Жестокая война за собственность и власть разгорелась вокруг крупнейшей в мире энергетической компании «Газпром». В то время влиятельная группа энергетических баронов, возглавляемая председателем правления «Газпрома» Рэмом Вяхиревым, воспользовавшись анархией и безвластием, которые господствовали в России в конце 90-х годов, придумали и претворили в жизнь схему выведения наиболее ценных активов нефтегазовой монополии из государственной собственности в собственность частную. Проводником этой комбинации стал «нефтехимик волею случая» Яков Голдовский, президент дочерней компании «Газпрома» — не-фтегазохимического холдинга «Сибур». Когда команда Путина под руководством Алексея Миллера провела ревизию «Газпрома», то оказалось, что в собственности государства остались лишь изношенные фонды и долги. «Сибур» же под руководством Голдовского консолидировал активы отнюдь не в пользу «Газпрома» — материнской кампании, владеющей с 2000 года 50,6 % акций «Сибура». Купленная за деньги «Газпрома», выделенные «под Голдовского», Сибирско-Уральская нефтегазохимическая компания «Сибур» контролировала от 30 до 70 процентов выпускаемой в России нефтехимической продукции. Связанные с Голдовским фирмы владели акциями всех газоперерабатывающих заводов, трех шинных, заводов по производству химволокна, каучука и удобрений. «Сибур» задарма скупал должников «Газпрома» за его же деньги, но из почти 90 предприятий, входивших в структуру холдинга, формально практически ничем не владел! По документам наиболее ценным активом «Сибура» считался… еще не построенный завод по производству бутылок из пластика. Все остальное оказалось в руках неких оффшорных фирм. Ни одного способа легитимного возвращения этих активов с помощью арбитражных механизмов не существовало в природе. К тому же, новые владельцы повели себя вызывающе, отказавшись вернуть «Status quo ante bellum».
Трудности усиливались тем, что схема хищения активов была настолько сложной и запутанной, что вернуть их государству можно было лишь при полном добровольном содействии самих организаторов аферы. Яков Голдовский, которого поддерживала пресса и который считал себя полностью юридически неуязвимым, никакого содействия оказывать не собирался — наоборот, он провоцировал открытый конфликт с «Газпромом». Миллер, перед которым была поставлена задача — возвратить активы, отступил перед хваткой Голдовского. Реакция Президента была показательной и молниеносной. Во время посещения Нового Уренгоя с презентационным визитом, Владимир Путин в резкой форме объяснил своим подчиненным, что их обязанность — отстаивать государственные интересы в газовой отрасли. «Необходимо серьезно относиться к вопросам собственности, — сказал Миллеру президент, — а то рот разинете, и не будет у вас не только «Сибура», но и других предприятий».
Точкой невозврата для «Сибура» стал конфликт вокруг компании «Пургаз», которую «Газпром» в благодатное время ельцинских реформ сплавил по цене двухкомнатной квартиры «Итере», а теперь задумал выкупить. Сделка требовала значительных расходов. И «Сибуру» предложили вернуть долги «Газпрому», для чего было принято решение продать часть газоперерабатывающих заводов. Первым к продаже определили крупнейший ГПЗ — Сургутский. Голдовский завод продал, но что до денег — их он «Газпрому» не отдал. И этим подписал собственный приговор.
«Сибуром» занялась Генеральная прокуратура России. Как писала пресса — по инициативе службы экономической безопасности «Газпрома». Присутствовало и другое мнение — о том, что Миллер согласовывает все шаги по спасению активов «Газпрома» с администрацией президента в лице первого заместителя ее главы Дмитрия Медведева, которого Путин назначил председателем совета директоров «Газпрома».
7 января 2002 года Генеральная прокуратура возбудила в отношении руководства «Сибура» уголовное дело по признакам преступления, предусмотренного статьей 201 УК РФ (злоупотребление служебными полномочиями). 8 января следователи Генпрокуратуры провели обыски в дочерних структурах «Газпрома», а на следующий день арестовали трех руководителей «Сибура», в том числе и Голдовского. Без лишних церемоний Голдовский был препровожден в камеру следственного изолятора. Аферисту быстро объяснили, что если он не вернет активы, которые так бесцеремонно присвоил, то проведет в тюрьме остаток своей короткой жизни. 18 января 2002 года Голдовскому было предъявлено обвинение по статье 201 УК РФ, а 31 января — по статье 160-й УК РФ — присвоение, хищение чужого имущества в крупных размерах. После короткой борьбы нефтегазовая мафия сложила оружие. Просидев девять месяцев в Бутырской тюрьме, Голдовский вышел на свободу только после возвращения «Газпрому» всего, «что нажито непосильным трудом»: «своей» нефтегазовой собственности. Бывший президент «Сибура» покинул страну, переехав в Австрию. В руках же Путина оказался наибольший на то время стратегический ресурс России.