После трагической гибели Мёльдерса в Германии объявили национальный траур. В тот же день JG51, которую он ранее возглавлял, получила почетное наименование «Мёльдерс». 25 ноября траурный поезд доставил гроб с его телом из Бреслау в Берлин.
28 ноября 1941 г. в 11.00 началась церемония похорон, имевшая государственный статус. Лафет с гробом сопровождал почетный караул из лучших пилотов Люфтваффе – Адольфа Галланда, Йоахима Мюнхенберга, Вольфганга Фалька, Гюнтера Лютцова, Вальтера Оесау, Йоханна Шалка, Герберта Камински и Карла-Готтфрида Нордманна, а вслед за ним шел Геринг. На протяжении всего пути к кладбищу на тротуарах стояли десятки тысяч людей, отдавая последние почести Мёльдерсу. Он был похоронен на кладбище Инвалидов, на котором уже покоились легендарные немецкие летчики и асы Первой мировой войны Манфред фон Рихтхофен и Эрнст Удет. Батареи 88-мм зенитных орудий, размещавшиеся в парке Тиргартен, дали прощальный салют.
Вернер Мельдерс, несомненно, был одним из самых известных военных в Германии. По популярности с ним тогда могли сравниться, пожалуй, лишь командир подлодки U-47 капитан-лейтенант Гюнтер Прин, прославившийся дерзким проникновением на британскую военно-морскую базу Скапа-Флоу и потоплением линкора «Ройал Оак», и генерал-оберст Эрвин Роммель, отличившийся в ходе боев в Северной Африке. Его смерть вызвала у немцев искреннюю скорбь. Для простых людей было что-то странное в загадочной смерти Удета, ведь официально сообщили, что тот погиб при испытаниях нового самолета, и последовавшей сразу же вслед за ней трагической гибели Мёльдерса.
Как это нередко бывает, уже вскоре по стране поползли самые различные слухи. При этом часть из них имела явно антинацистскую направленность. Так, говорили, что катастрофа была организована службой СС, что Мёльдерс был еще жив, когда его нашли в разбившемся самолете, и что только потом он был убит эсэсовцами.
Также утверждалось, что Мёльдерс якобы вообще не погиб, а попал в концлагерь за свои убеждения. Было общеизвестно, что он отвергал муштру и бездумное повиновение и, будучи убежденным католиком, даже на войне стремился блюсти основные христианские принципы. Это прямо противоречило нацистской идеологии, подразумевавшей слепое повиновение не только вождю – фюреру, но и вообще – власти. Руководство Третьего рейха отвергало христианство, считая его принципы сострадания и любви к ближнему опасными «не германскими» идеями. Гитлер говорил, что христианство – это религия, защищающая слабых и униженных, заставляющая людей «гнуть спину по звуку церковного колокола и ползти к кресту чужого Бога». Он призывал создать новую германскую религию: «Или у нас будет германский бог, или не будет никакого. Мы не можем преклонять колени перед всеобщим богом, который уделяет больше внимания французам, чем нам. Мы, немцы, были оставлены христианским богом на произвол судьбы. Он несправедлив, и потому мы терпели поражения, что верили ему, а не нашему, германскому, богу».
Несмотря на то что еще 20 июля 1933 г., через полгода после своего прихода к власти, Гитлер заключил с католической церковью договор, гарантировавший неприкосновенность католической веры и сохранявший все права католиков, нацисты затем закрыли церковные школы и конфисковали церковную собственность. Пасторам была ограничена возможность проповедовать, многие из них подвергались преследованиям за свои убеждения, вплоть до обвинения в измене и смертной казни.
Как бы в подтверждение этих слухов, с января 1942 г. по католическим и протестантским костелам Германии стало распространяться письмо, которое Мёльдерс якобы написал незадолго до своей гибели католическому пастору Йосту из Штеттина. Оно содержало явное признание им католической церкви и ее идеалов, и у многих не было никаких сомнений в подлинности этого письма. Оно копировалось и распространялось верующими, его оглашали во время церковных служб.