Події, відомої в історіографії під назвою «Берестейський собор», насправді ніколи не було, вона була розділена на дві окремі зустрічі — католиків та православних. Католицький собор, серед учасників якого були православний митрополит та більшість єпископів, оголосив про об’єднання. Православний собор, де головував представник константинопольського патріарха, включав двох православних єпископів, а також десятки архімандритів та представників парафіяльного духівництва. Його учасники відмовилися приєднуватися до унії і присяглися й далі зберігати вірність константинопольському патріарху. Тепер Київська митрополія була розколота: одна її частина декларувала прихильність до Риму, інша — до Константинополя. Розкол усередині митрополії мав також географічний вимір: здебільшого Галичина, зі Львовом та Перемишлем, залишилися православними, водночас Волинь та білоруські єпархії підтримали нову уніатську церкву. Насправді ситуація на місцях була набагато складнішою, ніж можна описати в загальних рисах, релігійні погляди іноді розколювали сім’ї, тоді як окремі парафії та монастирі змінювали свою прихильність не один раз.
Незважаючи на сильний опір Берестейській унії, король непорушно дотримувався унійного курсу. Він визнав лише один Берестейський собор — той, що проголосив об’єднання, — і відтепер вважав уніатську церкву єдиною законною християнською церквою східного обряду у своїй країні. Два єпископи, десятки монастирів, тисячі храмів і сотні тисяч, якщо не мільйони, православних віруючих тепер вважалися поза законом. Православна шляхта розпочала боротьбу в місцевих та загальному сеймах, заявляючи, що королівські урядовці зазіхають на свободу віросповідання, гарантовану знаті. І вона мала рацію. Ще в 1570-ті роки, відразу після смерті Сигізмунда Августа, протестантська шляхта зробила свободу віросповідання центральним принципом «артикулів», що на них мав присягати кожен новообраний король Польщі. Тепер протестантські шляхтичі підтримали своїх православних колег, допомагаючи в перетворенні сеймів на поля релігійних битв і порушуючи питання «замирення народу руського релігії стародавньої грецької» на кожному загальному сеймі. Але до смерті короля Сигізмунда III 1632 року жодних суттєвих змін не відбулося. Протягом більш ніж 30 років православна церква існувала без офіційного статусу або визнання. Оскільки нові єпископи не могли бути призначені без згоди короля, єпископи-уніати сподівалися, що православна церква залишиться без єпископів після смерті тих, хто відкинув унію. Вона вижила лише завдяки непокорі королю та його урядовцям. Замість зміцнити королівську владу Берестейська унія лише підірвала її. Як і у випадку з Люблінською унією, об’єднання створило наслідки, протилежні тим, що на них сподівалися його ініціатори.
Боротьба за і проти унії не обмежилася сеймами й потрапила на ширшу громадську арену за допомогою публікацій. На території України та Білорусі стався справжній вибух трактатів, протестацій, друкованих атак і контратак, відомих сьогодні під загальною назвою «полемічна література». Спочатку обидві сторони були погано підготовлені для того, щоб вести серйозну релігійну полеміку, і користувалися послугами своїх польських прихильників. Петро Скарга, єзуїт, який узяв участь у Берестейському соборі, був серед тих, хто використовував своє перо на підтримку унії. Острозький користувався талантами своїх протестантських колег, щоб боротися проти унії. Протестанти завжди писали під псевдонімами (зазвичай грецькими), щоб підкреслити православне походження та авторитет своїх текстів. Більшість ранніх трактатів написана польською, яку продовжували використовувати і в пізніший період, коли місцеві автори почали писати руською.
Із часом і уніати, і православні почали використовувати авторів із власного середовища, які могли б по-іншому поглянути на питання релігійної політики, церковної історії, теології. Серед православних найбільшу популярність здобув Мелетій Смотрицький, син одного з редакторів «Острозької Біблії» — Герасима Смотрицького. Людина багатьох талантів, Мелетій був також автором першої граматики церковнослов’янської мови, що стала стандартним довідником з цього питання не тільки в Україні та Білорусі, але також у Росії протягом наступних двох століть. Судячи з кількості публікацій, православні були активнішими, ніж уніати, можливо, тому, що їм не вистачало інших каналів для захисту своєї справи, а також підтримки в королівських судах.
Берестейська унія та зростання козацтва призвели до зсуву на південь і схід двох основних культурних кордонів України — християнсько-мусульманського та поділу між східним і західним християнством. Цей зсув призвів до низки істотних змін в економічному, соціальному та культурному житті України. Одним з найбільш тривалих зрушень стало повернення Києва в центр української історії — уперше після монгольської навали XIII століття. У першій половині XVII століття це стародавнє місто стане центром православної реформації — зусиль з боку православних церков від Константинополя до Москви, спрямованих на те, щоб наздогнати Реформацію і Контрреформацію в Європі та реформуватися під час цього процесу.