В октябре 1795 г. последовал третий раздел Речи Посполитой, в результате которого она исчезла с политической карты мира. Поморье, Центральную Польшу с Варшавой получила Пруссия, Галицкие земли с Львовом и Галичем и Южная Польша с Люблином и Краковом отошли Австрии. К России были присоединены земли Великого княжества Литовского, Левобережная Украина, Волынь, Беларусь.
Брест-Литовск вместе с другими белорусскими городами вошел в состав Российской империи и вновь оказался на границе. За Бугом теперь лежали австрийские земли. Год спустя Брест стал уездным городом Слонимской, затем Литовской и Гродненской губернии.
Инкорпорация белорусско-литовских земель в состав чужого государства происходила болезненно. Например, распущенное войско Великого княжества Литовского (18 тысяч человек) Екатерина II от греха подальше велела сослать в Екатеринославль на вечное поселение. Всего в далекие российские губернии было выслано около 50 тысяч семей. «Освобожденных» от польского гнета крестьян делили имперские рабовладельцы. Только за 1772–1800 гг. в собственность русским помещикам было роздано 208 505 «душ мужеского пола». Недовольство новыми порядками высказывали администрация и жители городов, утратившие самоуправление. Непосильным бременем для белорусских губерний стали налоги, которые собирали не ассигнациями, как на остальной территории империи, а золотыми и серебряными монетами, что было в четыре-пять раз дороже. Вводились рекрутские наборы, которых раньше здесь не знали. Притеснялась униатская церковь, к которой принадлежало до 70 процентов населения. Это ломало привычный уклад жизни, обостряло ситуацию, создавало почву для сопротивления. Польское дворянство мечтало о возрождении Речи Посполитой. Большие надежды возлагались на императора Наполеона. Разгромив Пруссию, из части захваченных ею польских земель он создал в 1807 г. Великое герцогство Варшавское, которое стало верным союзником Франции. Брестские чиновники польского происхождения поставляли сведения французской разведке, шляхетская молодежь переходила границу, чтобы записаться в победоносные наполеоновские войска. Наполеон заигрывал со шляхтой и раздавал обещания «устроить Польшу». Под эти авансы племянник последнего короля Речи Посполитой Юзеф Понятовский сформировал 100-тысячную польскую армию для участия в походе на Россию.
С началом Отечественной войны 1812 г. Брест-Литовск в очередной раз стал ареной военных действий. 22 июня в город вошел австрийский корпус генерала Шварценберга, однако 3 июля он был выбит передовыми дивизиями 3-й армии генерала А.П. Тормасова. На помощь австрийцам прибыл саксонский корпус генерала Жана Луи Ренье, и русские войска после жестокого сражения под Городечно 31 июля отступили к Луцку. В начале сентября армия А.П. Тормасова соединилась на Волыни с Дунайской армией адмирала П.В. Чичагова. Получив численное преимущество, русские войска перешли в наступление и, оттеснив противника за Западный Буг, 29 сентября заняли Брест-Литовск. Адмирал Чичагов пробыл здесь 15 дней и двинул армию на Слоним. В городе осталась войсковая группа под командованием генерала Ф.В. Остен-Сакена, которая вела активные боевые действия против корпуса Шварценберга. 13 ноября она была разбита и отступила на Волынь. Брест-Литовск вновь оказался в руках французов.
Значительная часть населения западных губерний вначале приветствовала вторжение «Великой армии».
Жители края связывали приход французов с революционными идеями свободы и равенства. Крестьяне надеялись на отмену крепостного права, как это было сделано в Польше, дворянство — на восстановление независимости и конституции.
Вступив на территорию Беларуси, Наполеон объявил литовские и белорусские земли «освобожденными от русского гнета». В Вильно император утвердил Временное правительство Великого княжества Литовского, власть которого распространялась на Виленскую, Гродг ненскую, Минскую и Белостокскую волости, но контролировалась имперским комиссаром Л. Биньеном. Во главе департаментов стояли французские губернаторы и интенданты. В городах вводилась муниципальная система управления. Брестское шляхетство присягнуло на верность французскому императору одним из первых.