После упорного сопротивления примас дал, наконец, согласие на эти постановления, но скоро взял его назад, а дикая злоба короля дала ему случай одержать над ним нравственную победу. Против него выдвинули ложные обвинения, и несколько месяцев спустя, на соборе в Нортгемптоне, все убеждали Фому смириться, так как опасность грозит самой его жизни; но именно в присутствии опасности и проявилось его мужество во всем своем величии. Взяв в руки свой архиепископский крест, он явился в королевский суд, протестовал против права баронов судить его и апеллировал к папе Римскому. Крики «Изменник! Изменник!» сопровождали удаляющегося архиепископа. Примас обернулся и гордо сказал: «Будь я еще рыцарем, мой меч ответил бы на это подлое оскорбление».
С наступлением ночи Фома бежал переодетым и через Фландрию пробрался во Францию. В течение шести лет шла упорная борьба: в Париже и в Риме агенты обеих сторон интриговали друг против друга. Генрих II унизился до изгнания из Англии родственников примаса и угрозы конфисковать земли цистерцианцев, чтобы принудить монахов Понтиньи отказать Фоме в убежище, а Фома выводил из терпения своих друзей, расточая отлучения от церкви и упорно повторяя оскорбительное ограничение: «Если это не будет противоречить чести моего сана», — ограничение, на деле уничтожавшее королевские реформы. Папа Римский советовал ему быть уступчивее, французский король на время лишил его своей поддержки, сами его друзья пошли наконец на уступки. «Встань, — сказал иронически один из них, когда его лошадь споткнулась на дороге, — спасая честь церкви и моего сана».
Но ни уговоры, ни бегство друзей не могли поколебать твердости примаса. Под страхом папского отлучения Генрих II решился на коронацию своего сына архиепископом Йоркским, вопреки привилегиям Кентербери; но успехи в Италии развязали папе Римскому руки, и угроза интердикта заставила Генриха II выказать притворную покорность. Архиепископу, после примирения его с королем в Фретевале, было позволено в 1170 году возвратиться, и жители Кента встретили его радостными приветствиями, когда он въезжал в Кентербери. «Это Англия», — сказал ему один из клириков, увидев белые утесы берегов. «Не пройдет и пятидесяти дней, как тебе захочется уехать оттуда», — мрачно заметил Фома, и это предсказание показало, как он понимал Генриха II.
Теперь он был во власти короля, и от имени молодого Генриха II уже были посланы приказы об аресте, когда четверо рыцарей, возбужденных страшным взрывом гнева их повелителя, переплыли пролив и проникли во дворец архиепископа. После бурных переговоров с ним в его комнате они вышли, чтобы взять оружие. Клирики увлекли Фому в собор, но когда он подошел к лестнице, ведущей на хоры, то его преследователи ворвались в храм из боковых коридоров. «Где, — закричал Реджиналд Фитцурс во мраке полуосвещенного собора, — где этот изменник Фома Бекет?» Примас смело вернулся назад. «Я здесь, — отвечал он, — но я не изменник, а служитель Божий», и, спустившись по ступеням, он прислонился спиной к колонне и встретил своих врагов.
Вся храбрость, весь пыл прежней рыцарской жизни, казалось, ожили в Фоме, когда он отражал угрозы и требования нападавших. «Ты наш пленник!» — закричал Фитцурс, и четверо рыцарей схватили архиепископа, чтобы вытащить его из церкви. «Не трогай меня, Реджиналд, помни, сводник ты этакий, что ты клялся мне в верности!» — воскликнул примас и оттолкнул его изо всех сил. «Бей, бей его», — закричал тогда Фитцурс, и один удар за другим повергли Фому на землю. Слуга Ранульф де Брок рассек мечом череп примаса. «Уйдем — воскликнул он с торжеством, — изменник больше не встанет!»
Весть о зверском убийстве была встречена с ужасом во всем христианском мире; на могиле мученика совершались чудеса, он был канонизирован и стал самым популярным из английских святых; только притворное смирение Генриха II перед папой Римским избавило его от отлучения, грозившего ему за кровавое дело. Судебные статьи Кларендонских постановлений были формально отменены, свобода выборов в епископы и аббаты — восстановлена, но, в сущности, победа осталась за королем. В течение всего его царствования назначение духовных лиц фактически находилось в его руках, и совет короля сохранил за собой право надзора за духовным судом епископов.
Окончание борьбы позволило Генриху II закончить начатое дело реформ. Он уже раньше воспользовался походом на Тулузу, чтобы нанести удар феодальному дворянству, позволив мелким вассалам откупаться от полевой службы за известную сумму, называвшуюся «scutage», или «щитовым сбором». Благодаря этому король получил возможность обходиться без военной помощи своих вассалов, на собранные деньги нанимая взамен их иностранных солдат. За ослаблением военного значения баронов последовали меры, ограничивавшие их судебные права. Были восстановлены разъезды судей, и им было поручено объехать поместья баронов и исследовать их привилегии; в то же время должности шерифов были отняты у крупных баронов и переданы законоведам и придворным, уже пополнявшими состав судей.