с папским Римом. Еще во время своей коронации германским королем в Ахене в 1212 г. Фридрих дал обет принять участие в Крестовом походе. В период между 1219 и 1229 гг. обетованный поход в Святую Землю дважды откладывался им на более поздний срок. И все три раза срок выступления Фридриха в поход продлевался папой Гонорием III.
По Сан-Джерманскому договору 1225 г. Фридрих снова обязался выступить в Крестовый поход не позднее, чем через 2 года. Но это была уже последняя попытка. В случае нарушения данного обета императору грозило отлучение от Церкви. Когда Григорий IX в 1237 г. взошел на папский трон, он менее чем через месяц после своей интронизации призвал Фридриха выполнить, наконец, свое обещание. Хотя тысячи других крестоносцев, собравшиеся в августе того же года в южно-итальянском порту Брундизии (Бриндизи), не смогли переправиться морем в Святую Землю вследствие вспыхнувшей среди них эпидемии, император Фридрих, тем не менее, вышел в море. Однако в пути он также тяжело заболел и был вынужден снова сойти на берег в Отранто. Папа счел его болезнь притворством и по прошествии месяца отлучил Фридриха II (которого, за терпимость к магометанам, именовал не иначе, как «сицилийским султаном»!), от Церкви. Тем самым ему было запрещено участвовать (до снятия отлучения) в Крестовых походах.
Невзирая на папское отлучение, римско-германский император весной 1228 г. направил своего маршала в сопровождении 500 рыцарей в Палестину. В конце июня за ними последовал сам император во главе 300 рыцарей. Незадолго до высадки в Акконе Фридрих II получил известие, что папа повторно отлучил его от Церкви, ибо он отправился в Крестовый поход, не дожидаясь снятия с него предыдущего отлучения.
Один из наиболее выдающихся вассалов этого величайшего монарха из дома Гогенштауфенов — Томмазо (Фома) I ди Аквино, граф Ачерра, будучи императорским наместником в Сирии, фактически проложил Фридриху путь в Страну Обетованную, сопровождал императора в его первом походе в Германию, а затем был послан особым уполномоченным на Сицилию, а позже вел от имени «сицилийского султана» переговоры с папой. Впоследствии Томмазо II из Аквино, другой наместник Фридриха (и его зять), погиб вместе с последним Гогенштауфеном — Конрадином — в борьбе с французами Карла Анжуйского за Сицилию. Любопытно, что ближайший родственник этих 2 лангобардских сторонников мператора («гибеллинов») — виднейший римско-католический богослов Томас (Фома) Аквиинский, автор «Суммы богословия» (лат.: Summa Theologiae), неустанный проповедник идей древнегреческого «царя философов» Аристотеля, прозванный «ангелическим доктором», пошел явно «не в родню», поставив все свои силы и таланты на службу партии «гвельфов» — сторонников духовной и светской власти римских пап. Но это так, к слову…