Если демократические устремления университетов были угрозой феодализму, то их стремление к свободному исследованию грозило церкви. По внешнему виду они были чисто церковными корпорациями. Средневековый обычай придавал термину «духовное звание» такое широкое значение, что вводил в состав духовенства всех образованных людей. Профессора и студенты, каковы бы ни были их возраст и специальность, были одинаковыми клириками, свободными от контроля светских судов и подчиненными управлению епископа и приговорам его духовных судов. Такой церковный характер университета отражался и на положении его главы. Канцлер, как известно, сначала даже не выбирался университетом, а назначался тем церковным учреждением, под опекой которого вырос университет. В Оксфорде канцлер был просто местным уполномоченным епископа Линкольнского, в огромной епархии которого находился тогда университет.
Но это тождество внешних форм университета и церкви только еще ярче оттеняло различие их стремлений. Внезапное расширение пределов образования ослабило значение чисто церковных и богословских предметов, поглощавших до того всю духовную энергию человечества. Возрождение классической литературы, открытие великого мира древности, соприкосновение с более широкой и свободной жизнью — духовной, общественной и политической — ввело в область безусловной веры дух скептицизма, сомнения, отрицания. Абеляр провозгласил начало верховенства разума над верой. Флорентийские поэты с улыбкой обсуждали вопрос о бессмертии души. Даже Данте, осуждая их, считал Вергилия таким же святым, как Иеремию. Самый замечательный представитель нового просвещения, император Фридрих II, «чудо мира» своего времени, был в глазах половины Европы нисколько не лучше «неверного». Слабое оживление естествознания, долго подавлявшегося всесильным духовенством как чародейство, привело христиан в опасное соприкосновение с мусульманами и евреями. Для Роджера Бэкона книги раввинов уже не были «проклятыми писаниями»; Абеляр Батский уже не считал кордовских ученых «языческими свиньями».
Как медленно и с какими препятствиями наука прокладывала себе путь, показывает свидетельство Роджера Бэкона. «Медленно, — говорил он, — распространялись в латинском мире части философии Аристотеля. Его физика и метафизика с комментариями Аверроэса и других были переведены в мое время, но запрещены в Париже в 1237 году за утверждение вечности мира и времени, за книгу об откровениях во сне (это третья книга, «De Somniis et Vigiliis») и за неправильный перевод многих мест. Даже его «Логику» медленно принимали и начинали изучать. Святой Эдмунд, архиепископ Кентерберийский, первый в мое время стал читать основы ее в Оксфорде. Я видел магистра Гуго, который впервые читал позднейшую аналитику, и видел его писания. Таким образом, немного было, если принять во внимание массу латинян, людей, сколько-нибудь знакомых с философией Аристотеля, совсем мало, а до настоящего, 1292, года даже едва ли они были».
Мы скоро узнаем, как упорно боролась церковь против этого оппозиционного течения и как ей удалось при помощи нищенствующих орденов снова подчинить себе университеты. Однако именно в рядах нового монашества духовный прогресс университетов нашел своего лучшего представителя. Жизнь Роджера Бэкона охватывает почти весь XIII век. Он был сыном изгнанного и разорившегося во время междоусобных войн роялиста, учился сначала в Оксфорде под руководством Эдмунда Абингдонского, которому и был обязан первым знакомством с сочинениями Аристотеля; оттуда он перешел в Парижский университет, где истратил все свое состояние на дорогие занятия и опыты. «С ранней юности, — писал он впоследствии, — я работал над изучением наук и языков, добиваясь дружбы всех тех людей среди латинян, которые были сколько-нибудь известны своими знаниями. Я побуждал юношей изучать языки, геометрию, арифметику, составление таблиц и устройство инструментов и многие другие необходимые вещи».