Король упорно продолжал свою реформаторскую работу среди внутренних смут и внешних затруднений. Восстание в Уэльсе заставило его перевести армию через границу. В следующем году он уже переплывал на ту сторону Ла-Манша, где был обладателем трети территории теперешней Франции. Он унаследовал от отца Анжу, Мен и Турень, от матери — Нормандию, а семь провинций юга — Пуату, Сентонж, Ангумуа, Ламарш, Лимузен, Перигор и Гасконь принадлежали его жене. Как герцогиня Аквитанская, Элеонора имела притязания на Тулузу, и в 1159 году Генрих II решился отстаивать их силой оружия. Однако в войне он не был удачлив. Французский король Людовик бросился в Тулузу, и Генрих II, понимая слабую связь своих обширных владений, уклонился от открытой борьбы с сюзереном; он отвел войска, и война закончилась в 1160 году формальным союзом и помолвкой старшего сына Генриха II с дочерью Людовика.
Фома храбро сражался во время всего похода во главе рыцарей, составлявших его свиту, но король предусмотрел для него иную деятельность. По смерти Теобальда он тотчас заставил кентерберийских монахов избрать Бекета архиепископом. Скоро обнаружилась и цель, которую преследовал Генрих II этим назначением. Король предложил епископам, чтобы всякий клирик, изобличенный в преступлении, лишался сана и передавался в суды короля. Судебные реформы Генриха I ограничили значение местных феодальных судов, и единственное крупное отступление от системы, сосредоточивавшей всю юрисдикцию в руках короля, представляли церковные суды, созданные Завоевателем, с их исключительным правом суда над духовным сословием — другими словами, над всеми образованными людьми королевства. Епископы соглашались, но сопротивление оказал именно тот прелат, которого король выдвинул для проведения своих планов.
С момента своего назначения Фома отдался обязанностям нового звания со всей страстностью своей натуры. При первом извещении о намерении Генриха II он со смехом указал на свое нарядное платье, говоря: «Красивый костюм избрали вы для главы ваших кентерберийских монахов»; но однажды став монахом и примасом, он быстро перешел от роскоши к аскетизму. Еще будучи министром, он противился планам короля и предсказал их будущую вражду: «Вы скоро возненавидите меня так же сильно, как теперь любите, — сказал он, — ибо я никогда не соглашусь с Вашими притязаниями на безграничную власть над церковью». Благоразумный человек мог сильно сомневаться в разумности устранения единственного прикрытия, защищавшего веру и образование против деспота, подобного Рыжему королю, и в глазах Фомы церковные привилегии составляли часть священного наследия церкви. Он остался без поддержки; папа Римский советовал ему быть уступчивее, епископы покинули его, так что наконец Фома вынужден был принять постановления, составленные на соборе в Кларендоне. Король ссылался на древние обычаи королевства, и для установления их было созвано собрание в Кларендоне, близ Солсбери. Доклад, представленный епископами и баронами, и образовал свод «Кларендонских постановлений», большинство которых только восстанавливали систему Вильгельма Завоевателя. Выборы каждого епископа или аббата должны были происходить в присутствии королевского чиновника в королевской капелле и с согласия короля. Избранный прелат еще до посвящения должен был принести присягу королю и получить от него во владение земли в качестве лена, подлежащего всем феодальным повинностям. Ни один епископ не имел права выехать за границу без разрешения короля. Ни один из высших вассалов или королевских чиновников не мог быть отлучен от церкви, а его земля — подвергнута интердикту без согласия короля.
Новыми в этих постановлениях были лишь статьи, касавшиеся вопроса о подсудности духовенства. Королевскому суду было предоставлено право решать вопрос, какие из спорных между светскими и духовными лицами дел лежат в компетенции духовных и какие — светских судов. Королевский чиновник должен был присутствовать при разборе дел в духовных судах, дабы эти суды не выходили из пределов предоставленной им власти, и признанный виновным клирик тотчас же предавался в руки гражданских властей. При отказе в правосудии от суда архиепископа позволялось апеллировать к суду короля, но никто не мог апеллировать к папе Римскому иначе как с согласия короля. Право убежища, которым пользовались храмы и церковные дворы, было отменено, поскольку оно касалось имущества, а не личности.