Дело приняло такой размах, что к определению подлинности письма подключилась тайная политическая полиция – гестапо. В ходе официального расследования мать Мёльдерса заявила, что оно написано не в стиле ее сына, и посему Вернер не может быть его автором. 21 февраля также было объявлено, что никакого пастора Йоста не существует, а священники из Штеттина заявили, что никогда не были лично знакомы с Мёльдерсом и никогда не получали от него писем. Письмо официально объявили фальшивкой.
Гестапо принимало энергичные меры, чтобы не допустить его распространения. Так, например, только в апреле того же 42-го года полиция Нюрнберга выявила 18 священников, читавших это письмо в ходе богослужений, а также 26 верующих, распространявших его.
Однако как раз усердие, с которым власти доказывали, что письмо является подлогом, рождало все новые слухи о причинах гибели Мёльдерса. Стали говорить, что тот отказался участвовать в боях в знак протеста против враждебных действий нацистских властей по отношению к церкви. Утверждалось, что он погиб в результате акции СС, так как активно выступал против преследования епископа Мюнстерского Клеменса Августа графа фон Галена, который был очень критично настроен к правящему режиму. Еще в 1933 г. он обратился к верующим с посланием, осуждающим нацистскую расовую теорию, а потом в 1941 г. публично осудил применявшуюся нацистами эвтаназию (уничтожение смертельно больных заключенных).
В последнем была значительная доля истины. Согласно дневнику Генриха Портманна, капеллана и секретаря фон Галена, Мёльдерс встречался с епископом. На встрече он сказал, что откажется от всех своих наград, если обвинения, высказанные фон Галеном в отношении эвтаназии, подтвердятся. Кроме того, Портманн писал, что после вручения Бриллиантов фюрер спросил Мёльдерса, есть ли у того какие-либо пожелания. На что последний якобы ответил: «Пожалуйста, оставьте епископа Мюнстерского в покое» , и что Гитлер уверил его: «Да ничего не случится с епископом Мюнстерским» .
Теперь можно с уверенностью утверждать, что большей частью все эти слухи были инспирированы британской разведкой. Англичане, прекрасно осведомленные о том, что Мёльдерс был искренним католиком, не преминули воспользоваться его трагической гибелью как удобным случаем для усиления антинацистских настроений внутри Рейха. В пропагандистских радиопередачах на Германию англичане прямо утверждали, что виновником смерти Мёльдерса был глава СС Генрих Гиммлер.
Вопрос о подлинности упомянутого выше письма окончательно разрешился только после войны. В своих мемуарах Дэнис Сефтон Демлер, который в годы войны работал в департаменте политической разведки министерства иностранных дел Великобритании и занимался организацией подрывной пропагандистской деятельности против Третьего рейха, признал, что «письмо Мёльдерса» было делом рук его ведомства. Кстати, в начале 30-х годов ХХ века Демлер приятельствовал с руководителем нацистских штурмовых отрядов Эрнстом Рёмом и благодаря его помощи в 1932 г. стал первым британским журналистом, взявшим интервью у Гитлера.Что касается самого Мёльдерса, то по воспоминаниям хорошо его знавшего оберста Йоханнеса Янке, тот никогда открыто не высказывался против идей национал-социализма, против преследования евреев или против враждебных действий по отношению к церкви: «Это следовало из его жизненной позиции и воспитания. Он был офицером старого прусского образца. Служба для него была на первом месте, поэтому он и стал военным. Большинство проблем он перерабатывал внутри себя, не вынося их на всеобщее обозрение».
Двоюродный брат Мёльдерса Фритц фон Форелль, выпустивший уже в 1941 г. книгу «Мёльдерс и его люди», писал: «У этого человека были замечательные качества характера: серьезное отношение к жизни, доброжелательность, готовность всегда прийти другому на помощь, твердая вера в Бога и в дело, которое он считал правильным и справедливым. Даже в самых трудных ситуациях его не покидал юмор, и, наконец, он был очень строг по отношению к самому себе. Он был одним из тех редких людей, для которых понятие долга было абсолютно естественным».
После Второй мировой войны имя Вернера Мёльдерса не было забыто в ФРГ. Вполне естественно, что Бундесвер в поиске образцов из немецкой военной истории обратился к нему.
13 апреля 1967 г. со стапелей фирмы «Бат Айрон Воркс» в г. Бат, в штате Мэн, США, был спущен на воду эсминец D186, построенный по заказу правительства ФРГ. На торжественной церемонии, предшествовавшей спуску, было объявлено, что ему присвоено наименование «Мёльдерс». Крестной матерью корабля стала мать легендарного летчика – Анна-Мария Мёльдерс, разбившая о его борт традиционную бутылку шампанского. 23 февраля 1969 г. эсминец начал боевую службу в составе 1-й флотилии эсминцев военно-морского флота ФРГ, базировавшейся в Киле.