Не удивительно, что консервативная российская элита с подозрением относилась к этим организациям. Однако точку в отношениях между властью и НПО поставила По-маранчевая революция в Украине, которая сопровождалась попыткой повторить аналогичный сюжет и в России. В то время по всей Российской Федерации прокатилась целая серия «маршей несогласных», которые щедро финансировались разными заграничными фондами, а воплощались под руководством Гарри Каспарова, чемпиона мира по шахматам, и Эдуарда Лимонова, экзальтированного истеричного экстремиста. Владимир Путин, с присущей ему обстоятельностью, непосредственно взялся за неправительственные организации. По всей России прошли проверки и обыски в офисах общественных фондов, которые вскрыли организованное разворовывание средств, массовую фальсификацию статистики, а также факты шпионажа. Разного рода общественные организации на деньги США и Евросоюза занимались подготовкой тысяч специалистов по так называемому «ненасильственному сопротивлению авторитарному государству». Сотнями и тысячами молодые люди, под самим носом российских властей, проходили выучку как, используя современные технологические средства, «блокировать коммуникации» и «саботировать работу государственных и общественных учреждений» а также противодействовать правоохранительным органам ненасильственными, однако, крайне агрессивными методами.
Очень скоро российская власть взяла ситуацию под контроль. В конце декабря 2005 года Госдума одобрила федеральный закон о неправительственных и некоммерческих организациях, 10 января 2006 года его подписал президент России. Закон запрещал создавать представительства и филиалы иностранных НПО на территории закрытых административно-территориальных образований. Неправительственные организации обязали легализовать заграничные вливания, отчитываться о расходах, а также о программах, предполагаемых для осуществления на территории России. Надзор за деятельностью НПО закон возложил на прокуратуру. Кроме того, по новым правилам, российские представительства иностранных НПО обязали пройти перерегистрацию к 18 октября 2006 года, но оформить бумаги успели не все. С 19 октября в России была приостановлена деятельность нескольких международных организаций. Ряд «правозащитников» после того, когда они были уличены в воровстве денег и шпионаже, вынуждены были просить политического убежища за границей, а кое-кто из них даже попал за решетку. К этим событиям прибавилось загадочное убийство бывшего российского агента ФСБ Александра Литвиненко. Российская власть назвала это убийство провокацией британских спецслужб и, воспользовавшись моментом, выгнала из российских регионов филиалы Британского Совета-культурологического фонда, служившего «крышей» для британской разведки, а также закрыла тысячи различных подрывных некоммерческих организаций, невзирая на шумную кампанию протестов как в самой России, так и за рубежом. В сухом остатке Путин избавился большой части пятой колонны, а Запад получил дополнительную тему писать и говорить об авторитарных тенденциях в России.
Лев ПОНОМАРЕВ, правозащитник, исполнительный директор Общероссийского движения «За права человека»: «Разрушение механизмов грантового финансирования с Запада (российских спонсоров «научило» дело Ходорковского) вернет одних правозащитников «на кухню», а других оттеснит в сферу сугубо просветительской и социальной работы. При этом многие десятки и сотни тысячи граждан России лишатся последней надежды на реальную правовую помощь. Новый закон продолжает содержать в себе некоторые грубые нарушения основополагающих прав человека. Во-первых, огромные категории граждан утрачивают свое фундаментальное право на свободу ассоциаций. Из текста закона следует, что учредителями, членами, участниками общественного объединения не могут быть лица, находящиеся в местах лишения свободы, притом, что со стороны самих заключенных идет большое число обращений с просьбой помочь создать в колониях официальные отделения или филиалы правозащитных объединений (формальных и неформальных). В праве на свободу ассоциаций отказано также лицам, обвиняемым в разжигании межнациональной и религиозной вражды, даже находящимся на свободе.