Соперники поспешили апеллировать в Рим; результат их апелляции поразил как их, так и короля. Занимавший в то время папский престол Иннокентий III развил дальше, чем кто-либо из его предшественников, свои притязания на верховенство над христианством; после тщательного исследования дела он кассировал оба спорных избрания. Решение, вероятно, было справедливым, но Иннокентий III на этом не остановился: из любви к власти или, как можно думать, не рассчитывая на свободные выборы в самой Англии, он приказал явившимся к нему монахам избрать в его присутствии архиепископом Стефана Лангтона. Лучшего выбора нельзя было и сделать, потому что Стефан достиг звания кардинала единственно благодаря своей учености и святости жизни, а дальнейшие события поставили его в первые ряды английских патриотов. Но сам по себе этот шаг был нарушением прав и церкви, и короны. Поэтому король воспротивился выбору Лангтона, а на угрозы папы Римского интердиктом в случае недопущения Стефана к занятию кафедры отвечал, что вслед за интердиктом он выгонит из Англии духовенство и изувечит всех итальянцев, которых ему удастся захватить в королевстве.
Однако папа Римский Иннокентий III был не таким человеком, чтобы отступать от своего намерения, и наконец над Англией разразился интердикт. Во всей стране, за исключением немногих привилегированных орденов, прекратилось всякое богослужение, всякое совершение таинств, кроме крещения, замолкли церковные колокола, умершие оставались без погребения. Король отвечал на это конфискацией церковных земель, подчинением духовенства (вопреки его привилегиям) королевским судам, частым отсутствием наказания за наносимые церковникам обиды. «Отпустите его, — сказал Иоанн, когда однажды к нему привели уэльсца, обвиняемого в убийстве священника, — он убил моего врага».
Прошел год, прежде чем Иннокентий III сделал следующий шаг: он формально отлучил Иоанна от церкви, но и новая кара была встречена с таким же глумлением, как прежняя. Пятеро епископов бежали за море, повсюду распространялось тайное недовольство, но открыто никто не решался избегать отлученного короля. Архидьякон Норвича, отказавшийся служить, был задавлен до смерти свинцовым колпаком, и этого намека было достаточно, чтобы отбить охоту у прелатов и баронов следовать его примеру. Король оставался в одиночестве, бароны его чуждались, и церковь была против него, и тем не менее его власть казалась непоколебимой. С первых же дней своего царствования он оскорблял баронов: данное им при восшествии на престол обещание загладить несправедливости его брата осталось неисполненным, а когда просьба была повторена, то он ответил на нее захватом их замков и взятием баронских детей в заложники их верности.
Издержки его бесплодных военных попыток покрывались новыми тяжелыми налогами, а распри с церковью и боязнь восстания только усилили угнетение баронов. Он отправил в изгнание одного из самых могущественных своих маркграфов, де Браоза, а его жену и внуков, как говорили, заморил голодом в королевских тюрьмах. Баронам, еще остававшимся из страха при дворе отлученного от церкви короля, он наносил оскорбления хуже самой смерти: незаконные вымогательства, захват замков, явное предпочтение чужестранцев, — все это было пустяками в сравнении с покушениями на честь жен и дочерей баронов. Они все еще покорялись, и могущество короля проявилось в той быстроте, с какой он подавил восстание баронов в Ирландии и возмущения в Уэльсе.
Одно только средство оставалось в руках папы Иннокентия III: отлученный от церкви король переставал быть христианином и терял право на верность христианских подданных. Как духовный глава христианского мира папа Римский присваивал себе право лишать такого короля престола и передавать его другому, более достойному; и Иннокентий III наконец счел нужным воспользоваться этим правом. Он издал буллу о низложении Иоанна, объявил против него крестовый поход и поручил исполнение своего приговора Филиппу II Французскому. Иоанн и эту буллу встретил с прежним презрением: он позволил даже папскому легату, кардиналу Пандульфу, провозгласить его низложение в собственном присутствии в Нортгемптоне. Затем он собрал огромную армию на Бергемских холмах, а английский флот, переплыв пролив, захватил много французских кораблей, сжег Дьепп и тем самым устранил всякую опасность вторжения.
Не в одной только Англии проявлял Иоанн силу и активность. При всей своей низости он в высокой степени обладал политической ловкостью, присущей его дому, и выказал себя равным отцу в дипломатических уловках, которыми старался предотвратить опасность со стороны Франции. Баронов Пуату он уговорил напасть на Филиппа II с юга; на севере он купил за деньги помощь графа Фландрского. Германский король Оттон обязался привести немецкую конницу для поддержки вторжения во Францию. Среди таких дипломатических успехов Иоанн внезапно пошел на уступки.