Предполагалось, что на строительстве в течение двух лет ежедневно будут задействованы 1000 саперов, 7000 солдат и 1000 лошадей. Для руководства работами по возведению крепости Брест-Литовск были сформированы строительный комитет во главе с генералом Малецким и инженерная команда под началом капитана Вильмана. Однако вспыхнувшее в Польше восстание сорвало плановые работы, вынудив бросить все силы на сооружение полевых укреплений вокруг города и усиление Брестского замка.
После того как на престол взошел Николай I, внутренняя политика империи претерпела кардинальные изменения: от космополитизма и борьбы с «русским национализмом» правительство ударилось в противоположную крайность под лозунгом «Самодержавие. Православие. Народность». Новый монарх хотя и короновался польским королем, но «поляков и жидов» откровенно не любил. Началась планомерная русификация политической, общественной и культурной жизни западных губерний. Резко ограничивались права униатской церкви, которой «рекомендовалось» вернуться в лоно православия, упразднялись привилегии, дарованные предыдущими императорами. Осенью 1830 г. в Варшаве распространились слухи о том, что император планирует использовать польскую армию для подавления революции во Франции и Бельгии. 17 ноября началось восстание, которое распространилось по всей Польше. Сейм объявил о низложении династии Романовых и отделении от России, провозгласив главой правительства Адама Чарторыйского, а главнокомандующим с диктаторскими полномочиями генерала Хлопицкого, уступившего этот пост князю Михаилу Радзивиллу. Великий князь Константин Павлович под охраной гвардии оставил Варшаву и сам отпустил оставшиеся верными присяге превосходно обученные польские полки.
В короткий срок все Царство Польское было очищено от русских войск. Лишь в районе Белостока и Брест-Литовска оставался Литовский корпус генерала Розена. На помощь ему были двинуты Гренадерский корпус князя Шаховского и I корпус графа Палена. Поспешные, неудачные действия принявшего общее командование фельдмаршала И.И. Дибича, который рассчитывал провести молниеносную кампанию и пренебрег обеспечением тылов, а также эпидемия холеры, косившая солдат тысячами, поразившая самого главнокомандующего и великого князя Константина, привели к тому, что в апреле 1831 г. восстание перекинулось на территорию Литвы, Волыни и западной Беларуси. Однако здесь оно не получило поддержки городского населения и крестьянства и широкого размаха не имело. Брест-Литовск был обложен повстанцами, но горожане к ним присоединиться отказались. Город деятельно готовился к обороне и успешно отбил один нерешительный приступ. К августу волнения были подавлены на всей территории Беларуси, а 26 сентября русская армия под командованием генерал-фельдмаршала И.Ф. Паскевича после 36-часового штурма овладела Варшавой. В октябре Польша была окончательно усмирена. Результатом поражения восстания стали упразднение конституции, сейма, отдельной польской армии, введение российского территориально-административного деления. Граф Паскевич был назначен наместником в Царстве Польском и главнокомандующим прикрывавшей западное направление 1-й армии в составе I–IV «действующих» корпусов. Отдельный Литовский корпус был переименован в VI пехотный.
Эти события послужили дополнительным толчком к скорейшей реализации плана строительства Брест-Литовской крепости. С целью пересмотра и внесения поправок ее проект вновь попал в руки генерала К.И. Оппермана. Но уже в 1832 г. правительство потребовало, не дожидаясь утверждения детальных чертежей, приступить к заготовке необходимых материалов, для чего было от-пущено 500 тысяч рублей. Общее руководство работами поручили командиру Западного инженерного округа генерал-майору И.И. Дену. Высший надзор за ходом строительства был возложен на фельдмаршала Ф.И. Паскевича.
Как уже говорилось, проектов имелось несколько, но Николай I выбрал самый радикальный: крепость было решено возвести на территории старого города, снести все мешающие постройки и стены старого замка и переселить жителей. Исторический Брест с его 800-летней историей подлежал полному уничтожению. Скорее всего это решение было принято как минимум на год раньше — слишком вольготно обращался с «подведомственным городом» барон Розен. Из предписания командира корпуса гродненскому губернатору следует, что к сооружению «крепостных укреплений и зданий» на месте жилой застройки приступили еще в мае 1830 г. Тогда же были произведены обмеры каменных монастырей и костелов «для переоборудования зданий с целью помещения учреждений другого назначения». Согласно рапорту брестского городничего от 24 августа 1831 г., при подходе к Бугу мятежнических войск солдатами VI корпуса «сверх прежде сломанных при оборонительных укреплениях обывательских в г. Бресте домов 83 сломано таковых же по волынскому форштадту 8». В 1833 г. Николай I внес собственноручные изменения в проект Оппермана и окончательно утвердил его.